SPARQLthon

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** RDF/XML, Turtle, N3 などの相互変換: [http://librdf.org/raptor/rapper.html rapper]  
** RDF/XML, Turtle, N3 などの相互変換: [http://librdf.org/raptor/rapper.html rapper]  
** CSV, TSV, XML, GFF3, GVF, Newick etc. → RDF: [http://www.biointerchange.org/ BioInterchange], [http://togodb.org/ TogoDB], [http://togows.org/ TogoWS]
** CSV, TSV, XML, GFF3, GVF, Newick etc. → RDF: [http://www.biointerchange.org/ BioInterchange], [http://togodb.org/ TogoDB], [http://togows.org/ TogoWS]
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** INSDC → RDF: [https://gist.github.com/ktym/5547403 refseq2ttl.rb], [http://biohackathon.org/resource/faldo FALDO], [https://gist.github.com/ktym/4146256 rs_id.json], [https://gist.github.com/ktym/3650401 ft_so.json], [https://gist.github.com/ktym/4266185 insdc.owl] → [https://github.com/dbcls/rdfsummit/tree/master/insdc2ttl insdc2ttl] に集約 → http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/nucleotide/
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** INSDC → RDF: [https://gist.github.com/ktym/5547403 refseq2ttl.rb], [http://biohackathon.org/resource/faldo FALDO], [https://gist.github.com/ktym/4146256 rs_id.json], [https://gist.github.com/ktym/3650401 ft_so.json], [https://gist.github.com/ktym/4266185 insdc.owl] → [https://github.com/dbcls/rdfsummit/tree/master/insdc2ttl insdc2ttl] に集約
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** Taxonomy → OWL: [https://gist.github.com/ktym/8802695 taxdump2owl.rb] → [https://github.com/dbcls/rdfsummit/tree/master/taxdump2owl taxdump2owl] に集約 → http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy/
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*** 公開サイト: http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/nucleotide/
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** Taxonomy → OWL: [https://gist.github.com/ktym/8802695 taxdump2owl.rb] → [https://github.com/dbcls/rdfsummit/tree/master/taxdump2owl taxdump2owl] に集約
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*** 公開サイト: http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy/
** ConvRDF [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH12.12/ConvRDF] 1BトリプルレベルのRDF/XMLを安定的にNtriplesに変換。
** ConvRDF [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH12.12/ConvRDF] 1BトリプルレベルのRDF/XMLを安定的にNtriplesに変換。

2017年7月5日 (水) 13:46時点における版

SPARQLthon (スパークルソンと呼んでいます) はもともと、2013 年度の統合化推進プログラム成果発表に向けて、ゲノム情報の RDF 化を行なっているグループを中心に、オントロジーの構築・RDF の生成の促進と SPARQL 検索技術の向上を目指して 2012 年 10 月から有志によってミニ・ハッカソンのようなカタチで始められました。以後、毎月１回の開催となりライフサイエンスにおけるセマンティック・ウェブ技術の利用や開発に興味のある方が自由に集い、議論し、開発し、実務をこなしつつ交流を図る場となってきています。また 2014 年 4 月からは、1 日目を NBDC/DBCLS による統合化推進プログラムの RDF 化支援を主体に、2 日目をこれまでどおり RDF 化と SPARQL の技術開発に主に充てることとなりました。

目次

メーリングリスト

次回開催のご案内、日程調整の連絡、関連する議論などは 国内版バイオハッカソンのメーリングリスト (biohackathon-jp) で行いますので、興味ある方は各自ご登録頂ければと思います。なお、このメーリングリストは、国内版バイオハッカソン BH13.13 の参加者＋希望者が登録されており、参加や退会は自由、投稿内容は参加者だけに公開となっています。

参加者募集

年１回開催の 国際版 BioHackathon や国内版バイオハッカソンでは、様々な進捗がありますが未完成のプロジェクトが残りがちです。SPARQLthon は月１回定期的に顔を合わせることでこれを補完し、立ちあげたプロジェクトをモチベーションをキープしながら着実に進めて成果を出すプロトコルとして有効に機能してきていると思います。アカデミック・企業・デザイナーなどなど所属機関や立場を問わず、様々な分野からの参加者同士で交流が進むことにより、まだなかなか見つけることの難しいセマンティック・ウェブの技術者や研究者の発掘とコミュニティの醸成などにも役立つ場となっています。

ハッカソン（SPARQLthon）形式での会議開催のメリットは、関係者が直接顔を合わせて集中的に取り組むことにより

  • 話が早い
  • その場で仕事が進む
  • 新しい人脈との交流が広がる

といったことが挙げられるかと思います。SPARQLthon は、ライフサイエンスにおけるセマンティック・ウェブに興味のある方であれば誰でも自由に参加して頂ける会です。会場確保の都合で参加登録をお願いすることもあるかと思いますので、参加希望の方は各回の開催予定をご覧ください。

開催目的

  • オントロジーの開発
  • RDF の設計と生成
  • トリプルストアの調査と運用
  • SPARQL 検索スキルの向上とノウハウの共有
  • SPARQL 結果のハンドリングと可視化技術
  • マッシュアップによるアプリケーションの開発
  • セマンティック・ウェブのための UI デザイン

統合化推進プログラム

RDF 開発

統合化推進プログラム (TPP) の RDF 化支援

これまでの主な成果

オープンデータ時代の標準Web API SPARQL (インプレスR&D) 刊行

  • 日本初のSPARQLの解説本
  • 著者は、全員 SPARQLthon 参加者

NBDC RDF portal

  • 日本で開発された生命科学データのRDFを集積
  • 統合推進プログラムで構築されたRDFデータを多数収録
  • 掲載RDFデータは、RDFガイドラインに準拠している


統合プロジェクトで開発されたツール類

  • SPARQList
    • SPARQL クエリの結果をクライアントに返す REST API を提供するためのミドルウェア
    • 開発方法 SPARQList
  • SPARQL-proxy
    • クライアントと SPARQL エンドポイントの間で動作するミドルウェア
    • 開発方法 [1]

平成28年度までのまとめページへのリンク集


今後の開催予定

場所未定のままの場合は、基本的に DBCLS 柏の葉キャンパス駅前での開催となります。

  • 2017/11/27-12/1 国内版バイオハッカソンBH17.11@熊本かも？
  • 今後の SPARQLthon の日程調整
    • SPARQLthon 用 Google カレンダー に学会等の予定を追記してください。
    • 書き込み権は DBCLS 片山・川島にメール等で遠慮なくリクエストください。スケジュールの空き状況を見て、わりと先まで決めておこうと思っています。
  • 今後の SPARQLthon の開催場所候補
    • DBCLS柏ラボ (千葉・柏の葉キャンパス) ← 未定のままの場合、原則はコチラで開催予定
    • DBCLS三島ラボ (三島・遺伝研)
    • NBDC (東京・市ヶ谷) ※ JST東京本部別館会議室
    • NII (東京・神保町)
    • NBRP (東京・八重洲) ※狭そう
    • 東工大 (東京・田町)
    • CBRC (東京・お台場)
    • 東大理学部３号館 (東京・根津)
    • 東大先端研 (東京・駒場)

開催履歴

「http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon」より作成
個人用ツール