SPARQLthon21

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*** ゲノム以外を RDF 化する際のオントロジー、細胞株などのメタデータを表現するオントロジーを調査
*** ゲノム以外を RDF 化する際のオントロジー、細胞株などのメタデータを表現するオントロジーを調査
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* 成松グループ (山田・小寺）
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* 成松グループ (木下・青木・新町・松原・山田・小寺）
** 山田
** 山田
*** 有田グループの化合物と関連するため打ち合わせをする
*** 有田グループの化合物と関連するため打ち合わせをする
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*** タンパクの糖鎖修飾位置のデータがあるので利用できるグループと相談
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*** GlycoProtDB: タンパクの糖鎖修飾位置のデータがあるので利用できるグループと相談
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*** レクチン（糖鎖とタンパクの相互作用のデータ）の RDF 化
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*** LfDB:レクチン（糖鎖とタンパクの相互作用のデータ）の RDF 化
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*** 動植物の糖鎖を認識する病原体についてのデータの RDF 化（オントロジーは完成）
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*** PACDB: 動植物の糖鎖を認識する病原体についてのデータの RDF 化（オントロジーは完成）
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*** グライコエピトープ（糖を認識するエピトープ）のデータの RDF 化（奥田）
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*** GlycoEpitope（糖を認識するエピトープ）のデータの RDF 化（奥田）
*** GlycoRDFの情報をまとめるサイト http://www.glycoinfo.org/ に集約
*** GlycoRDFの情報をまとめるサイト http://www.glycoinfo.org/ に集約
**** https://github.com/ReneRanzinger/GlycoRDF/wiki
**** https://github.com/ReneRanzinger/GlycoRDF/wiki
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*** PO では足りない部分（英語ではあるが日本語にはないもの etc.）の補完が必要
*** PO では足りない部分（英語ではあるが日本語にはないもの etc.）の補完が必要
** 病害関連キュレーションにおいてフェノームデータベースと連携したい
** 病害関連キュレーションにおいてフェノームデータベースと連携したい
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* 化合物
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** InChIで表現できる化合物について
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* PubChem/ChEBI を参考... (有田グループ)
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* NBDC では日化辞でも RDF 化を進めており、TPP の化合物間のリンクのハブにしたい（櫛田）
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* 有田グループの化合物と... （山田）
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** PubChem/ChEMBL-RDF で Chemical Information Ontology が利用されている。
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*** http://bioportal.bioontology.org/ontologies/CHEMINF
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** CHEMINFで用いられているInChI(InChIKey)の表記の採用
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<個々の化合物> <owl:equivalentClass> <対応するInChI（or InChIKey）（クラス）>
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    主語：<個々の化合物>のURIは、各グループで設定
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    目的語：<対応するInChI（or InChIKey）（クラス）>のURIは、NBDCで改めて提案
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      例、purlの活用
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</pre>
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* 日化辞RDF（仮）の利用
== 参考リンク ==
== 参考リンク ==

2014年6月19日 (木) 08:04時点における版

第21回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

  • 開催期間：2014年6月18日(火) 10:00 〜 19日(水) 18:00
  • 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
  • アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access

プロジェクト

  • 各グループがどのようなデータを持っているかを相互に確認する（櫻井）
    • DBcatalog
    • Species
    • Metabolite
      • 坂東さんの Google docs に、共通に使えるデータやリンク先 URI や適切なオントロジーなどの集約を行う？
  • スキーマ図をどのように生成するか（共通化するか）をシェアしたい（大田）
  • リアクションオントロジー（小寺・時松）
    • IUBMB Enzyme List にある語彙を標準化し、IUBMB EC number との対応関係を比較。
      • 同じECサブサブクラス中で違った特徴を持つ反応グループに分けたりできます。たとえば
        • EC1.1.1（アルコール酸化酵素）647反応中脱カルボキシ化28反応
        • EC1.13.11（モノオキシゲナーゼ）139反応中47個が開環反応
        • EC2.3.1（アシル転移酵素）367反応中アセチル化126個、マロニル化41個、脱カルボキシ化32個、etc
        • EC2.4.1（糖転移酵素）591反応中グルコシル化200個、ガラクトシル化65個、etc
        • EC2.5.1（アルキル転移酵素）174反応中アルキル化25個、アリル化23個、etc
        • EC4.1.1（脱炭酸酵素）137反応中脱カルボキシ化97個
      • 様々な特徴をもつ反応をEC分類に依存せずに抜き出すことが出来ます。たとえば
        • acetylation（アセチル化）はEC2.3.1（アシル転移酵素）103個、EC3.5.1（アミド加水分解酵素）2個
        • その上位概念acylation（アシル化）はEC2.3.1（アシル転移酵素）126個、EC3.5.1（アミド加水分解酵素）20個
        • carboxylation（カルボキシ化）はEC4.1.1（脱炭酸酵素）16個、EC6.4.1で10個、EC1.1.1で10個、etc
        • amination（アミノ化）はEC2.6.1で121個、EC3.5.4で31個、EC1.4.3で27個、EC4.3.1で13個


TPP グループ

  • 有田グループ（有田・金谷・櫻井・時松・小寺）
    • ナップサックの RDF 化を進めたい
      • 生物種
        • DBカタログで taxonomy ID を使って整理している部分と共通化 (taxonomy ID がつかないものが多いがどうするか、リンネの種小名がわからない場合も多い→Genusにする？)
      • 化合物（代謝物）
        • PubChem/ChEBI を参考にして記述したい、Compound のID はナップサック ID をつけ、PubChem ID もしくは CAS 番号へのリンクをそろえたい、
        • 化合物の中には複数のコンポーネントから生合成されているものがある
        • 糖脂質（糖鎖＋脂質）、アルカロイド＋テルペノイド、といった化合物を RDF でどう記述するか（記述するのか）を検討→化合物の上位概念をつけるかどうか
        • NBDC では日化辞でも RDF 化を進めており、TPP の化合物間のリンクのハブにしたい（櫛田）
      • 文献
    • 櫻井
      • メタボロームのメタデータの RDF 化は RDB から D2RQ で行うのが良さそう
    • 小寺、時松
      • 化合物の部分構造やリアクションオントロジーから IUPAC-IUBMB による標準化語彙との関係や、まだ標準化されていない化合物グループがあるかなど
  • 黒川グループ (森・山本・藤澤・鈴木・千葉・矢野）
    • 森
      • ゲノムRDFの真核対応のテストを開始する
      • メタゲノムのメタデータを収集しオントロジーの更新が必要な部分を検証
    • 千葉
      • オーソログのオントロジーで MBGD にない生物種（真核生物）も記述してオントロジーの再検討を行う
      • オーソログのデータセットが複数できるのでメタデータをどう RDF で管理するかを坂東さんと相談する
    • 藤澤
      • ゲノム RDF の真核対応で genome reports の RDF 化を行ったので、Taxnomy ID と BioSample ID の関係を利用する方向で検討　SPARQLthon21/Organism
      • 継続：RNA-Seq のメタデータの RDF 化を検討 ← RefEx との共通化について小野さん・大田さんと相談
  • 菅野グループ (河野・鈴木)
    • 河野
      • ゲノム、トランスクリプトーム、エピゲノムのデータが出てくるが、出せるデータをどのように RDF 化するかを検討
      • ゲノム以外を RDF 化する際のオントロジー、細胞株などのメタデータを表現するオントロジーを調査
  • 成松グループ (木下・青木・新町・松原・山田・小寺）
    • 山田
      • 有田グループの化合物と関連するため打ち合わせをする
      • GlycoProtDB: タンパクの糖鎖修飾位置のデータがあるので利用できるグループと相談
      • LfDB:レクチン（糖鎖とタンパクの相互作用のデータ）の RDF 化
      • PACDB: 動植物の糖鎖を認識する病原体についてのデータの RDF 化（オントロジーは完成）
      • GlycoEpitope（糖を認識するエピトープ）のデータの RDF 化（奥田）
      • GlycoRDFの情報をまとめるサイト http://www.glycoinfo.org/ に集約
    • 小寺
      • IUPAC でも何をもって糖（残基）とよぶか曖昧という現状なので詰める
    • 木下
  • 桝屋グループ（桝屋）
    • フェノーム統合データベース
      • 各生物種ごとにフォーマットや表現方法がバラバラな表現型を RDF で統一化する
      • 表現型のデータ（疾患・検査結果・遺伝子発現など）
        • 数＋単位の RDF 化
      • 生物（サンプル・バイオリソースなど）
        • 文献情報などリンク先の調査
  • 田畑グループ（市原）
    • PGDBj の複数のコンテンツの RDF 化のための準備
    • 植物関連学会からの要請で植物のオントロジー整備を進めたい
      • 登録生物種リスト (taxonomy ID)
      • 植物関連データベースリンク集 → データベースカタログとの打ち合わせ
      • 植物遺伝マーカー、QTL、病害関連情報のRDF化のためのオントロジー調査
      • PO では足りない部分（英語ではあるが日本語にはないもの etc.）の補完が必要
    • 病害関連キュレーションにおいてフェノームデータベースと連携したい
  • 化合物
    • InChIで表現できる化合物について 
* PubChem/ChEBI を参考... (有田グループ)
* NBDC では日化辞でも RDF 化を進めており、TPP の化合物間のリンクのハブにしたい（櫛田）
* 有田グループの化合物と... （山田）

<個々の化合物> <owl:equivalentClass> <対応するInChI（or InChIKey）（クラス）>
     主語：<個々の化合物>のURIは、各グループで設定
    目的語：<対応するInChI（or InChIKey）（クラス）>のURIは、NBDCで改めて提案
       例、purlの活用
  • 日化辞RDF（仮）の利用

参考リンク

参加者

  • 片山俊明（DBCLS）
  • 川島秀一（DBCLS）
  • 小林 紀郎 (理研)
  • 藤澤貴智（遺伝研）
  • 永野朗夫（PENQE）１９日のみ
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 戀津 魁 (理研)
  • 桝屋 啓志 (理研)
  • 高月照江（理研）
  • 岡本　忍（DBCLS）18日のみ
  • 古崎晃司（阪大）19日のみ
  • 坂東 明日佳 (NBDC) 19日のみ
  • 森 宙史（東工大）
  • 山本 希 (東工大)
  • 山田一作 (野口研)
  • 時松敏明 (DBCLS)
  • 櫻井望 (かずさ) 18日のみ
  • 千葉啓和（基生研）
  • 小寺正明（東工大）
  • 平川英樹（かずさ）18日のみ
  • 市原寿子（かずさ）
  • 櫛田達矢（NBDC）
  • 金谷重彦（奈良先）18日のみ
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 有田正規 (遺伝研) 18日のみ
  • 木下聖子（創価大）19日のみ
「http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon21」より作成
個人用ツール