PubChemRDF
提供:TogoWiki
PubChemRDF の解説を行ないます。PubChemRDF は2014/01/31に公開されました。内容についてはリリースノースに詳しい解説があります。
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データの取得
PubChemRDFはFTPサイトとREST APIで配布され、ユーザはRDFを取得してRDFストアに格納後SPARQLクエリを実行することができるようになりました。いままでは、XMLやSDFの配布物をFTPサイトもしくはウェブサービスからダウンロードしてから扱っていました。SDFを格納するデータベースはありますが、XMLについては汎用的すぎて、定番の処理は無かったと思います。RDF化によってPubChemの内容を手元で扱うのが手軽になったといえます。
FTP サイト
FTPサイト ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/RDF/ のデータは週一回更新される。VoID ファイルが ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/RDF/void.ttl にあり、配布されているデータの量やファイルのリストなどのPubChemRDFのメタデータについて知ることができる。
配布しているRDFは ttl.gz 拡張しのあるTurtle形式をgzip圧縮したものである。
データは分割され、一ファイルに含まれる開始ID xxx から終止ID yyy までのファイル名 xxx_yyy.ttl.gz となっている。
RESTful API
PubChemRDF REST APIは、リクエストのAcceptヘッダーのMIME typeの指定に対応している。
RDFXML
curl -v -L -H "Accept: text/rdf" -o CID2244.rdf http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244
Turtle
curl -v -L -H "Accept: application/x-turtle" -o CID2244.rdf http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244
ntriples
curl -v -L -H "Accept: text/plain" -o CID2244.rdf http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244
n3
curl -v -L -H "Accept: text/rdf+n3" -o CID2244.rdf http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244
JSON
curl -v -L -H "Accept: text/json" -o CID2244.rdf http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244
XHTML
curl -v -L -H "Accept: application/xhtml+xml" -o CID2244.rdf http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244
フォーマットの指定は、Acceptヘッダー以外に、拡張子として指定できる。
- RDFXML http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244.rdf
- XHTML http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244.html
- Turtle http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244.turtle
- JSON http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244.json
- ntriples http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244.ntriples
- n3 http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/rdf/compound/CID2244.n3
語彙とオントロジーにもとづくデータ統合
BAO (BioAssay Ontology)
Uma D. Vempati, et al., (2012) Formalization, Annotation and Analysis of Diverse Drug and Probe Screening Assay Datasets Using the BioAssay Ontology (BAO), DOI: 10.1371/journal.pone.0049198 http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0049198