SPARQLthon/glycan/wurcsRDF

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(ページの作成:「WURCS RDF * 目的 * 糖鎖構造の線形文字列表記であるWURCSをRDFで記述し、糖鎖構造をSPARQLで検索できるようにする。 * 糖鎖構造をWUR...」)
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WURCS RDF
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==WURCS RDF==
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* 目的
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* 目的: 糖鎖構造の線形文字列表記であるWURCSをRDFで記述し、糖鎖構造をSPARQLで検索できるようにする。
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* 糖鎖構造の線形文字列表記であるWURCSをRDFで記述し、糖鎖構造をSPARQLで検索できるようにする。
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* 糖鎖構造をWURCSで表現した例
* 糖鎖構造をWURCSで表現した例
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** [http://glytoucan.org/Structures/glycans/G00219DO| GlyTouCan:G00219DO]の糖鎖構造をWURCSで表現すると、
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: [http://glytoucan.org/Structures/glycans/G00219DO| GlyTouCan:G00219DO]の糖鎖構造をWURCSで表現すると、
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[[ファイル:WURCS RDF.png]]
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G97690MSのWURCS-RDFサンプル
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<pre>
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#WURCS=2.0/2,4,3/[h5122h-2b_2-5][22122h-1a_1-5]/1-2-1-1/a2-b1_b6-c2_c1-d2
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#G97690MS
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# Saccharide
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<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS>
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a glycan:saccharide ;
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glycan:has_glycosequence <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs> .
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# Glycosequence
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<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs>
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a glycan:glycosequence ;
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glycan:in_carbohydrate_format  glycan:carbohydrate_format_wurcs ;
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wurcs:has_uniqueRES <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/uniqueRES/1> ;
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 +
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 +
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 +
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 +
 
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 +
 
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 +
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 +
a wurcs:RES ;
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 +
wurcs:has_LIN <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/LIN/c1-d2> .
 +
 
 +
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/RES/d>
 +
a wurcs:RES ;
 +
wurcs:is_uniqueRES <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/uniqueRES/1> ;
 +
wurcs:has_LIN <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/LIN/c1-d2> .
 +
 
 +
# LIN
 +
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/LIN/a2-b1>
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a wurcs:LIN ;
 +
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 +
wurcs:has_GLIP <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/GLIP/b1> .
 +
 
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<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/LIN/b6-c2>
 +
a wurcs:LIN ;
 +
wurcs:has_GLIP <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/GLIP/b6> ;
 +
wurcs:has_GLIP <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/GLIP/c2> .
 +
 
 +
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/LIN/c1-d2>
 +
a wurcs:LIN ;
 +
wurcs:has_GLIP <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/GLIP/c1> ;
 +
wurcs:has_GLIP <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/GLIP/d2> .
 +
 
 +
# GLIP
 +
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/GLIP/a2> 
 +
a wurcs:GLIP ;
 +
wurcs:has_RES <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/RES/a> ;
 +
wurcs:has_SC_position "2"^^xsd:integer .
 +
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/GLIP/b1> 
 +
a wurcs:GLIP ;
 +
wurcs:has_RES <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/RES/b> ;
 +
wurcs:has_SC_position "1"^^xsd:integer .
 +
 
 +
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/GLIP/b6> 
 +
a wurcs:GLIP ;
 +
wurcs:has_RES <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/RES/b> ;
 +
wurcs:has_SC_position "6"^^xsd:integer .
 +
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/GLIP/c2> 
 +
a wurcs:GLIP ;
 +
wurcs:has_RES <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/RES/c> ;
 +
wurcs:has_SC_position "2"^^xsd:integer .
 +
 
 +
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/GLIP/c1> 
 +
a wurcs:GLIP ;
 +
wurcs:has_RES <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/RES/c> ;
 +
wurcs:has_SC_position "1"^^xsd:integer .
 +
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/GLIP/d2> 
 +
a wurcs:GLIP ;
 +
wurcs:has_RES <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/RES/d> ;
 +
wurcs:has_SC_position "2"^^xsd:integer .
 +
</pre>
 +
構造検索のSPARQLの例
 +
<pre>
 +
PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
 +
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
 +
PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>
 +
PREFIX xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#>
 +
PREFIX glycan: <http://purl.jp/bio/12/glyco/glycan#>
 +
PREFIX glytoucan:  <http://www.glytoucan.org/glyco/owl/glytoucan#>
 +
PREFIX wurcs: <http://www.glycoinfo.org/glyco/owl/wurcs#>
 +
 
 +
SELECT DISTINCT ?glycan
 +
FROM <http://www.glycoinfo.org/graph/wurcs>
 +
WHERE {
 +
  ?glycan glycan:has_glycosequence ?gseq .
 +
  ?gseq wurcs:has_uniqueRES ?uRES1, ?uRES2 .
 +
  ?uRES1 wurcs:is_monosaccharide <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/monosaccharide/12112h-1b_1-5> .
 +
  ?uRES2 wurcs:is_monosaccharide <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/monosaccharide/12122h-1b_1-5_2*NCC%2F3%3DO> .
 +
 
 +
?gseq wurcs:has_LIN ?LIN1 .
 +
  ?LIN1 wurcs:has_GLIP ?s1, ?s2 .
 +
 
 +
  ?s1 wurcs:has_SC_position 1 .
 +
  ?s1 wurcs:has_RES ?RES1 .
 +
  ?RES1 wurcs:is_uniqueRES ?uRES1 .
 +
 
 +
  ?s2 wurcs:has_SC_position 4 .
 +
  ?s2 wurcs:has_RES ?RES2 .
 +
  ?RES2 wurcs:is_uniqueRES ?uRES2 .
 +
} limit 100
 +
<pre>

2015年1月16日 (金) 08:06時点における版

WURCS RDF

  • 目的: 糖鎖構造の線形文字列表記であるWURCSをRDFで記述し、糖鎖構造をSPARQLで検索できるようにする。
  • 糖鎖構造をWURCSで表現した例
GlyTouCan:G00219DOの糖鎖構造をWURCSで表現すると、

WURCS RDF.png

G97690MSのWURCS-RDFサンプル

#WURCS=2.0/2,4,3/[h5122h-2b_2-5][22122h-1a_1-5]/1-2-1-1/a2-b1_b6-c2_c1-d2
#G97690MS

# Saccharide
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS>
	a	glycan:saccharide ;
	glycan:has_glycosequence	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs> .

# Glycosequence
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs>
	a glycan:glycosequence ;
	glycan:in_carbohydrate_format   glycan:carbohydrate_format_wurcs ;
	wurcs:has_uniqueRES <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/uniqueRES/1> ;
	wurcs:has_uniqueRES <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/uniqueRES/2> ;
	wurcs:has_root_RES <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/RES/a> ;
	glycan:has_sequence "WURCS=2.0/2,4,3/[h5122h-2b_2-5][22122h-1a_1-5]/1-2-1-1/a2-b1_b6-c2_c1-d2"^^xsd:string ;
	wurcs:has_monosaccharide	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/monosaccharide/h5122h-2b_2-5> ;
	wurcs:has_monosaccharide	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/monosaccharide/22122h-1a_1-5> ;
	wurcs:has_LIN <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/LIN/a2-b1> ;
	wurcs:has_uniqueLIN <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/uniqueLIN/1-2> ;
	wurcs:has_LIN <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/LIN/b6-c2> ;
	wurcs:has_uniqueLIN <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/uniqueLIN/2-6> ;
	wurcs:has_LIN <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/LIN/c1-d2> ;
	wurcs:has_uniqueLIN <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/uniqueLIN/1-2> ;
	owl:sameAs	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/WURCS%3D2.0%2F2%2C4%2C3%2F%5Bh5122h-2b_2-5%5D%5B22122h-1a_1-5%5D%2F1-2-1-1%2Fa2-b1_b6-c2_c1-d2> .

<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/uniqueLIN/1-2>
	a wurcs:uniqueLIN ;
	wurcs:has_LIN <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/LIN/a2-b1> .
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/uniqueLIN/2-6>
	a wurcs:uniqueLIN ;
	wurcs:has_LIN <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/LIN/b6-c2> .
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/uniqueLIN/1-2>
	a wurcs:uniqueLIN ;
	wurcs:has_LIN <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/LIN/c1-d2> .

# uniqueRES
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/uniqueRES/1>
	a	wurcs:uniqueRES ;
	wurcs:is_monosaccharide	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/monosaccharide/h5122h-2b_2-5> ;
	wurcs:has_skeleton_code	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/SkeletonCode/h5122h> ;
	wurcs:has_anomeric_symbol	"b"^^xsd:string ;
	wurcs:has_anomeric_position	"2"^^xsd:integer ;
	wurcs:has_MOD	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/MOD/2-5> .

<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/uniqueRES/2>
	a	wurcs:uniqueRES ;
	wurcs:is_monosaccharide	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/monosaccharide/22122h-1a_1-5> ;
	wurcs:has_skeleton_code	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/SkeletonCode/22122h> ;
	wurcs:has_anomeric_symbol	"a"^^xsd:string ;
	wurcs:has_anomeric_position	"1"^^xsd:integer ;
	wurcs:has_MOD	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/MOD/1-5> .

# RES
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/RES/a>
	a	wurcs:RES ;
	wurcs:is_uniqueRES	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/uniqueRES/1> ;
	wurcs:has_LIN	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/LIN/a2-b1> .

<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/RES/b>
	a	wurcs:RES ;
	wurcs:is_uniqueRES	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/uniqueRES/2> ;
	wurcs:has_LIN	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/LIN/a2-b1> ;
	wurcs:has_LIN	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/LIN/b6-c2> .

<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/RES/c>
	a	wurcs:RES ;
	wurcs:is_uniqueRES	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/uniqueRES/1> ;
	wurcs:has_LIN	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/LIN/b6-c2> ;
	wurcs:has_LIN	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/LIN/c1-d2> .

<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/RES/d>
	a	wurcs:RES ;
	wurcs:is_uniqueRES	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/uniqueRES/1> ;
	wurcs:has_LIN	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/LIN/c1-d2> .

# LIN
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/LIN/a2-b1>
	a	wurcs:LIN ;
	wurcs:has_GLIP	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/GLIP/a2> ; 
	wurcs:has_GLIP	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/GLIP/b1> . 

<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/LIN/b6-c2>
	a	wurcs:LIN ;
	wurcs:has_GLIP	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/GLIP/b6> ; 
	wurcs:has_GLIP	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/GLIP/c2> . 

<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/LIN/c1-d2>
	a	wurcs:LIN ;
	wurcs:has_GLIP	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/GLIP/c1> ; 
	wurcs:has_GLIP	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/GLIP/d2> . 

# GLIP
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/GLIP/a2>  
	a	wurcs:GLIP ;
	wurcs:has_RES	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/RES/a> ; 
	wurcs:has_SC_position	"2"^^xsd:integer .
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/GLIP/b1>  
	a	wurcs:GLIP ;
	wurcs:has_RES	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/RES/b> ; 
	wurcs:has_SC_position	"1"^^xsd:integer .

<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/GLIP/b6>  
	a	wurcs:GLIP ;
	wurcs:has_RES	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/RES/b> ; 
	wurcs:has_SC_position	"6"^^xsd:integer .
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/GLIP/c2>  
	a	wurcs:GLIP ;
	wurcs:has_RES	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/RES/c> ; 
	wurcs:has_SC_position	"2"^^xsd:integer .

<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/GLIP/c1>  
	a	wurcs:GLIP ;
	wurcs:has_RES	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/RES/c> ; 
	wurcs:has_SC_position	"1"^^xsd:integer .
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/GLIP/d2>  
	a	wurcs:GLIP ;
	wurcs:has_RES	<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G97690MS/wurcs/2.0/RES/d> ; 
	wurcs:has_SC_position	"2"^^xsd:integer .

構造検索のSPARQLの例

PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>
PREFIX xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#>
PREFIX glycan: <http://purl.jp/bio/12/glyco/glycan#> 
PREFIX glytoucan:  <http://www.glytoucan.org/glyco/owl/glytoucan#>
PREFIX wurcs: <http://www.glycoinfo.org/glyco/owl/wurcs#>

SELECT DISTINCT ?glycan 
FROM <http://www.glycoinfo.org/graph/wurcs>
WHERE {
  ?glycan glycan:has_glycosequence ?gseq .
  ?gseq wurcs:has_uniqueRES ?uRES1, ?uRES2 .
  ?uRES1 wurcs:is_monosaccharide <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/monosaccharide/12112h-1b_1-5> .
  ?uRES2 wurcs:is_monosaccharide <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/monosaccharide/12122h-1b_1-5_2*NCC%2F3%3DO> .

 ?gseq wurcs:has_LIN ?LIN1 .
  ?LIN1 wurcs:has_GLIP ?s1, ?s2 .

  ?s1 wurcs:has_SC_position 1 .
  ?s1 wurcs:has_RES ?RES1 .
  ?RES1 wurcs:is_uniqueRES ?uRES1 .

  ?s2 wurcs:has_SC_position 4 .
  ?s2 wurcs:has_RES ?RES2 . 
  ?RES2 wurcs:is_uniqueRES ?uRES2 .
 } limit 100
<pre>
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