SPARQLthon

提供：TogoWiki

2019年12月3日 (火) 02:32時点における最新版

SPARQLthon (スパークルソンと呼んでいます) はもともと、2013 年度の統合化推進プログラム成果発表に向けて、ゲノム情報の RDF 化を行なっているグループを中心に、オントロジーの構築・RDF の生成の促進と SPARQL 検索技術の向上を目指して 2012 年 10 月から有志によってミニ・ハッカソンのようなカタチで始められました。以後、毎月１回の開催となりライフサイエンスにおけるセマンティック・ウェブ技術の利用や開発に興味のある方が自由に集い、議論し、開発し、実務をこなしつつ交流を図る場となってきています。また 2014 年 4 月からは、1 日目を NBDC/DBCLS による統合化推進プログラムの RDF 化支援を主体に、2 日目をこれまでどおり RDF 化と SPARQL の技術開発に主に充てることとなりました。

メーリングリスト

次回開催のご案内、日程調整の連絡、関連する議論などは 国内版バイオハッカソンのメーリングリスト (biohackathon-jp) で行いますので、興味ある方は各自ご登録頂ければと思います。なお、このメーリングリストは、国内版バイオハッカソン BH13.13 の参加者＋希望者が登録されており、参加や退会は自由、投稿内容は参加者だけに公開となっています。

参加者募集

年１回開催の 国際版 BioHackathon や国内版バイオハッカソンでは、様々な進捗がありますが未完成のプロジェクトが残りがちです。SPARQLthon は月１回定期的に顔を合わせることでこれを補完し、立ちあげたプロジェクトをモチベーションをキープしながら着実に進めて成果を出すプロトコルとして有効に機能してきていると思います。アカデミック・企業・デザイナーなどなど所属機関や立場を問わず、様々な分野からの参加者同士で交流が進むことにより、まだなかなか見つけることの難しいセマンティック・ウェブの技術者や研究者の発掘とコミュニティの醸成などにも役立つ場となっています。

ハッカソン（SPARQLthon）形式での会議開催のメリットは、関係者が直接顔を合わせて集中的に取り組むことにより

• 話が早い
• その場で仕事が進む
• 新しい人脈との交流が広がる

といったことが挙げられるかと思います。SPARQLthon は、ライフサイエンスにおけるセマンティック・ウェブに興味のある方であれば誰でも自由に参加して頂ける会です。会場確保の都合で参加登録をお願いすることもあるかと思いますので、参加希望の方は各回の開催予定をご覧ください。

開催目的

• オントロジーの開発
• RDF の設計と生成
• トリプルストアの調査と運用
• SPARQL 検索スキルの向上とノウハウの共有
• SPARQL 結果のハンドリングと可視化技術
• マッシュアップによるアプリケーションの開発
• セマンティック・ウェブのための UI デザイン

統合化推進プログラム

RDF 開発

• データベースRDF化ガイドライン旧MediaWikiバージョン (旧MediaWikiバージョンドラフト), (英語版ドラフト0.1)
• RDFポータルのスキーマ図作成用ライブラリ （ファイルをダウンロードした後、draw io で「File＞Open from＞Device…」からファイルを選択する）

• RDFポータルのスキーマ図作成用ライブラリ（旧バージョン）

統合化推進プログラム (TPP) の RDF 化支援

• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
• ゲノムとフェノタイプ・疾患・医薬品の統合データベース (金久)
• ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物ＤＢの超高度化推進 (黒川)
  • BioSampleデータのキュレーション
• 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オミクスデータの統合 (菅野)
• 植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築 (田畑)
• 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーション (徳永)
• 蛋白質構造データバンクの高度化と統合的運用 (中村)
• 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
  • 糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発 (成松)
• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
• 生命動態システム科学のデータベースの統合化（大浪）
• プロテオーム統合データベース：jPOST（石濱）

これまでの主な成果

オープンデータ時代の標準Web API SPARQL (インプレスR&D) 刊行

• 日本初のSPARQLの解説本
• 著者は、全員 SPARQLthon 参加者

NBDC RDF portal

• 日本で開発された生命科学データのRDFを集積
• 統合推進プログラムで構築されたRDFデータを多数収録
• 掲載RDFデータは、RDFガイドラインに準拠している

統合プロジェクトで開発されたツール類

• TogoStanza(Ruby版)
  • SPARQLクエリ: 旧版, 新版
  • スタンザ開発例: 旧版, 新版
• TogoStanza(JavaScript版)
  • 開発Tips TogoStanza(JS)版

• SPARQList
  • SPARQL クエリの結果をクライアントに返す REST API を提供するためのミドルウェア
  • 開発方法 SPARQList
  • 記述支援 SPARQList support

• SPARQL-proxy
  • クライアントと SPARQL エンドポイントの間で動作するミドルウェア
  • 開発方法 SPARQL-proxy

• SPARQL support
  • SPARQL クエリ記述支援

平成28年度までのまとめページへのリンク集

• SPARQL クライアント
  • ウェブインターフェイス: SPARQLbin, YASGUI, Flint, SNORQL-CM
  • コマンドラインツール: Rubyの場合, Javaの場合 (Jena arq/rsparql) 使用例
  • Rパッケージ: Rstudio で install.packages("SPARQL"); library(SPARQL); help(SPARQL) 結果は data.frame として得られる

• トリプルストア
  • SPARQL 1.1 準拠状況
  • Virtuoso 7: インストール方法, 起動管理スクリプト, 商用版の場合, パフォーマンスについて, ロードやメモリの設定等, プロシージャの利用
  • OWLIM: owlim-ruby

• RDF 変換ツール
  • RDF/XML, Turtle, N3 などの相互変換: rapper
  • CSV, TSV, XML, GFF3, GVF, Newick etc. → RDF: BioInterchange, TogoDB, TogoWS
  • INSDC → RDF: refseq2ttl.rb, FALDO, rs_id.json, ft_so.json, insdc.owl → insdc2ttl に集約
    • 公開サイト: http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/nucleotide/
  • Taxonomy → OWL: taxdump2owl.rb → taxdump2owl に集約
    • 公開サイト: http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy/
  • ConvRDF [1] 1BトリプルレベルのRDF/XMLを安定的にNtriplesに変換。

• 個別事例: UniProt, MBGD, MPO, TogoAnnotation, EdgeStore, Identifiers.org連携

• SPARQLendpoints SPARQLエンドポイント
• SPARQL実例集

今後の開催予定

場所未定のままの場合は、基本的に DBCLS 柏の葉キャンパス駅前での開催となります。

• 2019/12/23-24 SPARQLthon87 @ DBCLS (柏)
• 2020/01/23-24 SPARQLthon88 @ DBCLS (柏)
• 2020/02/20-21 SPARQLthon89 @ DBCLS (柏)
• 2020/03/30-31 SPARQLthon90 @ DBCLS (三島)
• 今後の SPARQLthon の日程調整
  • SPARQLthon 用 Google カレンダー に学会等の予定を追記してください。
  • 書き込み権は DBCLS 片山・川島にメール等で遠慮なくリクエストください。スケジュールの空き状況を見て、わりと先まで決めておこうと思っています。

• 今後の SPARQLthon の開催場所候補
  • DBCLS柏ラボ (千葉・柏の葉キャンパス) ← 未定のままの場合、原則はコチラで開催予定
  • DBCLS三島ラボ (三島・遺伝研)
  • NBDC (東京・市ヶ谷) ※ JST東京本部別館会議室
  • NII (東京・神保町)
  • NBRP (東京・八重洲) ※狭そう
  • 東工大 (東京・田町)
  • CBRC (東京・お台場)
  • 東大理学部３号館 (東京・根津)
  • 東大先端研 (東京・駒場)
  • かずさDNA研究所（千葉・木更津）
  • 基礎生物学研究所（愛知・岡崎）

開催履歴

• 2019/11/28-29 SPARQLthon86 @ DBCLS (三島)
  • 2019/10/31 第4回RDF講習会 ＠ JST/NBDC (市ヶ谷)
• 2019/10/28-29 SPARQLthon85 @ DBCLS (柏)
• 2019/09/26-27 SPARQLthon84 @ DBCLS (柏)
  • 2019/09/01-07 BioHackathon 2019 @ 福岡
• 2019/08/22-23 SPARQLthon83 @ DBCLS (柏)
• 2019/07/29-30 SPARQLthon82 @ DBCLS (三島)
  • 2019/07/08-12 国内版バイオハッカソン BH19.7 @ 指宿 (7/7 は質量分析インフォマティクス・プレミーティング)
• 2019/06/24-25 SPARQLthon81 @ DBCLS (柏)
• 2019/05/23-24 SPARQLthon80 @ DBCLS (柏)
• 2019/04/22-23 SPARQLthon79 @ DBCLS (柏)
• 2019/03/28-29 SPARQLthon78 @ DBCLS (三島)
  • 2019/03/8-10 SIG-BIO, SIG-MBI, オープンバイオ研究会 ＠ JAIST
• 2019/02/21-22 SPARQLthon77 @ DBCLS (柏)
• 2019/01/24-25 SPARQLthon76 @ DBCLS (柏)
• 2018/12/20-21 SPARQLthon75 @ DBCLS (柏)
  • 2018/12/09-14 BioHackathon 2018 @ 松江
  • 2018/12/03-06 SWAT4HCLS @ Antwerp
  • 2018/11/28-30 分子生物学会 @ 横浜
  • 2018/11/26-28 JIST @ 淡路島
  • 2018/11/21 Genome Graph研究会8 @ DBCLS (柏)
• 2018/11/19-20 SPARQLthon74 ＠ DBCLS (柏)
  • 2018/11/12-16 ELIXIR BioHackathon 2018 @ Paris
  • 2018/11/01 第3回RDF講習会 ＠ JST/NBDC (市ヶ谷)
• 2018/10/29-30 SPARQLthon73 @ DBCLS (三島)
  • 2018/10/25 BioHackathon ビール醸造 ＠ 木内酒造
  • 2018/10/23 Genome Graph研究会7 (作業日)
  • 2018/10/16-20 ASHG @ San Diego
  • 2018/10/10-13 日本人類遺伝学会
  • 2018/10/05 トーゴーの日 @ 日本科学未来館
  • 2018/10/03-05 GA4GH @ Basel
• 2018/09/27-28 SPARQLthon72 @ DBCLS (柏) - 6周年!! 👏
  • 2018/09/27 Genome Graph研究会6
  • 2018/09/19-21 IIBMP @ 鶴岡
• 2018/08/23-24 SPARQLthon71 @ DBCLS (柏)
• 2018/07/26-27 SPARQLthon70 @ DBCLS (三島)
  • 2018/07/15-20 国内版バイオハッカソン BH18.7 @ 徳島 (7/15 は質量分析インフォマティクス・シンポジウム)
• 2018/06/21-22 SPARQLthon69 @ DBCLS (柏)
  • 2018/06/21 Genome Graph研究会4 @ DBCLS (柏)
• 2018/05/24-25 SPARQLthon68 @ DBCLS (柏)
  • 2018/05/01 Genome Graph研究会3 @ DBCLS (柏)
• 2018/04/26-27 SPARQLthon67 @ DBCLS (柏)
  • 2018/03/26 Genome Graph研究会2 @ DBCLS (柏)
  • 2018/03/19-23 RDFサミット3 ＠ 京大 - Med2RDFとゲノムグラフの日本人ゲノムへの応用
• 2018/03/15-16 SPARQLthon66 @ DBCLS (柏)
  • 2018/03/9 オープンバイオ研究会＠北陸先端大 (3/8 SIG-MBI, 3/10 SIGBIO)
  • 2018/02/27 Genome Graph研究会1 @ DBCLS (柏)
• 2018/02/15-16 SPARQLthon65 @ DBCLS (三島)
  • 2018/01/29-31 AMEDハッカソン6 ＠ DBCLS (柏)
• 2018/01/18-19 SPARQLthon64 @ DBCLS (柏)
  • 2017/12/19-21 AMEDハッカソン5 ＠ 京都
• 2017/12/14-15 SPARQLthon63 @ DBCLS (柏)
  • 2017/12/4-7 SWAT4HCLS ＠ ローマ
  • 2017/11/27-12/1 国内版バイオハッカソン BH17.11 @ 熊本
• 2017/11/9-10 SPARQLthon62 @ DBCLS (柏)
  • 2017/11/8-10 AMEDハッカソン4 ＠ DBCLS (柏)
• 2017/10/23-24 SPARQLthon61 @ DBCLS (柏)
  • 2017/10/12-13 AMEDハッカソン3 @ 京都
  • 2017/10/6 RDF-Tutorial RDF-Tutorial2 第2回RDF講習会
• 2017/9/21-22 SPARQLthon60 @ DBCLS (柏) - 5周年!! 🍺 60回記念 👏
  • 2017/9/11-13 AMEDハッカソン2 @ 盛岡
  • 2017/9/9-16 BioHackathon 2017 @ NBDC (東京), 盛岡
• 2017/8/30-31 SPARQLthon59 @- 理研 (和光)
  • 2017/8/3-4 AMEDハッカソン ＠ DBCLS (柏)
• 2017/7/27-28 SPARQLthon58 @ DBCLS (三島)
  • 2017/7/7 AMEDハッカソン・キックオフ @ DBCLS (柏)
• 2017/06/22-23 SPARQLthon57 @ DBCLS (柏)
• 2017/05/15-16 SPARQLthon56 @ DBCLS（柏）
• 2017/04/13-14 SPARQLthon55 @ DBCLS（柏）
• 2017/03/13-14 SPARQLthon54 @ DBCLS（三島）
• 2017/02/16-17 SPARQLthon53 @ DBCLS（柏）
• 2017/01/23-24 SPARQLthon52 @ DBCLS（柏）
• 2016/12/13-14 SPARQLthon51 @ 山口市 (BH16.12 と併催)
  • 2016/12/12-16 国内版バイオハッカソン BH16.12 @ 山口市
• 2016/11/21-22 SPARQLthon50 @ DBCLS (柏) - 50回記念 👏
• 2016/10/24-25 SPARQLthon49 @ NBDC (市ヶ谷)
  • 2016/10/07 RDF-Tutorial1 第1回 RDF 講習会
• 2016/09/20-21 SPARQLthon48 @ DBCLS (柏) - 4周年!! 👏
• 2016/08/29-30 SPARQLthon47 @ DBCLS (柏)
• 2016/07/25-26 SPARQLthon46 @ 新潟大学
• 2016/06/23-24 SPARQLthon45 @ DBCLS (柏)
• 2016/05/26-27 SPARQLthon44 @ DBCLS (三島)
• 2016/04/25-26 SPARQLthon43 @ DBCLS (柏)
• 2016/03/24-25 SPARQLthon42 @ 創価大 (八王子)
  • 2016/03/17 国内版バイオハッカソン成果報告, オープンバイオ研究会 @ JAIST
  • 2016/03/14-16 国内版バイオハッカソン BH15.15 @ 金沢
  • 2016/02/19-24 RDFサミット2 @ ToMMo (仙台) - RDF のゲノムアノテーションと vg によるゲノムグラフの融合
• 2016/02/16-17 SPARQLthon41 @ 理研 (和光)
• 2016/01/14-15 SPARQLthon40 @ 京大 (宇治)
• 2015/12/17-18 SPARQLthon39 @ DBCLS (三島)
• 2015/11/05-06 SPARQLthon38 @ DBCLS (柏)
• 2015/10/07-08 SPARQLthon37 @ DBCLS (柏)
• 2015/09/01-02 SPARQLthon36 @ 東大先端研 - 3周年!! 👏
• 2015/08/10-11 SPARQLthon35 @ DBCLS (三島)
• 2015/07/16-17 SPARQLthon34 @ DBCLS (柏) 糖鎖
• 2015/06/22-23 SPARQLthon33 @ DBCLS (柏)
• 2015/05/14-15 SPARQLthon32 @ DBCLS (柏)
• 2015/04/02-03 SPARQLthon31 @ DBCLS (三島)
  • 2015/03/20-21 第19回オープンバイオ研究会 @ JAIST
• 2015/03/12-13 SPARQLthon30 @ 理研 (和光)
• 2015/02/12-13 SPARQLthon29 @ DBCLS (柏)
  • 2015/02/02-06 BH14.14 国内版バイオハッカソン @ 札幌
• 2015/01/15-16 SPARQLthon28 @ DBCLS (柏)
• 2014/12/18-19 SPARQLthon27 @ DBCLS (三島)
• 2014/11/17-18 SPARQLthon26 @ DBCLS (柏)
• 2014/10/27-28 SPARQLthon25 @ DBCLS (柏)
  • 2014/10/29-30 イルミナ BaseSpace の開発者会議 @DBCLS（柏）
• 2014/09/25-26 SPARQLthon24 @ DBCLS (柏) - 2周年!!👏
• 2014/08/18-19 SPARQLthon23 @ DBCLS (柏)
• 2014/07/15-16 SPARQLthon22 @ DBCLS (柏)
• 2014/06/18-19 SPARQLthon21 @ DBCLS (柏) - WIki から index.php 省略可に
  • 2014/06/02 統合化推進プログラムキックオフミーティング @ NBDC (市ヶ谷)
• 2014/05/27-28 SPARQLthon20 @ NBDC (市ヶ谷)
  • 2014/05/17-20 RDFサミット @ DBCLS (柏) - Ensembl RDF と INSDC/RefSeq/TogoGenome で RDF モデル共通化など
• 2014/04/21-22 SPARQLthon19 @ DBCLS (柏)
• 2014/03/13-14 SPARQLthon18 @ DBCLS (柏の初回)
• 2014/02/17-18 SPARQLthon17 @ DBCLS (根津の最終回)
  • 2014/02/10 NCBI taxdump に BioSample 用フラグ追加（予定）
• 2014/01/27-31 BH13.13 国内版バイオハッカソン@ 沖縄・万国津梁館
  • 2014/01/31 FALDO 論文が bioRxiv で先行公開
  • 2014/01/30 NCBI が PubChem RDF を公開
  • 2014/01/22 UniProt 2014_01 リリース（FALDO を正式採用）、RefSeq 63 リリース（ストレインは taxid → BioSample）
• 2014/01/16-17 SPARQLthon16 @ DBCLS (根津)
• 2013/12/16-17 SPARQLthon15 @ DBCLS (根津)
• 2013/11/25-26 SPARQLthon14 @ DBCLS (根津)
• 2013/10/23-24 SPARQLthon13 @ DBCLS (根津)
  • 2013/10/08 EBI が ChEMBL, Exp Atlas, Reactome, BioSamples, BioModels の RDF を公開
  • 2013/10/05 トーゴーの日 セマンティック・ウェブによるゲノムデータベース TogoGenome を発表
• 2013/09/17-18 SPARQLthon12 @ DBCLS (根津)
• 2013/08/20-21 SPARQLthon11 @ DBCLS (根津)
• 2013/07/30-31 SPARQLthon10 @ DBCLS (根津)
• 2013/06/03-04 SPARQLthon9 @ DBCLS (根津)
• 2013/05/23-24 SPARQLthon8 @ DBCLS (根津)
• 2013/04/17-18 SPARQLthon7 @ DBCLS（根津）
• 2013/03/14-15 SPARQLthon6 @ DBCLS（根津）
• 2013/02/19-20 SPARQLthon5 @ DBCLS（根津）
• 2013/01/18 SPARQLthon4 @ DBCLS（根津）
  • 2012/12/19-21 BH12.12 国内版バイオハッカソン @ DBCLS
• 2012/12/04-05 SPARQLthon3 @ DBCLS（根津）
• 2012/11/14 SPARQLthon2 @ DBCLS（根津）
• 2012/10/30-31 SPARQLthon1 @ DBCLS（根津）
  • 2011/11/21-25 BH11.11 国内版バイオハッカソン@ 静岡・ラフォーレ修善寺
  • 2010/10/18-22 BH10.10 国内版バイオハッカソン @ 静岡・ラフォーレ修善寺