SPARQLthon

提供：TogoWiki

（版間での差分）
移動： 案内, 検索
(→これまでの主な成果)
(→開催履歴)
 
(間の174版分が非表示)
1行： 1行：
 +
[[ファイル:Sparqlthon-logo.png|right]]
 +
SPARQLthon (スパークルソンと呼んでいます) はもともと、2013 年度の統合化推進プログラム成果発表に向けて、ゲノム情報の RDF 化を行なっているグループを中心に、オントロジーの構築・RDF の生成の促進と SPARQL 検索技術の向上を目指して 2012 年 10 月から有志によってミニ・ハッカソンのようなカタチで始められました。以後、毎月１回の開催となりライフサイエンスにおけるセマンティック・ウェブ技術の利用や開発に興味のある方が自由に集い、議論し、開発し、実務をこなしつつ交流を図る場となってきています。また 2014 年 4 月からは、1 日目を NBDC/DBCLS による統合化推進プログラムの RDF 化支援を主体に、2 日目をこれまでどおり RDF 化と SPARQL の技術開発に主に充てることとなりました。
SPARQLthon (スパークルソンと呼んでいます) はもともと、2013 年度の統合化推進プログラム成果発表に向けて、ゲノム情報の RDF 化を行なっているグループを中心に、オントロジーの構築・RDF の生成の促進と SPARQL 検索技術の向上を目指して 2012 年 10 月から有志によってミニ・ハッカソンのようなカタチで始められました。以後、毎月１回の開催となりライフサイエンスにおけるセマンティック・ウェブ技術の利用や開発に興味のある方が自由に集い、議論し、開発し、実務をこなしつつ交流を図る場となってきています。また 2014 年 4 月からは、1 日目を NBDC/DBCLS による統合化推進プログラムの RDF 化支援を主体に、2 日目をこれまでどおり RDF 化と SPARQL の技術開発に主に充てることとなりました。
4行： 6行：
次回開催のご案内、日程調整の連絡、関連する議論などは [https://groups.google.com/d/forum/biohackathon-jp 国内版バイオハッカソンのメーリングリスト (biohackathon-jp)] で行いますので、興味ある方は各自ご登録頂ければと思います。なお、このメーリングリストは、国内版バイオハッカソン [[BH13.13]] の[http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH13.13/Participants 参加者]＋希望者が登録されており、参加や退会は自由、投稿内容は参加者だけに公開となっています。
次回開催のご案内、日程調整の連絡、関連する議論などは [https://groups.google.com/d/forum/biohackathon-jp 国内版バイオハッカソンのメーリングリスト (biohackathon-jp)] で行いますので、興味ある方は各自ご登録頂ければと思います。なお、このメーリングリストは、国内版バイオハッカソン [[BH13.13]] の[http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH13.13/Participants 参加者]＋希望者が登録されており、参加や退会は自由、投稿内容は参加者だけに公開となっています。
 +
 +
== Slack ==
 +
 +
2020年4月からのオンライン開催に伴い、Slack を新規に作成しました。メーリングリストよりも細かいアナウンスや議論が進められると思いますので、[https://join.slack.com/t/sparqlthon/shared_invite/zt-dty3x0z6-q9r_jHnqKs3SZwEs42Apuw こちらの招待リンク]からぜひご参加ください。
== 参加者募集 ==
== 参加者募集 ==
39行： 45行：
* [[TPP-kanehisa|ゲノムとフェノタイプ・疾患・医薬品の統合データベース]] (金久)
* [[TPP-kanehisa|ゲノムとフェノタイプ・疾患・医薬品の統合データベース]] (金久)
* [[TPP-kurokawa|ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物ＤＢの超高度化推進]] (黒川)
* [[TPP-kurokawa|ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物ＤＢの超高度化推進]] (黒川)
 +
** [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/MicrobeDB.jp%E3%83%9D%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%AB%E9%96%8B%E7%99%BA#SPARQLthon70 BioSampleデータのキュレーション]
* [[TPP-sugano|疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オミクスデータの統合]] (菅野)
* [[TPP-sugano|疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オミクスデータの統合]] (菅野)
* [[TPP-tabata|植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築]] (田畑)
* [[TPP-tabata|植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築]] (田畑)
71行： 78行：
* [https://github.com/enishitech/sparqlist SPARQList]
* [https://github.com/enishitech/sparqlist SPARQList]
** SPARQL クエリの結果をクライアントに返す REST API を提供するためのミドルウェア
** SPARQL クエリの結果をクライアントに返す REST API を提供するためのミドルウェア
-
** 開発方法 [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQList SPARQList]
+
** 開発方法 [[SPARQList]]
 +
** 記述支援 [http://sparql-support.dbcls.jp/sparqlist-support.html SPARQList support]
* [https://github.com/dbcls/sparql-proxy SPARQL-proxy]
* [https://github.com/dbcls/sparql-proxy SPARQL-proxy]
** クライアントと SPARQL エンドポイントの間で動作するミドルウェア
** クライアントと SPARQL エンドポイントの間で動作するミドルウェア
-
** 開発方法 [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQL-proxy]
+
** 開発方法 [[SPARQL-proxy]]
* [http://sparql-support.dbcls.jp/ SPARQL support]
* [http://sparql-support.dbcls.jp/ SPARQL support]
-
** クエリ記述補助
+
** ブラウザ上で動作する補完機能などを有した SPARQL クエリ用エディタ
 +
** [http://sparql-support.dbcls.jp/sparql-support.html 機能とか使い方とか]
 +
 
 +
* [http://sparql-support.dbcls.jp/endpoint-browser.html Endpoint browser]
 +
** 視覚的にエンドポイント内のRDFデータを探索するツール
 +
** [https://github.com/moriya-dbcls/endpoint_browser ローカルで使いたい人用]
平成28年度までのまとめページへのリンク集
平成28年度までのまとめページへのリンク集
100行： 113行：
*** 公開サイト: http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy/
*** 公開サイト: http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy/
** ConvRDF [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH12.12/ConvRDF] 1BトリプルレベルのRDF/XMLを安定的にNtriplesに変換。
** ConvRDF [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/BH12.12/ConvRDF] 1BトリプルレベルのRDF/XMLを安定的にNtriplesに変換。
-
 
* 個別事例: [[BH11.11/%E7%B5%B1%E5%90%88%E6%A4%9C%E7%B4%A2%E3%81%A8RDF%E3%81%8B%E3%82%89%E3%81%AE%E8%A1%A8%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E7%94%9F%E6%88%90/uniprot_sparql|UniProt]], [[BH12.12/SPARQLthon9/MBGD|MBGD]], [[BH12.12/SPARQLthon5/MPO|MPO]], [[BH12.12/SPARQLthon/TogoAnnotation|TogoAnnotation]], [[BH12.12/SPARQLthon10/EdgeStore|EdgeStore]], [[BH12.12/Identifiers.org%E9%80%A3%E6%90%BA|Identifiers.org連携]]
* 個別事例: [[BH11.11/%E7%B5%B1%E5%90%88%E6%A4%9C%E7%B4%A2%E3%81%A8RDF%E3%81%8B%E3%82%89%E3%81%AE%E8%A1%A8%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E7%94%9F%E6%88%90/uniprot_sparql|UniProt]], [[BH12.12/SPARQLthon9/MBGD|MBGD]], [[BH12.12/SPARQLthon5/MPO|MPO]], [[BH12.12/SPARQLthon/TogoAnnotation|TogoAnnotation]], [[BH12.12/SPARQLthon10/EdgeStore|EdgeStore]], [[BH12.12/Identifiers.org%E9%80%A3%E6%90%BA|Identifiers.org連携]]
 +
 +
* [[SPARQLendpoints]] SPARQLエンドポイント
 +
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon/SPARQL_samples SPARQL実例集]
== 今後の開催予定 ==
== 今後の開催予定 ==
108行： 123行：
場所未定のままの場合は、基本的に DBCLS 柏の葉キャンパス駅前での開催となります。
場所未定のままの場合は、基本的に DBCLS 柏の葉キャンパス駅前での開催となります。
-
* 2017/07/27-28 [[SPARQLthon58]] @ DBCLS (三島)
+
* 2020/06/25-26 [[SPARQLthon93]] @ オンライン開催
-
* 2017/08/30-31 [[SPARQLthon59]] @- 理研 (和光)
+
-
* 2017/9 SPARQLthon60 @ BH17
+
-
 
+
-
* 2017/11/27-12/1 国内版バイオハッカソンBH17.11@熊本かも？
+
* 今後の SPARQLthon の日程調整
* 今後の SPARQLthon の日程調整
128行： 139行：
** 東大理学部３号館 (東京・根津)
** 東大理学部３号館 (東京・根津)
** 東大先端研 (東京・駒場)
** 東大先端研 (東京・駒場)
 +
** かずさDNA研究所（千葉・木更津）
 +
** 基礎生物学研究所（愛知・岡崎）
== 開催履歴 ==
== 開催履歴 ==
 +
* 2020/05/21-22 [[SPARQLthon92]] @ オンライン開催 Pragli
 +
* 2020/04/23-24 [[SPARQLthon91]] @ 初オンライン開催🎉 Remo
 +
* 2020/03/30-31 [[SPARQLthon90]] @ DBCLS (三島→ 大変残念ですがコロナのため柏開催に変更となりました）※2日目は中止となりました
 +
* 2020/02/20-21 [[SPARQLthon89]] @ DBCLS (柏)
 +
* 2020/01/23-24 [[SPARQLthon88]] @ DBCLS (柏)
 +
* 2019/12/23-24 [[SPARQLthon87]] @ DBCLS (柏) - 寒ブリ大会🐟
 +
* 2019/11/28-29 [[SPARQLthon86]] @ DBCLS (三島)
 +
** 2019/10/31 [[RDF-Tutorial4|第4回RDF講習会]] ＠ JST/NBDC (市ヶ谷)
 +
* 2019/10/28-29 [[SPARQLthon85]] @ DBCLS (柏)
 +
* 2019/09/26-27 [[SPARQLthon84]] @ DBCLS (柏) - 7周年!! 👏
 +
** 2019/09/01-07 [http://2019.biohackathon.org/ BioHackathon 2019] @ 福岡
 +
* 2019/08/22-23 [[SPARQLthon83]] @ DBCLS (柏) - Ewan🍻(神田)
 +
* 2019/07/29-30 [[SPARQLthon82]] @ DBCLS (三島)
 +
** 2019/07/08-12 国内版バイオハッカソン [[BH19.7]] @ 指宿 (7/7 は[http://ms-bio.info/ 質量分析インフォマティクス]・プレミーティング)
 +
* 2019/06/24-25 [[SPARQLthon81]] @ DBCLS (柏)
 +
* 2019/05/23-24 [[SPARQLthon80]] @ DBCLS (柏)
 +
* 2019/04/22-23 [[SPARQLthon79]] @ DBCLS (柏)
 +
* 2019/03/28-29 [[SPARQLthon78]] @ DBCLS (三島)
 +
** 2019/03/8-10 SIG-BIO, SIG-MBI, オープンバイオ研究会 ＠ JAIST
 +
* 2019/02/21-22 [[SPARQLthon77]] @ DBCLS (柏)
 +
* 2019/01/24-25 [[SPARQLthon76]] @ DBCLS (柏)
 +
* 2018/12/20-21 [[SPARQLthon75]] @ DBCLS (柏)
 +
** 2018/12/09-14 [http://2018.biohackathon.org/ BioHackathon 2018] @ 松江
 +
** 2018/12/03-06 SWAT4HCLS @ Antwerp
 +
** 2018/11/28-30 分子生物学会 @ 横浜
 +
** 2018/11/26-28 JIST @ 淡路島
 +
** 2018/11/21 [http://genomegraph.jp/meeting008.html Genome Graph研究会8] @ DBCLS (柏)
 +
* 2018/11/19-20 [[SPARQLthon74]] ＠ DBCLS (柏)
 +
** 2018/11/12-16 [[ELIXIR-BioHackathon|ELIXIR BioHackathon 2018]] @ Paris
 +
** 2018/11/01 [[RDF-Tutorial3|第3回RDF講習会]] ＠ JST/NBDC (市ヶ谷)
 +
* 2018/10/29-30 [[SPARQLthon73]] @ DBCLS (三島)
 +
** 2018/10/25 BioHackathon ビール醸造 ＠ 木内酒造
 +
** 2018/10/23 [http://genomegraph.jp/meeting007.html Genome Graph研究会7 (作業日)]
 +
** 2018/10/16-20 ASHG @ San Diego
 +
** 2018/10/10-13 日本人類遺伝学会
 +
** 2018/10/05 トーゴーの日 @ 日本科学未来館
 +
** 2018/10/03-05 GA4GH @ Basel
 +
* 2018/09/27-28 [[SPARQLthon72]] @ DBCLS (柏) - 6周年!! 👏
 +
** 2018/09/27 [http://genomegraph.jp/meeting006.html Genome Graph研究会6]
 +
** 2018/09/19-21 IIBMP @ 鶴岡
 +
* 2018/08/23-24 [[SPARQLthon71]] @ DBCLS (柏)
 +
* 2018/07/26-27 [[SPARQLthon70]] @ DBCLS (三島)
 +
** 2018/07/15-20 国内版バイオハッカソン [[BH18.7]] @ 徳島 (7/15 は[http://ms-bio.info/ 質量分析インフォマティクス]・シンポジウム)
 +
* 2018/06/21-22 [[SPARQLthon69]] @ DBCLS (柏) - マグロ大会🐟
 +
** 2018/06/21 [https://genomegraph.github.io/website/ Genome Graph研究会4] @ DBCLS (柏)
 +
* 2018/05/24-25 [[SPARQLthon68]] @ DBCLS (柏)
 +
** 2018/05/01 [https://genomegraph.github.io/website/ Genome Graph研究会3] @ DBCLS (柏)
 +
* 2018/04/26-27 [[SPARQLthon67]] @ DBCLS (柏)
 +
** 2018/03/26 [https://genomegraph.github.io/website/ Genome Graph研究会2] @ DBCLS (柏)
 +
** 2018/03/19-23 [https://github.com/dbcls/rdfsummit3 RDFサミット3] ＠ 京大 - Med2RDFとゲノムグラフの日本人ゲノムへの応用
 +
* 2018/03/15-16 [[SPARQLthon66]] @ DBCLS (柏)
 +
** 2018/03/9 オープンバイオ研究会＠北陸先端大 (3/8 SIG-MBI, 3/10 SIGBIO)
 +
** 2018/02/27 [https://genomegraph.github.io/website/ Genome Graph研究会1] @ DBCLS (柏)
 +
* 2018/02/15-16 [[SPARQLthon65]] @ DBCLS (三島)
 +
** 2018/01/29-31 [https://docs.google.com/document/d/16K_IG5Al8kfdWh2ooewnbp-SV3gV3VobUqRhujsgQHc/edit?usp=sharing AMEDハッカソン6] ＠ DBCLS (柏)
 +
* 2018/01/18-19 [[SPARQLthon64]] @ DBCLS (柏)
 +
** 2017/12/19-21 [https://docs.google.com/document/d/19u47kQKk67s6vHVyJXll3ETSwvfOtlYsYl6gFX5tNJ8/edit?usp=sharing AMEDハッカソン5] ＠ 京都
 +
* 2017/12/14-15 [[SPARQLthon63]] @ DBCLS (柏)
 +
** 2017/12/4-7 [http://www.swat4ls.org/workshops/rome2017/programme/ SWAT4HCLS] ＠ ローマ
 +
** 2017/11/27-12/1 国内版バイオハッカソン [[BH17.11]] @ 熊本
 +
* 2017/11/9-10 [[SPARQLthon62]] @ DBCLS (柏)
 +
** 2017/11/8-10 [https://docs.google.com/document/d/1YqpGMOjw20M_HUMEFvrvWmLVAHB4FfMPnkez19b0vRM/edit?usp=sharing AMEDハッカソン4] ＠ DBCLS (柏)
 +
* 2017/10/23-24 [[SPARQLthon61]] @ DBCLS (柏)
 +
** 2017/10/12-13 [https://docs.google.com/document/d/1PG66HCDhgaBzGCAVEize0cm5fsQ3cZWZm_Qqf-B2ohU/edit?usp=sharing AMEDハッカソン3] @ 京都
 +
** 2017/10/6 [[RDF-Tutorial]] [[RDF-Tutorial2]] 第2回RDF講習会
 +
* 2017/9/21-22 [[SPARQLthon60]] @ DBCLS (柏) - 5周年!! 🍺 60回記念 👏
 +
** 2017/9/11-13 [https://docs.google.com/document/d/1J7V2Y1-mxbvagSN-ZWkEKymyRW32kjnTJyvV-3DUg3U/edit?usp=sharing AMEDハッカソン2] @ 盛岡
 +
** 2017/9/9-16 [http://2017.biohackathon.org/ BioHackathon 2017] @ NBDC (東京), 盛岡
 +
* 2017/8/30-31 [[SPARQLthon59]] @- 理研 (和光)
 +
** 2017/8/3-4 [https://docs.google.com/document/d/1NEZiBPdJrBkkqHn4ECkE1SVnx6E7v9EOEwsIPhbCZes/edit AMEDハッカソン] ＠ DBCLS (柏)
 +
* 2017/7/27-28 [[SPARQLthon58]] @ DBCLS (三島)
 +
** 2017/7/7 AMEDハッカソン・キックオフ @ DBCLS (柏)
* 2017/06/22-23 [[SPARQLthon57]] @ DBCLS (柏)
* 2017/06/22-23 [[SPARQLthon57]] @ DBCLS (柏)
* 2017/05/15-16 [[SPARQLthon56]] @ DBCLS（柏）
* 2017/05/15-16 [[SPARQLthon56]] @ DBCLS（柏）
138行： 223行：
* 2017/01/23-24 [[SPARQLthon52]] @ DBCLS（柏）
* 2017/01/23-24 [[SPARQLthon52]] @ DBCLS（柏）
* 2016/12/13-14 [[SPARQLthon51]] @ 山口市 ([[BH16.12]] と併催)
* 2016/12/13-14 [[SPARQLthon51]] @ 山口市 ([[BH16.12]] と併催)
-
* 2016/12/12-16 国内版バイオハッカソン [[BH16.12]] @ 山口市
+
** 2016/12/12-16 国内版バイオハッカソン [[BH16.12]] @ 山口市
* 2016/11/21-22 [[SPARQLthon50]] @ DBCLS (柏) - 50回記念 👏
* 2016/11/21-22 [[SPARQLthon50]] @ DBCLS (柏) - 50回記念 👏
* 2016/10/24-25 [[SPARQLthon49]] @ NBDC (市ヶ谷)
* 2016/10/24-25 [[SPARQLthon49]] @ NBDC (市ヶ谷)
149行： 234行：
* 2016/04/25-26 [[SPARQLthon43]] @ DBCLS (柏)
* 2016/04/25-26 [[SPARQLthon43]] @ DBCLS (柏)
* 2016/03/24-25 [[SPARQLthon42]] @ 創価大 (八王子)
* 2016/03/24-25 [[SPARQLthon42]] @ 創価大 (八王子)
-
* 2016/03/17 国内版バイオハッカソン成果報告, オープンバイオ研究会 @ JAIST
+
** 2016/03/17 国内版バイオハッカソン成果報告, オープンバイオ研究会 @ JAIST
-
* 2016/03/14-16 国内版バイオハッカソン [[BH15.15]] @ 金沢
+
** 2016/03/14-16 国内版バイオハッカソン [[BH15.15]] @ 金沢
 +
** 2016/02/19-24 [https://github.com/dbcls/rdfsummit2 RDFサミット2] @ ToMMo (仙台) - RDF のゲノムアノテーションと vg によるゲノムグラフの融合
* 2016/02/16-17 [[SPARQLthon41]] @ 理研 (和光)
* 2016/02/16-17 [[SPARQLthon41]] @ 理研 (和光)
* 2016/01/14-15 [[SPARQLthon40]] @ 京大 (宇治)
* 2016/01/14-15 [[SPARQLthon40]] @ 京大 (宇治)
156行： 242行：
* 2015/11/05-06 [[SPARQLthon38]] @ DBCLS (柏)
* 2015/11/05-06 [[SPARQLthon38]] @ DBCLS (柏)
* 2015/10/07-08 [[SPARQLthon37]] @ DBCLS (柏)
* 2015/10/07-08 [[SPARQLthon37]] @ DBCLS (柏)
-
* 2015/09/01-02 [[SPARQLthon36]] @ 東大先端研
+
* 2015/09/01-02 [[SPARQLthon36]] @ 東大先端研 - 3周年!! 👏
* 2015/08/10-11 [[SPARQLthon35]] @ DBCLS (三島)
* 2015/08/10-11 [[SPARQLthon35]] @ DBCLS (三島)
* 2015/07/16-17 [[SPARQLthon34]] @ DBCLS (柏) 糖鎖
* 2015/07/16-17 [[SPARQLthon34]] @ DBCLS (柏) 糖鎖
162行： 248行：
* 2015/05/14-15 [[SPARQLthon32]] @ DBCLS (柏)
* 2015/05/14-15 [[SPARQLthon32]] @ DBCLS (柏)
* 2015/04/02-03 [[SPARQLthon31]] @ DBCLS (三島)  
* 2015/04/02-03 [[SPARQLthon31]] @ DBCLS (三島)  
-
* 2015/03/20-21 [http://open-bio.jp/?meeting19 第19回オープンバイオ研究会] @ JAIST
+
** 2015/03/20-21 [http://open-bio.jp/?meeting19 第19回オープンバイオ研究会] @ JAIST
* 2015/03/12-13 [[SPARQLthon30]] @ 理研 (和光)
* 2015/03/12-13 [[SPARQLthon30]] @ 理研 (和光)
* 2015/02/12-13 [[SPARQLthon29]] @ DBCLS (柏)
* 2015/02/12-13 [[SPARQLthon29]] @ DBCLS (柏)
-
* 2015/02/02-06 [[BH14.14]] 国内版バイオハッカソン @ 札幌
+
** 2015/02/02-06 [[BH14.14]] 国内版バイオハッカソン @ 札幌
* 2015/01/15-16 [[SPARQLthon28]] @ DBCLS (柏)
* 2015/01/15-16 [[SPARQLthon28]] @ DBCLS (柏)
* 2014/12/18-19 [[SPARQLthon27]] @ DBCLS (三島)
* 2014/12/18-19 [[SPARQLthon27]] @ DBCLS (三島)
177行： 263行：
** 2014/06/02 [http://dbcls.rois.ac.jp/archives/2333 統合化推進プログラムキックオフミーティング] @ NBDC (市ヶ谷)
** 2014/06/02 [http://dbcls.rois.ac.jp/archives/2333 統合化推進プログラムキックオフミーティング] @ NBDC (市ヶ谷)
* 2014/05/27-28 [[SPARQLthon20]] @ NBDC (市ヶ谷)
* 2014/05/27-28 [[SPARQLthon20]] @ NBDC (市ヶ谷)
-
** 2014/05/17-20 [http://dbcls.rois.ac.jp/archives/2327 RDFサミット] @ DBCLS (柏) - Ensembl RDF と INSDC/RefSeq/TogoGenome で RDF モデル共通化など
+
** 2014/05/17-20 [https://github.com/dbcls/rdfsummit RDFサミット] @ DBCLS (柏) - Ensembl RDF と INSDC/RefSeq/TogoGenome で RDF モデル共通化など
* 2014/04/21-22 [[SPARQLthon19]] @ DBCLS (柏)
* 2014/04/21-22 [[SPARQLthon19]] @ DBCLS (柏)
* 2014/03/13-14 [[SPARQLthon18]] @ DBCLS (柏の初回)
* 2014/03/13-14 [[SPARQLthon18]] @ DBCLS (柏の初回)

2020年6月2日 (火) 01:43時点における最新版

Sparqlthon-logo.png

SPARQLthon (スパークルソンと呼んでいます) はもともと、2013 年度の統合化推進プログラム成果発表に向けて、ゲノム情報の RDF 化を行なっているグループを中心に、オントロジーの構築・RDF の生成の促進と SPARQL 検索技術の向上を目指して 2012 年 10 月から有志によってミニ・ハッカソンのようなカタチで始められました。以後、毎月１回の開催となりライフサイエンスにおけるセマンティック・ウェブ技術の利用や開発に興味のある方が自由に集い、議論し、開発し、実務をこなしつつ交流を図る場となってきています。また 2014 年 4 月からは、1 日目を NBDC/DBCLS による統合化推進プログラムの RDF 化支援を主体に、2 日目をこれまでどおり RDF 化と SPARQL の技術開発に主に充てることとなりました。

目次

メーリングリスト

次回開催のご案内、日程調整の連絡、関連する議論などは 国内版バイオハッカソンのメーリングリスト (biohackathon-jp) で行いますので、興味ある方は各自ご登録頂ければと思います。なお、このメーリングリストは、国内版バイオハッカソン BH13.13 の参加者＋希望者が登録されており、参加や退会は自由、投稿内容は参加者だけに公開となっています。

Slack

2020年4月からのオンライン開催に伴い、Slack を新規に作成しました。メーリングリストよりも細かいアナウンスや議論が進められると思いますので、こちらの招待リンクからぜひご参加ください。

参加者募集

年１回開催の 国際版 BioHackathon や国内版バイオハッカソンでは、様々な進捗がありますが未完成のプロジェクトが残りがちです。SPARQLthon は月１回定期的に顔を合わせることでこれを補完し、立ちあげたプロジェクトをモチベーションをキープしながら着実に進めて成果を出すプロトコルとして有効に機能してきていると思います。アカデミック・企業・デザイナーなどなど所属機関や立場を問わず、様々な分野からの参加者同士で交流が進むことにより、まだなかなか見つけることの難しいセマンティック・ウェブの技術者や研究者の発掘とコミュニティの醸成などにも役立つ場となっています。

ハッカソン（SPARQLthon）形式での会議開催のメリットは、関係者が直接顔を合わせて集中的に取り組むことにより

  • 話が早い
  • その場で仕事が進む
  • 新しい人脈との交流が広がる

といったことが挙げられるかと思います。SPARQLthon は、ライフサイエンスにおけるセマンティック・ウェブに興味のある方であれば誰でも自由に参加して頂ける会です。会場確保の都合で参加登録をお願いすることもあるかと思いますので、参加希望の方は各回の開催予定をご覧ください。

開催目的

  • オントロジーの開発
  • RDF の設計と生成
  • トリプルストアの調査と運用
  • SPARQL 検索スキルの向上とノウハウの共有
  • SPARQL 結果のハンドリングと可視化技術
  • マッシュアップによるアプリケーションの開発
  • セマンティック・ウェブのための UI デザイン

統合化推進プログラム

RDF 開発

統合化推進プログラム (TPP) の RDF 化支援

これまでの主な成果

オープンデータ時代の標準Web API SPARQL (インプレスR&D) 刊行

  • 日本初のSPARQLの解説本
  • 著者は、全員 SPARQLthon 参加者

NBDC RDF portal

  • 日本で開発された生命科学データのRDFを集積
  • 統合推進プログラムで構築されたRDFデータを多数収録
  • 掲載RDFデータは、RDFガイドラインに準拠している


統合プロジェクトで開発されたツール類

  • SPARQL-proxy
    • クライアントと SPARQL エンドポイントの間で動作するミドルウェア
    • 開発方法 SPARQL-proxy

平成28年度までのまとめページへのリンク集

今後の開催予定

場所未定のままの場合は、基本的に DBCLS 柏の葉キャンパス駅前での開催となります。

  • 今後の SPARQLthon の日程調整
    • SPARQLthon 用 Google カレンダー に学会等の予定を追記してください。
    • 書き込み権は DBCLS 片山・川島にメール等で遠慮なくリクエストください。スケジュールの空き状況を見て、わりと先まで決めておこうと思っています。
  • 今後の SPARQLthon の開催場所候補
    • DBCLS柏ラボ (千葉・柏の葉キャンパス) ← 未定のままの場合、原則はコチラで開催予定
    • DBCLS三島ラボ (三島・遺伝研)
    • NBDC (東京・市ヶ谷) ※ JST東京本部別館会議室
    • NII (東京・神保町)
    • NBRP (東京・八重洲) ※狭そう
    • 東工大 (東京・田町)
    • CBRC (東京・お台場)
    • 東大理学部３号館 (東京・根津)
    • 東大先端研 (東京・駒場)
    • かずさDNA研究所（千葉・木更津）
    • 基礎生物学研究所（愛知・岡崎）

開催履歴

「http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon」より作成
個人用ツール