SPARQLthon22

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(biological entity、生物種を記述に関する課題)
(biological entity、生物種を記述に関する課題)
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# Strain相当のクラスを独自に定義したとき、NCBIやUniProtのTaxonomyオントロジーの Taxonomic Rankのクラスとの関係を記述したい
# Strain相当のクラスを独自に定義したとき、NCBIやUniProtのTaxonomyオントロジーの Taxonomic Rankのクラスとの関係を記述したい
#* :equivalent-of で記述?
#* :equivalent-of で記述?
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[[ファイル:ファイル:Fig1.png]]
* [[TPP-Ontology|オントロジー図]]
* [[TPP-Ontology|オントロジー図]]

2014年7月15日 (火) 07:32時点における版

第22回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

各データベースの該当分野とモデル図

biological entity、生物種を記述に関する課題

  1. taxonomy ontologyの階層を利用したい
  2. ハイブリット植物、融合細胞、微生物ープロファージ、雑種などhypbridな生物種を表現したい
    •  :taxon (:hybrid-of) なpredicateを用いて2つ以上のを <http://identifiers.org/taxonomy/【taxid】> をリンクする
    • RDFモデル2つの案、Taxonomy側で解決する or biological entity側で解決する
  3. tax-idがなくてもリンクしたい
    • 上位ランクのtaxidをアサインする
    • MCCVで記述しているようなtaxidのアサインの確度をpredicateで分ける、skos:mappingRelationのsubproperty(skos:closeMatch, skos:exactMatch, skos:broadMatch, skos:narrowMatch, skos:relatedMatch)のようなイメージ
    • SPARQL問い合せのために、定義したsubpropertyも冗長にトリプルをもつ必要があるかもしれない
  4. Strain相当のクラスを独自に定義したとき、NCBIやUniProtのTaxonomyオントロジーの Taxonomic Rankのクラスとの関係を記述したい
    •  :equivalent-of で記述?

ファイル:ファイル:Fig1.png

TPP グループ

SPARQLthon グループ

  • オーソログの RDF を対象にした SPARQL 開発 (千葉)
  • SPARQL ビルダの論文投稿 (小林)
  • がんゲノムの RDF 調査 (山中)
  • ゲノム RDF のメタデータ調査 -- NCBI の Assembly reports に BioProject <-> Accession ID の対応 (藤沢)
  • DDBJ と NBRC のバイオサンプル一括登録のための属性情報、菌株 (藤沢・川島)
  • TogoGenome 更新、TogoStanza 開発 (守屋・片山)
  • 反応オントロジーの確認 (時松・櫻井)
  • スキーマ図の方針を考える (大田)
  • 医療安全の OWL, 医療知識, 患者横断的な検索 (河添)

参考リンク

参加者

  • 片山俊明(DBCLS)
  • 川島秀一(DBCLS)
  • 小林紀郎(理研)
  • 永野朗夫(PENQE)15日のみ
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 河添悦昌(東大病院)
  • 中村保一(遺伝研)16日のみ
  • 千葉啓和(基生研)15日のみ
  • 戀津魁(理研)
  • 守屋勇樹(DBCLS)
  • 高月照江(理研 BRC)
  • 櫛田達矢(NBDC)15日のみ
  • 櫻井望(かずさ)15日のみ
  • 桝屋啓志(理研)15日のみ
  • 今井 健(東大病院)15日のみ
  • 時松敏明(DBCLS)
  • 山田一作(野口研)
  • 山口敦子(DBCLS)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 平川英樹(かずさ)15日のみ
  • 市原寿子(かずさ)
  • 山本 希(東工大)15日のみ
  • 木下聖子(創価大)15日のみ
  • 青木信行(創価大)15日のみ
  • 新町大輔(創価大)15日のみ
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