SPARQLthon17

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2014年2月17日 (月) 09:29時点におけるIssaku (トーク | 投稿記録)による版
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第17回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

  • 開催期間:2014年2月17日(月) 10:00 〜 18日(火) 18:00
  • 開催場所:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 4階 415 (教室)
  • アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access

プロジェクト

  • 次回以降の SPARQLthon 日程調整
  • TogoGenome/TogoStanza
    • UniProt 2014_01 + RefSeq 63 + EdgeStore (FALDO, クラス名, グラフ名改定対応)
    • ID mapping
    • NanoStanza
      • Environment: 生物種数, 生育温度分布, 生育pH分布, 写真, 系統プロファイル etc.
      • Organism: ゲノムサイズ, 遺伝子数, GC%, 生育温度, 生育pH, 表現型, application, disease, 系統プロファイル etc.
      • Gene: 遺伝子長, exon数, AS数, オーソログ/生物種数, 立体構造, 論文, EC, 立体構造 etc.
    • Human/Eukaryote genome RDF
    • Nanopub
    • 更新体制とサーバ移行準備
  • TogoDB/TogoWS
  • MicrobeDB
  • MBGD
  • DDBJ
  • GenomeRefine
  • RDF
    • VCF2RDF (BioInterchange/GVFO)
    • PubChem, EBI, PDBj
    • Glyco
    • BioResource
  • オントロジー
    • 菌株
    • taxdump 改定
    • PIERO
  • D2RQ : SPARQL -> SQL どうなるか検証
  • Neo4j : RDF -> Neo4j にロード (BioPAX データ)
  • グラフとネットワークの解析

参考リンク

参加者

  • 片山俊明(DBCLS)
  • 永野朗夫(PENQE)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 岡本忍(DBCLS)
  • 竹原潤一(東工大)
  • 大田達郎(DBCLS)(1日目だけ)
  • 藤澤貴智(遺伝研)
  • 山中遼太(先端研)
  • 伊藤真和吏(医薬基盤研)
  • 森宙史(東工大)
  • 小林紀郎(理研)
  • 櫻井望(かずさ)
  • 小寺正明(東工大)(1日目だけ)
  • 森田瑞樹(東大)(1日目だけ)
  • 山本泰智(DBCLS)
  • 山田一作(野口研)(1日目昼過ぎから)
個人用ツール