SPARQLthon25

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2014年10月27日 (月) 05:11時点におけるIssaku (トーク | 投稿記録)による版
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第25回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

SPARQLthon グループ

  • ICD10のRDF(ttl形式)の修正とUMLS CUI のマッピング(伊藤)
    • ICD10: BioPortal で ICD10 の RDF が研究目的には利用可能
      • もともと WHO の ICD10 は XML/text だが再配布できないライセンス
    • UMLS (Unified Medical Language System): アメリカ医学図書館の医学体系(用語マッピング)
      • Bio2RDF の SIDER(副作用のDB)のデータと ICD10 のマッピングをしたい
      • 最終的には医薬基盤研の RDF 化したデータと連携したい
  • SPARQL Builder(小林)
    • ISWC の結果を踏まえて実用性向上のための実装(具体的なデータを用いた評価をする)
  • DDBJ オントロジー(藤沢)
    • 最新版のオントロジーで DDBJ/RDF データの構築
      • ロード時に十分メモリ (800GB) を確保しないと、ある量を超えるとインポートが止まる。
    • BioInterchange との連携(BH14で?)
    • スキーマ図 TPP-Ontology (片山)
  • 可視化(大田)
    • 先に可視化モジュールを作って、メタデータのインポート部分をあとでごにょっとする
  • TogoGenome
    • 更新した表現系のデータをインポートする(川島)
    • 生物種リスト・遺伝子リストのスタンザ(守屋)
    • テキスト検索 SPARQL 開発(岡別府)
    • データ更新系のリファイン(片山・岡別府)
  • 化合物
    • DOI や PMID がつかない文献の RDF 化をどう進めるか検討(時松)
  • SPARQL 本
    • 粛々と書く(加藤・岡別府・川島・山本・片山)

TODO

  • 2015/1- 以降の日程調整
  • BH14.14 とオープンバイオの日程・場所調整

参考リンク

参加者

  • 片山俊明(DBCLS)
  • 川島秀一(DBCLS)
  • 小林紀郎 (理研)
  • 山本泰智(DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 市原寿子 (かずさ)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 伊藤真和吏(NIBIO)
  • 大田達郎(DBCLS)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 永野朗夫 (PENQE) 27日のみ
  • 有田正規 (遺伝研) 27日のみ
  • 諏訪和大 (リオレクト) 27日のみ
  • 高月照江 (理研BRC)
  • 桝屋啓志 (理研BRC)27日のみ
  • 山本希(東工大)
  • 千葉啓和(基生研)27日のみ
  • 時松敏明 (DBCLS)
  • 戀津魁 (理研)
  • 山田一作(野口研)28日のみ
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