SPARQLthon21/Organism

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データベースカタログ

RDFデータモデル

  • DCAT を用いたRDFモデル、生物種情報の記述部分を赤で示した

Dbcatalog-rdf-organism.png

  • 利用例)taxonomy.owlとdbcatalog-RDFを用いて緑藻(taxid:3041)データベースのSPARQLによる問い合せ

NCBI/Genome_Reports

  • 原核生物
[
       :organismname   "Synechocystis sp. PCC 6803" ;
       :taxid  <http://identifiers.org/taxonomy/1148> ;
       :bioproject_accession   <http://identifiers.org/bioproject/PRJNA60> ;
       :bioproject_id  "60" ;
       :group  "Cyanobacteria" ;
       :subgroup       "Oscillatoriophycideae" ;
       :size_mb        "3.94702" ;
       :gc     "47.3493" ;
       :chromosomesrefseq      "NC_000911.1" ;
       :chromosomesinsdc       "BA000022.2" ;
       :plasmidsrefseq "NC_005229.1,NC_005231.1,NC_005230.1,NC_005232.1" ;
       :plasmidsinsdc  "AP004310.1,AP004312.1,AP004311.1,AP006585.1" ;
       :wgs    "-" ;
       :scaffolds      "5" ;
       :genes  "3625" ;
       :proteins       "3575" ;
       :release_date   "2001-07-27"^^xsd:date ;
       :modify_date    "2014-05-15"^^xsd:date ;
       :status "Gapless Chromosome" ;
       :center "Kazusa" ;
       :biosample_accession    "-" ;
       :assembly_accession     "GCA_000009725.1" ;
       :reference      "REPR" ;
       :ftp_path       "Synechocystis_sp._PCC_6803/GCF_000009725" ;
       :pubmed_id      "8590279,8905231,9724772" ;
] .
  • 真確生物
[
       :organismname   "Chlamydomonas reinhardtii" ;
       :taxid  <http://identifiers.org/taxonomy/3055> ;
       :bioproject_accession   <http://identifiers.org/bioproject/PRJNA12260> ;
       :bioproject_id  "12260" ;
       :group  "Plants" ;
       :subgroup       "Green Algae" ;
       :size_mb        "120.405" ;
       :gc     "63.8478" ;
       :assembly_accession     "GCA_000002595.2" ;
       :organelles     "2" ;
       :wgs    "ABCN01" ;
       :scaffolds      "1558" ;
       :genes  "14488" ;
       :proteins       "14489" ;
       :release_date   "2007-08-03"^^xsd:date ;
       :modify_date    "2009-08-26"^^xsd:date ;
       :status "Scaffold" ;
       :center "DOE Joint Genome Institute" ;
] .
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