SPARQLthon24

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(TPP グループ全体)
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** Biological entityについて:
** Biological entityについて:
***[[ファイル:Bio-entity.jpg]]
***[[ファイル:Bio-entity.jpg]]
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*** 図における"taxon"プロパティについて
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**** RO:in taxon を使用:DDBJ(予定)、桝屋G、黒川G(予定)
=== SPARQLthon グループ ===
=== SPARQLthon グループ ===

2014年9月25日 (木) 05:57時点における版

第24回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

SPARQLthon グループ

  • DDBJ オントロジーの開発
  • TogoGenome の RDF 更新
    • 表現系のデータ更新(川島)
    • DDBJ/INSDC オントロジーの最終版にあわせてエントリのメタデータ部分の RDF 化を完成(片山・藤沢)
    • 真核ゲノム RDF 化と TogoStanza 開発(守屋・川島・片山)
  • 化合物(小寺・山田)
    • KNApSAcK や日化辞などの DB に含まれている天然化合物を RDF で表現し分類、マスタグの意味付けなどに利用
    • ChEBI のオントロジーが天然物用にはしっくりこないので、オントロジーの整備から(小寺・時松)
  • がんゲノムの RDF 調査、Linked ICGC (山中)
    • ICGC のテーブルからオントロジーへの対応
  • SPARQL Builder の改良(小林・レンツ)
    • Linked Data 用のオントロジー (VoID) + SPARQL 1.1 用のオントロジー (Service Description) による SPARQL endpoint のメタデータ記述について標準化をすすめたい
      • EBI の Lodestar 用メタデータ記述
      • Bio2RDF の メタデータ記述 ([1], [2])
      • DBCLS/TPP で開発予定の SPARQL エンドポイント / RDF モデルのドキュメント・モデル図自動生成ツール
      • TripleDataProfilerを用いたSPARQLエンドポイントのメタデータを収集したサイトの公開 [5]]
  • SPARQLTester - エンドポイントテスト用のスクリプトを公開(山本)

BioHackathon

参考リンク

参加者

  • 片山俊明(DBCLS)
  • 川島秀一(DBCLS)
  • 大田達郎(DBCLS)
  • 小林紀郎 (理研)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 戀津魁 (理研)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 山中遼太(先端研)
  • 永野朗夫(PENQE)25日のみ
  • 千葉啓和(基生研)
  • 山田一作(野口研)
  • 小寺正明(東工大)
  • 山本泰智(DBCLS)
  • 森宙史(東工大)25日のみ
  • 山本希(東工大)26日のみ
  • 守屋勇樹(DBCLS)
  • 時松敏明(DBCLS)
  • 桝屋啓志(理研BRC)25日のみ
  • 高月照江(理研BRC) 
  • 市原寿子(かずさDNA研)
  • 木下聖子(創価大)25日のみ
  • 新町大輔(創価大)
  • 青木信行(創価大)
  • 櫻井望(かずさDNA研)25日のみ
  • 西出浩世(基生研)
  • 鈴木真也(東工大)25日のみ
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