SPARQLthon
提供:TogoWiki
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** RDF/XML, Turtle, N3 などの相互変換: [http://librdf.org/raptor/rapper.html rapper] | ** RDF/XML, Turtle, N3 などの相互変換: [http://librdf.org/raptor/rapper.html rapper] | ||
** CSV, TSV, XML, GFF3, GVF, Newick etc. → RDF: [http://www.biointerchange.org/ BioInterchange], [http://togodb.org/ TogoDB], [http://togows.org/ TogoWS] | ** CSV, TSV, XML, GFF3, GVF, Newick etc. → RDF: [http://www.biointerchange.org/ BioInterchange], [http://togodb.org/ TogoDB], [http://togows.org/ TogoWS] | ||
- | ** INSDC → RDF: [https://gist.github.com/ktym/5547403 refseq2ttl.rb], [http://biohackathon.org/resource/faldo FALDO], [https://gist.github.com/ktym/4146256 rs_id.json], [https://gist.github.com/ktym/3650401 ft_so.json], [https://gist.github.com/ktym/4266185 insdc.owl] → [https://github.com/dbcls/rdfsummit/tree/master/insdc2ttl insdc2ttl] に集約 | + | ** INSDC → RDF: [https://gist.github.com/ktym/5547403 refseq2ttl.rb], [http://biohackathon.org/resource/faldo FALDO], [https://gist.github.com/ktym/4146256 rs_id.json], [https://gist.github.com/ktym/3650401 ft_so.json], [https://gist.github.com/ktym/4266185 insdc.owl] → [https://github.com/dbcls/rdfsummit/tree/master/insdc2ttl insdc2ttl] に集約 |
- | ** Taxonomy → OWL: [https://gist.github.com/ktym/8802695 taxdump2owl.rb] → [https://github.com/dbcls/rdfsummit/tree/master/taxdump2owl taxdump2owl] に集約 | + | *** 公開サイト: http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/nucleotide/ |
+ | ** Taxonomy → OWL: [https://gist.github.com/ktym/8802695 taxdump2owl.rb] → [https://github.com/dbcls/rdfsummit/tree/master/taxdump2owl taxdump2owl] に集約 | ||
+ | *** 公開サイト: http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy/ | ||
** ConvRDF [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH12.12/ConvRDF] 1BトリプルレベルのRDF/XMLを安定的にNtriplesに変換。 | ** ConvRDF [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH12.12/ConvRDF] 1BトリプルレベルのRDF/XMLを安定的にNtriplesに変換。 | ||
2017年7月5日 (水) 13:46時点における版
SPARQLthon (スパークルソンと呼んでいます) はもともと、2013 年度の統合化推進プログラム成果発表に向けて、ゲノム情報の RDF 化を行なっているグループを中心に、オントロジーの構築・RDF の生成の促進と SPARQL 検索技術の向上を目指して 2012 年 10 月から有志によってミニ・ハッカソンのようなカタチで始められました。以後、毎月1回の開催となりライフサイエンスにおけるセマンティック・ウェブ技術の利用や開発に興味のある方が自由に集い、議論し、開発し、実務をこなしつつ交流を図る場となってきています。また 2014 年 4 月からは、1 日目を NBDC/DBCLS による統合化推進プログラムの RDF 化支援を主体に、2 日目をこれまでどおり RDF 化と SPARQL の技術開発に主に充てることとなりました。
目次 |
メーリングリスト
次回開催のご案内、日程調整の連絡、関連する議論などは 国内版バイオハッカソンのメーリングリスト (biohackathon-jp) で行いますので、興味ある方は各自ご登録頂ければと思います。なお、このメーリングリストは、国内版バイオハッカソン BH13.13 の参加者+希望者が登録されており、参加や退会は自由、投稿内容は参加者だけに公開となっています。
参加者募集
年1回開催の 国際版 BioHackathon や国内版バイオハッカソンでは、様々な進捗がありますが未完成のプロジェクトが残りがちです。SPARQLthon は月1回定期的に顔を合わせることでこれを補完し、立ちあげたプロジェクトをモチベーションをキープしながら着実に進めて成果を出すプロトコルとして有効に機能してきていると思います。アカデミック・企業・デザイナーなどなど所属機関や立場を問わず、様々な分野からの参加者同士で交流が進むことにより、まだなかなか見つけることの難しいセマンティック・ウェブの技術者や研究者の発掘とコミュニティの醸成などにも役立つ場となっています。
ハッカソン(SPARQLthon)形式での会議開催のメリットは、関係者が直接顔を合わせて集中的に取り組むことにより
- 話が早い
- その場で仕事が進む
- 新しい人脈との交流が広がる
といったことが挙げられるかと思います。SPARQLthon は、ライフサイエンスにおけるセマンティック・ウェブに興味のある方であれば誰でも自由に参加して頂ける会です。会場確保の都合で参加登録をお願いすることもあるかと思いますので、参加希望の方は各回の開催予定をご覧ください。
開催目的
- オントロジーの開発
- RDF の設計と生成
- トリプルストアの調査と運用
- SPARQL 検索スキルの向上とノウハウの共有
- SPARQL 結果のハンドリングと可視化技術
- マッシュアップによるアプリケーションの開発
- セマンティック・ウェブのための UI デザイン
統合化推進プログラム
RDF 開発
- データベースRDF化ガイドライン旧MediaWikiバージョン (旧MediaWikiバージョンドラフト), (英語版ドラフト0.1)
- RDFポータルのスキーマ図作成用ライブラリ (ファイルをダウンロードした後、draw io で「File>Open from>Device…」からファイルを選択する)
統合化推進プログラム (TPP) の RDF 化支援
- 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
- ゲノムとフェノタイプ・疾患・医薬品の統合データベース (金久)
- ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物DBの超高度化推進 (黒川)
- 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オミクスデータの統合 (菅野)
- 植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築 (田畑)
- 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーション (徳永)
- 蛋白質構造データバンクの高度化と統合的運用 (中村)
- 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
- 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
- 生命動態システム科学のデータベースの統合化(大浪)
- プロテオーム統合データベース:jPOST(石濱)
これまでの主な成果
オープンデータ時代の標準Web API SPARQL (インプレスR&D) 刊行
- 日本初のSPARQLの解説本
- 著者は、全員 SPARQLthon 参加者
- 日本で開発された生命科学データのRDFを集積
- 統合推進プログラムで構築されたRDFデータを多数収録
- 掲載RDFデータは、RDFガイドラインに準拠している
統合プロジェクトで開発されたツール類
- SPARQL-proxy
- クライアントと SPARQL エンドポイントの間で動作するミドルウェア
- 開発方法 [1]
- SPARQL support
- クエリ記述補助
平成28年度までのまとめページへのリンク集
- SPARQL クライアント
- トリプルストア
- SPARQL 1.1 準拠状況
- Virtuoso 7: インストール方法, 起動管理スクリプト, 商用版の場合, パフォーマンスについて, ロードやメモリの設定等, プロシージャの利用
- OWLIM: owlim-ruby
- RDF 変換ツール
- RDF/XML, Turtle, N3 などの相互変換: rapper
- CSV, TSV, XML, GFF3, GVF, Newick etc. → RDF: BioInterchange, TogoDB, TogoWS
- INSDC → RDF: refseq2ttl.rb, FALDO, rs_id.json, ft_so.json, insdc.owl → insdc2ttl に集約
- Taxonomy → OWL: taxdump2owl.rb → taxdump2owl に集約
- ConvRDF [2] 1BトリプルレベルのRDF/XMLを安定的にNtriplesに変換。
- 個別事例: UniProt, MBGD, MPO, TogoAnnotation, EdgeStore, Identifiers.org連携
今後の開催予定
場所未定のままの場合は、基本的に DBCLS 柏の葉キャンパス駅前での開催となります。
- 2017/07/27-28 SPARQLthon58 @ DBCLS (三島)
- 2017/08/30-31 SPARQLthon59 @- 理研 (和光)
- 2017/9 SPARQLthon60 @ BH17
- 2017/11/27-12/1 国内版バイオハッカソンBH17.11@熊本かも?
- 今後の SPARQLthon の日程調整
- SPARQLthon 用 Google カレンダー に学会等の予定を追記してください。
- 書き込み権は DBCLS 片山・川島にメール等で遠慮なくリクエストください。スケジュールの空き状況を見て、わりと先まで決めておこうと思っています。
- 今後の SPARQLthon の開催場所候補
開催履歴
- 2017/06/22-23 SPARQLthon57 @ DBCLS (柏)
- 2017/05/15-16 SPARQLthon56 @ DBCLS(柏)
- 2017/04/13-14 SPARQLthon55 @ DBCLS(柏)
- 2017/03/13-14 SPARQLthon54 @ DBCLS(三島)
- 2017/02/16-17 SPARQLthon53 @ DBCLS(柏)
- 2017/01/23-24 SPARQLthon52 @ DBCLS(柏)
- 2016/12/13-14 SPARQLthon51 @ 山口市 (BH16.12 と併催)
- 2016/12/12-16 国内版バイオハッカソン BH16.12 @ 山口市
- 2016/11/21-22 SPARQLthon50 @ DBCLS (柏) - 50回記念 👏
- 2016/10/24-25 SPARQLthon49 @ NBDC (市ヶ谷)
- 2016/10/07 RDF-Tutorial1 第1回 RDF 講習会
- 2016/09/20-21 SPARQLthon48 @ DBCLS (柏) - 4周年!! 👏
- 2016/08/29-30 SPARQLthon47 @ DBCLS (柏)
- 2016/07/25-26 SPARQLthon46 @ 新潟大学
- 2016/06/23-24 SPARQLthon45 @ DBCLS (柏)
- 2016/05/26-27 SPARQLthon44 @ DBCLS (三島)
- 2016/04/25-26 SPARQLthon43 @ DBCLS (柏)
- 2016/03/24-25 SPARQLthon42 @ 創価大 (八王子)
- 2016/03/17 国内版バイオハッカソン成果報告, オープンバイオ研究会 @ JAIST
- 2016/03/14-16 国内版バイオハッカソン BH15.15 @ 金沢
- 2016/02/16-17 SPARQLthon41 @ 理研 (和光)
- 2016/01/14-15 SPARQLthon40 @ 京大 (宇治)
- 2015/12/17-18 SPARQLthon39 @ DBCLS (三島)
- 2015/11/05-06 SPARQLthon38 @ DBCLS (柏)
- 2015/10/07-08 SPARQLthon37 @ DBCLS (柏)
- 2015/09/01-02 SPARQLthon36 @ 東大先端研
- 2015/08/10-11 SPARQLthon35 @ DBCLS (三島)
- 2015/07/16-17 SPARQLthon34 @ DBCLS (柏) 糖鎖
- 2015/06/22-23 SPARQLthon33 @ DBCLS (柏)
- 2015/05/14-15 SPARQLthon32 @ DBCLS (柏)
- 2015/04/02-03 SPARQLthon31 @ DBCLS (三島)
- 2015/03/20-21 第19回オープンバイオ研究会 @ JAIST
- 2015/03/12-13 SPARQLthon30 @ 理研 (和光)
- 2015/02/12-13 SPARQLthon29 @ DBCLS (柏)
- 2015/02/02-06 BH14.14 国内版バイオハッカソン @ 札幌
- 2015/01/15-16 SPARQLthon28 @ DBCLS (柏)
- 2014/12/18-19 SPARQLthon27 @ DBCLS (三島)
- 2014/11/17-18 SPARQLthon26 @ DBCLS (柏)
- 2014/10/27-28 SPARQLthon25 @ DBCLS (柏)
- 2014/10/29-30 イルミナ BaseSpace の開発者会議 @DBCLS(柏)
- 2014/09/25-26 SPARQLthon24 @ DBCLS (柏) - 2周年!!👏
- 2014/08/18-19 SPARQLthon23 @ DBCLS (柏)
- 2014/07/15-16 SPARQLthon22 @ DBCLS (柏)
- 2014/06/18-19 SPARQLthon21 @ DBCLS (柏) - WIki から index.php 省略可に
- 2014/06/02 統合化推進プログラムキックオフミーティング @ NBDC (市ヶ谷)
- 2014/05/27-28 SPARQLthon20 @ NBDC (市ヶ谷)
- 2014/05/17-20 RDFサミット @ DBCLS (柏) - Ensembl RDF と INSDC/RefSeq/TogoGenome で RDF モデル共通化など
- 2014/04/21-22 SPARQLthon19 @ DBCLS (柏)
- 2014/03/13-14 SPARQLthon18 @ DBCLS (柏の初回)
- 2014/02/17-18 SPARQLthon17 @ DBCLS (根津の最終回)
- 2014/02/10 NCBI taxdump に BioSample 用フラグ追加(予定)
- 2014/01/27-31 BH13.13 国内版バイオハッカソン@ 沖縄・万国津梁館
- 2014/01/31 FALDO 論文が bioRxiv で先行公開
- 2014/01/30 NCBI が PubChem RDF を公開
- 2014/01/22 UniProt 2014_01 リリース(FALDO を正式採用)、RefSeq 63 リリース(ストレインは taxid → BioSample)
- 2014/01/16-17 SPARQLthon16 @ DBCLS (根津)
- 2013/12/16-17 SPARQLthon15 @ DBCLS (根津)
- 2013/11/25-26 SPARQLthon14 @ DBCLS (根津)
- 2013/10/23-24 SPARQLthon13 @ DBCLS (根津)
- 2013/10/08 EBI が ChEMBL, Exp Atlas, Reactome, BioSamples, BioModels の RDF を公開
- 2013/10/05 トーゴーの日 セマンティック・ウェブによるゲノムデータベース TogoGenome を発表
- 2013/09/17-18 SPARQLthon12 @ DBCLS (根津)
- 2013/08/20-21 SPARQLthon11 @ DBCLS (根津)
- 2013/07/30-31 SPARQLthon10 @ DBCLS (根津)
- 2013/06/03-04 SPARQLthon9 @ DBCLS (根津)
- 2013/05/23-24 SPARQLthon8 @ DBCLS (根津)
- 2013/04/17-18 SPARQLthon7 @ DBCLS(根津)
- 2013/03/14-15 SPARQLthon6 @ DBCLS(根津)
- 2013/02/19-20 SPARQLthon5 @ DBCLS(根津)
- 2013/01/18 SPARQLthon4 @ DBCLS(根津)
- 2012/12/19-21 BH12.12 国内版バイオハッカソン @ DBCLS
- 2012/12/04-05 SPARQLthon3 @ DBCLS(根津)
- 2012/11/14 SPARQLthon2 @ DBCLS(根津)
- 2012/10/30-31 SPARQLthon1 @ DBCLS(根津)