SPARQLthon25

提供：TogoWiki

第25回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 2 プロジェクト 2.1 TPP グループ全体 2.2 SPARQLthon グループ 2.3 TODO 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

• 開催期間：10月27日(月) 10:00 〜 28日(火) 18:00
• 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
• アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
• 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて

プロジェクト

TPP グループ全体

• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
  • MassBank - Java 8 から Java applet が動かなく。サーバの呼び出しと署名をfix。ドイツサーバとの連携（有田）
• 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オミクスデータの統合 (菅野)
  • D2RQ のマッピングを進める、この際の URI (ID) をどうするかなど検討（河野・鈴木）
    • URIをどうするか決める
    • できるだけ汎用ののclass, predicateを探す
    • なければ作る（binなど）
  • NBDC より菅野-徳永連携を依頼されている。オントロジーの共通化など（河野）
• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
  • バイオリソースを記述する際のプロパティを検討し、独自開発or既存オントロジー利用を考える（高月）
• ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物ＤＢの超高度化推進 (黒川)
  • オーソログと感染症連携の SPARQL 開発（千葉）
  • PDO (Pathogenic Disease Ontology) のスタンザ構想（山本）
• 糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発 (成松)
  • 桝屋さんに産総研の糖鎖遺伝子KOマウスのデータを渡すことになっていますので、その準備が出来次第、送る（木下・山田）
• 植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築 (田畑)
  • RDF 化する必要のある項目について ID やオントロジーの表を作成中（市原）

SPARQLthon グループ

• ICD10のRDF(ttl形式）の修正とUMLS CUI のマッピング（伊藤）
  • ICD10: BioPortal で ICD10 の RDF が研究目的には利用可能
    • もともと WHO の ICD10 は XML/text だが再配布できないライセンス
  • UMLS (Unified Medical Language System): アメリカ医学図書館の医学体系（用語マッピング）
    • Bio2RDF の SIDER（副作用のDB）のデータと ICD10 のマッピングをしたい
    • 最終的には医薬基盤研の RDF 化したデータと連携したい

• SPARQL Builder（小林）
  • ISWC の結果を踏まえて実用性向上のための実装（具体的なデータを用いた評価をする）

• DDBJ オントロジー（藤沢）
  • 最新版のオントロジーで DDBJ/RDF データの構築
    • ロード時に十分メモリ (800GB) を確保しないと、ある量を超えるとインポートが止まる。
  • BioInterchange との連携（BH14で?）
  • スキーマ図 TPP-Ontology （片山）

• 可視化（大田）
  • 先に可視化モジュールを作って、メタデータのインポート部分をあとでごにょっとする

• TogoGenome
  • 更新した表現系のデータをインポートする（川島）
  • 生物種リスト・遺伝子リストのスタンザ（守屋）
  • テキスト検索 SPARQL 開発（岡別府）
  • データ更新系のリファイン（片山・岡別府）

• 化合物
  • DOI や PMID がつかない文献の RDF 化をどう進めるか検討（時松）

• SPARQL 本
  • 粛々と書く（加藤・岡別府・川島・山本・片山）

TODO

• 2015/1- 以降の日程調整
• BH14.14 とオープンバイオの日程・場所調整

参考リンク

• これまでの SPARQLthon

参加者

• 片山俊明（DBCLS）
• 川島秀一（DBCLS）
• 小林紀郎 (理研)
• 山本泰智（DBCLS）
• 守屋勇樹 (DBCLS)
• 市原寿子 (かずさ)
• 岡別府陽子（MSS）
• 伊藤真和吏（NIBIO）
• 大田達郎（DBCLS）
• 藤澤貴智（遺伝研）
• 山口敦子 (DBCLS)
• 永野朗夫 (PENQE) 27日のみ
• 有田正規 (遺伝研) 27日のみ
• 諏訪和大 (リオレクト) 27日のみ
• 高月照江 (理研BRC）
• 桝屋啓志 (理研BRC)27日のみ
• 山本希（東工大）
• 千葉啓和（基生研）27日のみ
• 時松敏明 (DBCLS)
• 戀津魁 (理研)
• 山田一作（野口研）28日のみ