SPARQLthon20

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* 成松グループ (木下・山田・松原・藤田)
* 成松グループ (木下・山田・松原・藤田)
** 木下
** 木下
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*** WURCS (Web Unique....) 糖鎖のユニークな線形文字列
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*** WURCS (Web3 Unique Representation of Carbohydrate Structures) 糖鎖のユニークな線形文字列
*** 有田グループの化合物と関連するため打ち合わせをする
*** 有田グループの化合物と関連するため打ち合わせをする
*** 糖鎖レジストリから糖鎖構造のファセット検索を実現したい
*** 糖鎖レジストリから糖鎖構造のファセット検索を実現したい

2014年5月27日 (火) 01:39時点における版

第20回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

注意事項

  • 今回は JST の会場をお借りしますので、部屋の利用は両日とも 10:00〜18:30 の間だけとなります。
  • 部屋での飲食はできない可能性がありますので、差し入れは遠慮させて頂きたく思います。
  • 当日、隣の部屋で面接選考を行っているとのことで、ご配慮頂ければと思います。

無線LAN

  • パスワード等の書かれた案内用紙を回覧します。

プロジェクト

TPP グループ

  • 有田グループ(有田・櫻井)
    • 有田
      • 化合物の中には複数のコンポーネントから生合成されているものがある
      • 糖脂質(糖鎖+脂質)、アルカロイド+テルペノイド、といった化合物を RDF でどう記述するか(記述するのか)を検討
    • 櫻井
      • メタボロームのメタデータの RDF 化に必要なオントロジーの整備
  • 黒川グループ (森・山本・藤澤・鈴木・千葉・矢野)
      • データ更新の前に、どういうデータを新規に収集する必要があるか
      • 既存のゲノム RDF、メタゲノム RDF の構造やオントロジーを更新したい(リストアップから)
    • 千葉
      • オーソログの真核生物対応の拡張を検討
    • 藤澤
      • ゲノム RDF の真核対応
      • RNA-Seq のメタデータの RDF 化を検討 ← RefEx は微生物を対象にしていないので RDF 化を共通化出来るか検討
      • 微生物の RNA-Seq はめっちゃくちゃ増えている(しかもリファレンスゲノムがない)、単離したものとメタトランスと両方ある
  • 菅野グループ (河野)
    • 河野
      • ゲノム、トランスクリプトーム、エピゲノムのデータが出てくる
      • ゲノム以外を RDF 化する際のオントロジー、細胞株などのメタデータを表現するオントロジーを調査
  • 成松グループ (木下・山田・松原・藤田)
    • 木下
      • WURCS (Web3 Unique Representation of Carbohydrate Structures) 糖鎖のユニークな線形文字列
      • 有田グループの化合物と関連するため打ち合わせをする
      • 糖鎖レジストリから糖鎖構造のファセット検索を実現したい

SPARQLthon グループ

  • TogoGenome (川島・片山・永野・岡別府・守屋)
    • 川島
      • ExpressionAtlas (EBI RDF) のスタンザを作る(前回 Chembl をやった)
    • 片山
      • ゲノム情報の RDF 化で、RDF summit の結果 (Ensembl/RefSeq/DDBJ 共通 RDF 化) をうけて黒川グループと相談
      • insdc2ttl.rb のバグ fix
      • データ更新 → TogoStanza の SPARQL 更新
      • インフォコムさんの Stanza をマージ
    • 永野
      • ID mapping の UI
  • SPARQL builder (小林・戀津・山口・呉・櫛田・畠中・大久保・坂東)
    • 小林
      • エンドポイントからメタデータを取得するクローラの開発
    • 山口
      • TogoTable との連携
      • Database archive にクラス指定をできるだけつけてみて、SPARQL builder で使えるか検討 (櫛田・畠中・大久保)
  • RDF <-> SQL, NoSQL, Neo4j etc. (大田・山中・片山)
    • 大田
      • RDF データをだれでも簡単に Neo4j に入れられるようにする
      • すでに Galaxy が AWS から 1-click で使えるようになっているので、ドキュメントとコードの整理を行う
    • 片山 (Raoul Bonnal)
      • NoSQL DB, Flat file などへ ruby-rdf でオンメモリ RDF 生成、SPARQL 1.1 の SERVICE 句での検索統合
  • リアクションオントロジー (小寺・時松)
    • 小寺
      • オントロジーの整備+論文化対応


  • 追記願います

参考リンク

参加者

  • 片山俊明(DBCLS)
  • 川島秀一(DBCLS)
  • 小林 紀郎 (理研)
  • 戀津 魁 (理研)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 時松敏明 (DBCLS)
  • 木下聖子 (創価大) 27日のみ
  • 藤田晶大 (創価大) 27日のみ
  • 山田一作 (野口研)
  • 松原正陽 (野口研)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 櫻井望(かずさ)27日のみ
  • 小寺正明(東工大)
  • 森宙史(東工大)
  • 大田達郎(DBCLS)
  • 永野朗夫 (PENQE) 27日のみ
  • 千葉啓和 (基生研) 27日のみ
  • 山中遼太 (先端研) 27日のみ
  • 坂東明日佳 (NBDC)
  • 山本希(東工大)
  • 矢野雅大(東工大)
  • 鈴木真也(東工大)
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