SPARQLthon21

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*** オーソログのデータセットが複数できるのでメタデータをどう RDF で管理するかを坂東さんと相談する
*** オーソログのデータセットが複数できるのでメタデータをどう RDF で管理するかを坂東さんと相談する
** 藤澤
** 藤澤
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*** ゲノム RDF の真核対応で genome reports の RDF 化を行ったので、Taxnomy ID と BioSample ID の関係を利用する方向で検討
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*** ゲノム RDF の真核対応で genome reports の RDF 化を行ったので、Taxnomy ID と BioSample ID の関係を利用する方向で検討 [[SPARQLthon21/Organism]]
*** 継続:RNA-Seq のメタデータの RDF 化を検討 ← RefEx との共通化について小野さん・大田さんと相談
*** 継続:RNA-Seq のメタデータの RDF 化を検討 ← RefEx との共通化について小野さん・大田さんと相談

2014年6月18日 (水) 08:58時点における版

第21回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

  • 開催期間:2014年6月18日(火) 10:00 〜 19日(水) 18:00
  • 開催場所:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
  • アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access

プロジェクト

  • 各グループがどのようなデータを持っているかを相互に確認する(櫻井)
    • DBcatalog
    • Species
    • Metabolite
      • 坂東さんの Google docs に、共通に使えるデータやリンク先 URI や適切なオントロジーなどの集約を行う?
  • スキーマ図をどのように生成するか(共通化するか)をシェアしたい(大田)

TPP グループ

  • 有田グループ(有田・金谷・櫻井・時松・小寺)
    • ナップサックの RDF 化を進めたい
      • 生物種
        • DBカタログで taxonomy ID を使って整理している部分と共通化 (taxonomy ID がつかないものが多いがどうするか、リンネの種小名がわからない場合も多い→Genusにする?)
      • 化合物(代謝物)
        • PubChem/ChEBI を参考にして記述したい、Compound のID はナップサック ID をつけ、PubChem ID もしくは CAS 番号へのリンクをそろえたい、
        • 化合物の中には複数のコンポーネントから生合成されているものがある
        • 糖脂質(糖鎖+脂質)、アルカロイド+テルペノイド、といった化合物を RDF でどう記述するか(記述するのか)を検討→化合物の上位概念をつけるかどうか
        • NBDC では日化辞でも RDF 化を進めており、TPP の化合物間のリンクのハブにしたい(櫛田)
      • 文献
    • 櫻井
      • メタボロームのメタデータの RDF 化は RDB から D2RQ で行うのが良さそう
    • 小寺、時松
      • 化合物の部分構造やリアクションオントロジーから IUPAC-IUBMB による標準化語彙との関係や、まだ標準化されていない化合物グループがあるかなど
  • 黒川グループ (森・山本・藤澤・鈴木・千葉・矢野)
      • ゲノムRDFの真核対応のテストを開始する
      • メタゲノムのメタデータを収集しオントロジーの更新が必要な部分を検証
    • 千葉
      • オーソログのオントロジーで MBGD にない生物種(真核生物)も記述してオントロジーの再検討を行う
      • オーソログのデータセットが複数できるのでメタデータをどう RDF で管理するかを坂東さんと相談する
    • 藤澤
      • ゲノム RDF の真核対応で genome reports の RDF 化を行ったので、Taxnomy ID と BioSample ID の関係を利用する方向で検討 SPARQLthon21/Organism
      • 継続:RNA-Seq のメタデータの RDF 化を検討 ← RefEx との共通化について小野さん・大田さんと相談
  • 菅野グループ (河野・鈴木)
    • 河野
      • ゲノム、トランスクリプトーム、エピゲノムのデータが出てくるが、出せるデータをどのように RDF 化するかを検討
      • ゲノム以外を RDF 化する際のオントロジー、細胞株などのメタデータを表現するオントロジーを調査
  • 成松グループ (山田・小寺)
    • 山田
      • 有田グループの化合物と関連するため打ち合わせをする
      • タンパクの糖鎖修飾位置のデータがあるので利用できるグループと相談
      • レクチン(糖鎖とタンパクの相互作用のデータ)の RDF 化
      • 動植物の糖鎖を認識する病原体についてのデータの RDF 化(オントロジーは完成)
      • グライコエピトープ(糖を認識するエピトープ)のデータの RDF 化(奥田)
      • GlycoRDFの情報をまとめるサイト http://www.glycoinfo.org/ に集約
    • 小寺
      • IUPAC でも何をもって糖(残基)とよぶか曖昧という現状なので詰める
  • 桝屋グループ(桝屋)
    • フェノーム統合データベース
      • 各生物種ごとにフォーマットや表現方法がバラバラな表現型を RDF で統一化する
      • 表現型のデータ(疾患・検査結果・遺伝子発現など)
        • 数+単位の RDF 化
      • 生物(サンプル・バイオリソースなど)
        • 文献情報などリンク先の調査
  • 田畑グループ(市原)
    • PGDBj の複数のコンテンツの RDF 化のための準備
    • 植物関連学会からの要請で植物のオントロジー整備を進めたい
      • 登録生物種リスト (taxonomy ID)
      • 植物関連データベースリンク集 → データベースカタログとの打ち合わせ
      • 植物遺伝マーカー、QTL、病害関連情報のRDF化のためのオントロジー調査
      • PO では足りない部分(英語ではあるが日本語にはないもの etc.)の補完が必要
    • 病害関連キュレーションにおいてフェノームデータベースと連携したい

参考リンク

参加者

  • 片山俊明(DBCLS)
  • 川島秀一(DBCLS)
  • 小林 紀郎 (理研)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 永野朗夫(PENQE)19日のみ
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 戀津 魁 (理研)
  • 桝屋 啓志 (理研)
  • 高月照江(理研)
  • 岡本 忍(DBCLS)18日のみ
  • 古崎晃司(阪大)19日のみ
  • 坂東 明日佳 (NBDC)
  • 森 宙史(東工大)
  • 山本 希 (東工大)
  • 山田一作 (野口研)
  • 時松敏明 (DBCLS)
  • 櫻井望 (かずさ) 18日のみ
  • 千葉啓和(基生研)
  • 小寺正明(東工大)
  • 平川英樹(かずさ)18日のみ
  • 市原寿子(かずさ)
  • 櫛田達矢(NBDC)
  • 金谷重彦(奈良先)18日のみ
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 有田正規 (遺伝研) 18日のみ
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