PubChemRDF

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== FTP サイト ==
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FTPサイト ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/RDF/ のデータは週一回更新される。[http://www.w3.org/TR/void/ VoID] ファイルが ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/RDF/void.ttl にあり、配布されているデータの量やファイルのリストなどのPubChemRDFのメタデータについて知ることができる。
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配布しているRDFは ttl.gz 拡張しのあるTurtle形式をgzip圧縮したものである。
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データは分割され、一ファイルに含まれる開始ID xxx から終止ID yyy までのファイル名 xxx_yyy.ttl.gz となっている。
== RESTful API ==
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PubChemRDF REST APIは、リクエストのAcceptヘッダーのMIME typeの指定に対応している。
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  curl -v -L -H "Accept: text/rdf" -o CID2244.rdf http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244
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  curl -v -L -H "Accept: text/json" -o CID2244.rdf http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244
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  curl -v -L -H "Accept: application/xhtml+xml" -o CID2244.rdf http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244
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フォーマットの指定は、Acceptヘッダー以外に、拡張子として指定できる。
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* RDFXML http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244.rdf
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* XHTML http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244.html
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* Turtle http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244.turtle
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* JSON http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244.json
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* ntriples http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244.ntriples
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* n3 http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/rdf/compound/CID2244.n3
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= 語彙とオントロジーにもとづくデータ統合 =
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== BAO (BioAssay Ontology) ==
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Uma D. Vempati, et al., (2012) Formalization, Annotation and Analysis of Diverse Drug and Probe Screening Assay Datasets Using the BioAssay Ontology (BAO), DOI: 10.1371/journal.pone.0049198 http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0049198
= URI の構造 =
= URI の構造 =
= PubChemRDF サブドメイン =
= PubChemRDF サブドメイン =

2014年4月21日 (月) 01:48時点における最新版

PubChemRDF の解説を行ないます。PubChemRDF は2014/01/31に公開されました。内容についてはリリースノースに詳しい解説があります。


目次

データの取得

PubChemRDFはFTPサイトREST APIで配布され、ユーザはRDFを取得してRDFストアに格納後SPARQLクエリを実行することができるようになりました。いままでは、XMLやSDFの配布物をFTPサイトもしくはウェブサービスからダウンロードしてから扱っていました。SDFを格納するデータベースはありますが、XMLについては汎用的すぎて、定番の処理は無かったと思います。RDF化によってPubChemの内容を手元で扱うのが手軽になったといえます。

FTP サイト

FTPサイト ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/RDF/ のデータは週一回更新される。VoID ファイルが ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/RDF/void.ttl にあり、配布されているデータの量やファイルのリストなどのPubChemRDFのメタデータについて知ることができる。

配布しているRDFは ttl.gz 拡張しのあるTurtle形式をgzip圧縮したものである。

データは分割され、一ファイルに含まれる開始ID xxx から終止ID yyy までのファイル名 xxx_yyy.ttl.gz となっている。

RESTful API

PubChemRDF REST APIは、リクエストのAcceptヘッダーのMIME typeの指定に対応している。

RDFXML

 curl -v -L -H "Accept: text/rdf" -o CID2244.rdf http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244

Turtle

 curl -v -L -H "Accept: application/x-turtle" -o CID2244.rdf http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244

ntriples

 curl -v -L -H "Accept: text/plain" -o CID2244.rdf http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244

n3

 curl -v -L -H "Accept: text/rdf+n3" -o CID2244.rdf http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244

JSON

 curl -v -L -H "Accept: text/json" -o CID2244.rdf http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244

XHTML

 curl -v -L -H "Accept: application/xhtml+xml" -o CID2244.rdf http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/CID2244

フォーマットの指定は、Acceptヘッダー以外に、拡張子として指定できる。

語彙とオントロジーにもとづくデータ統合

BAO (BioAssay Ontology)

Uma D. Vempati, et al., (2012) Formalization, Annotation and Analysis of Diverse Drug and Probe Screening Assay Datasets Using the BioAssay Ontology (BAO), DOI: 10.1371/journal.pone.0049198 http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0049198

URI の構造

PubChemRDF サブドメイン

個人用ツール