ReferenceGenomeGraph

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** Nat Genet 2015, 47:682–688. [http://dx.doi.org/10.1038/ng.3257 http://dx.doi.org/10.1038/ng.3257] - bioRxivの[http://biorxiv.org/content/early/2014/07/08/006973 コレ]と同じ(はず)
** Nat Genet 2015, 47:682–688. [http://dx.doi.org/10.1038/ng.3257 http://dx.doi.org/10.1038/ng.3257] - bioRxivの[http://biorxiv.org/content/early/2014/07/08/006973 コレ]と同じ(はず)
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* Adam Novak, Yohei Rosen, David Haussler, Benedict Paten: Canonical, Stable, General Mapping using Context Schemes
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** http://arxiv.org/abs/1501.04128
ゲノム「アラインメント」にグラフを使う(リファレンスとして、ではなく)
ゲノム「アラインメント」にグラフを使う(リファレンスとして、ではなく)

2015年8月20日 (木) 08:37時点における版

目次

第1回リファレンスゲノムグラフ勉強会

Global Alliance for Genomics & Health (GA4GH) の Data Working Group では、 UCSC の David Haussler 氏らのグループを中心とする Reference Variation タスクチームで、 ヒトゲノムのリファレンスをグラフ構造にして扱うための技術開発が進められています。

参考:NGS現場の会で発表した第3回 GA4GH ミーティングのレポートのポスター (片山) http://www.slideshare.net/ToshiakiKatayama/ngs-ga4gh

この技術は、ゲノム情報・ゲノムデータベースを扱っている研究機関・研究者にとって今後重要になってくる可能性があります。

また、2015年9月に長崎で開催する BioHackathon 2015 に、 リファレンスゲノムグラフを開発されている Dr. Benedict Paten さんらの参加が決まっています。

このため、この技術に興味のある方で集まって勉強会を開催することになりました。

開催概要

  • 日時:2015年8月20日 (木) 13:00〜18:00 (18:00〜は有志で懇親会)
  • 場所:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
  • アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access

プログラム

  • 13:00〜16:00 GA4GH とリファレンスゲノムグラフの論文紹介
    • グラフゲノム関連の紹介 (笠原)
    • ゲノムリファレンスとしてグラフを使う論文紹介 (川路・粕川)
  • 16:00〜18:00 リファレンスゲノムグラフの実装と今後の課題
    • 現在の UCSC/GA4GH Genome API の実装調査 (片山)
    • 現在と今後の課題についての議論 (全員)
  • 18:00〜 懇親会 (任意)

参考文献

コメンタリー的なもの


技術的なプレゼンや資料


論文など

  • Dilthey A, Cox C, Iqbal Z, Nelson MR, McVean G: Improved genome inference in the MHC using a population reference graph.

ゲノム「アラインメント」にグラフを使う(リファレンスとして、ではなく)


他にあれば関連論文を下記に追記ください。

参加登録

参加希望の方は、下記に記名をお願いします。

  • 片山 (DBCLS)
  • 笠原 (東大)
  • 川路 (理研)
  • 粕川 (理研)
  • 川島 (DBCLS)
  • 山口 (DBCLS)
  • 大田 (DBCLS)
  • 藤澤(遺伝研)
  • 仲里 (DBCLS) … 懇親会は用事があるので出ません。すまんね。
  • 守屋 (DBCLS)
  • 内藤 (DBCLS)
  • 時松 (DBCLS)
  • 鈴木 (東大)

Note

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