RDF-Tutorial4

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= 第3回 RDF 講習会 =
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= 第4回 RDF 講習会 =
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2018/11/1 に第3回 RDF 講習会を開催します。
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2019/10/31 に第4回 RDF 講習会を開催します。
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今回のテーマは〜RDFの作り方〜です
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== 開催概要 ==
== 開催概要 ==
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===内容および対象者===
===内容および対象者===
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第二回と同じく、自分のデータをRDFに変換して利用する方法に焦点をあてた講習会になります。
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これからデータをRDF化し利活用したい研究者や開発者の方々に向けて、セマンティック・ウェブの概念から、RDFの基礎、トリプルストアの使い方、SPARQLクエリ言語の概要を解説します。
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RDFデータの利用の仕方として、既存のRDFデータと、自分がもっているデータを統合して解析したいことがあります。自分のデータをRDF化することで、容易に既存のRDFデータと統合した利用を行うことができます。ところが、世の中に様々なRDFの解説や講義はありますが、意外とRDFの作り方については見かけないのではないでしょうか。そこで、今回もRDFの作り方に焦点をあてた講習会を行います。データをRDF形式で表現する方法にはいろいろなやり方がありますが、今回は[http://togodb.org/ TogoDB]および[http://d2rq.dbcls.jp/ D2RQ Mapper]を利用することで、プログラミングをすることなくRDF化する方法を講義します。また、統合する対象である既存の主要なRDFについて、統合して利用するという観点から紹介します。
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RDFそのものについても基本的なことから解説しますので、対象者は、RDFやSPARQLに関しては事前知識がなくても理解できるようにします。ただし、生命科学データベースの利用になりますので、分子生物学関連の基本的な知識があるほうが講義内容を理解しやすいと思います。
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既存のRDFデータと、自分がもっているデータを、柔軟に統合して利用できるのがRDFのメリットです。自分のデータをRDF化することで、容易に既存のRDFデータと統合した利用を行うことができます。ところが、世の中に様々なRDFの解説や講義はありますが、意外とRDFの作り方については見かけないのではないでしょうか。これまでに様々なデータベースをRDF化してきた経験から、RDFを作成するためのベストプラクティスを紹介します。なお、RDFそのものについても基本的なことから解説しますので、対象者は、RDFやSPARQLに関しては事前知識がなくても理解できるようにします。
===日時と会場===
===日時と会場===
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* 開催期間:2018年11月1日(木)
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* 開催期間:2019年10月31日(木)
** 9:30 受付
** 9:30 受付
** 10:00〜12:00 講義
** 10:00〜12:00 講義
** 12:00〜13:30 昼休み
** 12:00〜13:30 昼休み
** 13:30〜16:00 講義
** 13:30〜16:00 講義
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* 開催場所:東京都千代田区五番町7 K's 五番町 科学技術振興機構 (JST) 東京本部別館2階会議室A-1, A-2
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* 開催場所:千代田区四番町5-3 サイエンスプラザ 科学技術振興機構 (JST) 東京本部B1大会議室
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* アクセス:https://www.jst.go.jp/koutsu_map2.html
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* アクセス:https://www.jst.go.jp/koutsu.html#TOKYO
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=== 講習会に必要なPC ===
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今回は、ご自身のハンズオン形式でご自身のPCを使う講習も行う予定ですので、UNIX系OSの動くラップトップPCをご持参ください(MacやLinuxがインストールされたPCなど)。Windows系OSがインストールされたPCの方も講習会の参加は可能ですが、一部の講習会内容は、UNIX系OSが前提なので聞くだけの参加になる可能性があります。
=== ネットワーク ===
=== ネットワーク ===
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=== 申込方法 ===
=== 申込方法 ===
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* 下記参加登録フォームから申し込みます
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--終了しました--
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** https://form.jst.go.jp/enquetes/rdf3
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参加登録は10/31 午後5時までになっておりますが、席に若干の余裕がありますので
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=== 主催 ===
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登録を締め切った後の場合、当日参加も受け付けますので、直接会場にお越しください。
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=== 主催 ===
 
[http://dbcls.jp/ 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)]
[http://dbcls.jp/ 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)]
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=== 共催 ===
=== 共催 ===
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[http://biosciencedbc.jp 科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)]
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[http://biosciencedbc.jp/ 科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)]
== 講習内容 ==
== 講習内容 ==
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=== RDF入門 ===
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=== 概論 ===
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* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/images/d/df/RDF-lecture-03_20181101-3_s.pdf RDF によるデータ統合] [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/images/5/59/RDF-lecture-03_20181101-1_s.pdf RDF入門] 講師:川島 秀一(ライフサイエンス統合データベースセンター)
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* [https://doi.org/10.6084/m9.figshare.7283918.v1 SPARQL入門] 講師:山本 泰智(ライフサイエンス統合データベースセンター)・岡別府陽子
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講師:山本 泰智(ライフサイエンス統合データベースセンター)
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* セマンティック・ウェブとは
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* RDF とは
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* [https://www.dropbox.com/s/7fptfgvv2f0h8ev/RDF%E8%AC%9B%E7%BF%92%E4%BC%9A2019.pdf?dl=0 発表資料(PDF)]
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=== RDF ===
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講師:川島 秀一(ライフサイエンス統合データベースセンター)
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* RDF作成のデザインパターン
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* オントロジー作成の方法
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* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/images/b/b5/RDF-lecture-04-skwsm_1_20191031.pdf 発表資料]
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** 資料正誤:Protégéのバージョンによっては、"Classes"タブは"Entities"タブの下にあります
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* [http://ep.dbcls.jp/rdf/sakeo/sakeo-r.ttl Sake ontology]
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=== SPARQL ===
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講師:岡別府陽子(株式会社OKBP)
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* SPARQLクエリの基本
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* [https://www.dropbox.com/s/of9alh6yqcar7uq/RDF%E8%AC%9B%E7%BF%92%E4%BC%9A4%28SPARQL%E3%82%AF%E3%82%A8%E3%83%AA%E3%81%AE%E5%9F%BA%E6%9C%AC%29.pdf?dl=0 発表資料(PDF)]
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* [https://www.dropbox.com/s/j09596yojuctxry/SPARQL%E3%82%B9%E3%83%8B%E3%83%9A%E3%83%83%E3%83%88.txt?dl=0 SPARQLスニペット]
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* [https://www.dropbox.com/s/etryubsn7j2ejs3/player_list.ttl?dl=0 サンプルファイル(turtle)]
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* [https://www.dropbox.com/sh/8okr5jdvv2jq6td/AAC08Frtb0SREZFVEZxSPL1Ra?dl=0 Docker環境(参考)]
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=== トリプルストア ===
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講師:片山 俊明(ライフサイエンス統合データベースセンター)
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* Virtuosoのインストール
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* Virtuosoの利用方法
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** https://paper.dropbox.com/doc/4RDF-1-Zo8b4Yy0IeN3sNeb6f6I7
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=== 応用 ===
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=== データのRDF化 ===
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講師:片山 俊明(ライフサイエンス統合データベースセンター)
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* [http://tinyurl.com/togodb-2018-slides TogoDBを利用したデータのRDF化] 講師:片山 俊明(ライフサイエンス統合データベースセンター)
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* [https://doi.org/10.6084/m9.figshare.7286174.v1 D2RQ Mapperを利用したデータのRDF化] 講師:山本 泰智(ライフサイエンス統合データベースセンター)
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=== 既存RDFと、RDF化したデータを統合した利用 ===
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* RDF/SPARQLのアプリケーション開発
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* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/images/7/78/RDF-lecture-03_20181101-2_s.pdf RDF形式で利用できる、生命科学RDFデータの紹介] 講師:川島 秀一(ライフサイエンス統合データベースセンター)
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** https://paper.dropbox.com/doc/4RDF-2--AnuxVruXskuUwFjyHOZEWm3~Ag-LWa4Ryg0jnYs50ePy4phE
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* [https://figshare.com/articles/__RDF__20181101/7283663 RDF化した自分のデータと、既存の生命科学RDFデータを統合して利用する方法] 講師:岡別府陽子
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==参加者アンケート==
==参加者アンケート==
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--終了しました--
== 参考文献 ==
== 参考文献 ==
* [http://sparqlbook.jp/ オープンデータ時代の標準 Web API SPARQL]
* [http://sparqlbook.jp/ オープンデータ時代の標準 Web API SPARQL]
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* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDF-Tutorial3 第3回RDF 講習会]
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDF-Tutorial2 第2回RDF 講習会]
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDF-Tutorial2 第2回RDF 講習会]
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDF-Tutorial1 第1回RDF 講習会]
* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDF-Tutorial1 第1回RDF 講習会]
* [http://togetter.com/li/1034066 Togetter: 第1回RDF講習会]
* [http://togetter.com/li/1034066 Togetter: 第1回RDF講習会]

2019年11月14日 (木) 02:50時点における最新版

目次

第4回 RDF 講習会

2019/10/31 に第4回 RDF 講習会を開催します。

開催概要

内容および対象者

これからデータをRDF化し利活用したい研究者や開発者の方々に向けて、セマンティック・ウェブの概念から、RDFの基礎、トリプルストアの使い方、SPARQLクエリ言語の概要を解説します。

既存のRDFデータと、自分がもっているデータを、柔軟に統合して利用できるのがRDFのメリットです。自分のデータをRDF化することで、容易に既存のRDFデータと統合した利用を行うことができます。ところが、世の中に様々なRDFの解説や講義はありますが、意外とRDFの作り方については見かけないのではないでしょうか。これまでに様々なデータベースをRDF化してきた経験から、RDFを作成するためのベストプラクティスを紹介します。なお、RDFそのものについても基本的なことから解説しますので、対象者は、RDFやSPARQLに関しては事前知識がなくても理解できるようにします。

日時と会場

  • 開催期間:2019年10月31日(木)
    • 9:30 受付
    • 10:00〜12:00 講義
    • 12:00〜13:30 昼休み
    • 13:30〜16:00 講義
  • 開催場所:千代田区四番町5-3 サイエンスプラザ 科学技術振興機構 (JST) 東京本部B1大会議室
  • アクセス:https://www.jst.go.jp/koutsu.html#TOKYO

講習会に必要なPC

今回は、ご自身のハンズオン形式でご自身のPCを使う講習も行う予定ですので、UNIX系OSの動くラップトップPCをご持参ください(MacやLinuxがインストールされたPCなど)。Windows系OSがインストールされたPCの方も講習会の参加は可能ですが、一部の講習会内容は、UNIX系OSが前提なので聞くだけの参加になる可能性があります。

ネットワーク

  • 無線LANをご利用頂ける予定です (回線速度は100Mbpsベストエフォート)

申込方法

--終了しました--

主催

情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)

共催

科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)

講習内容

概論

講師:山本 泰智(ライフサイエンス統合データベースセンター)

RDF

講師:川島 秀一(ライフサイエンス統合データベースセンター)

  • RDF作成のデザインパターン
  • オントロジー作成の方法
  • 発表資料
    • 資料正誤:Protégéのバージョンによっては、"Classes"タブは"Entities"タブの下にあります
  • Sake ontology

SPARQL

講師:岡別府陽子(株式会社OKBP)

トリプルストア

講師:片山 俊明(ライフサイエンス統合データベースセンター)

応用

講師:片山 俊明(ライフサイエンス統合データベースセンター)

参加者アンケート

--終了しました--

参考文献

個人用ツール