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Plant Garden
RDF設計
- RDF summitとその後、SOのPropertyの代わりにRO、BFOのPropertyを利用したRDFを設計
- Protein/PeptideとCDSの関係を記述するderives_fromは、derives_form obo:so_derives_fromではなくてobo:RO_0001000を利用
- RDFポータル公開を見据えて、川島さんからのフィードバック反映
- sio:has_annotation、prov:wasDerivedFromのリソース記載を除く
- PlantGardenの実態のないURLについてブランクノードに変更
Marker RDF
@prefix : <https://plantgardden.jp/ns/> .
@prefix rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
@prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
@prefix dc: <http://purl.org/dc/terms/> .
@prefix obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/> .
@prefix faldo: <http://biohackathon.org/resource/faldo#> .
<https://plantgarden.jp/en/list/t3747/marker/t3747.M000001.1> rdf:type obo:SO_0000207 ;
dc:identifier "t3747.M000002.1" ;
:species_id "t3747" ;
:has_species <https://plantgarden.jp/en/list/t3747> ;
rdfs:label "FAES0002" ;
:sub_number 1 ;
:marker_type "SSR" ;
:mapped_genome_id "t3747.G002" ;
:has_species <https://plantgarden.jp/en/list/t3747/genome/t3747.G002> ;
:reference_seq_name "v1.0.a1" ;
:chr "Fvb6-1" ;
:target_seq "NA" ;
:allele "NA" ;
:enzyme "NA" ;
rdfs:comment "<i>F. x ananassa</i> EST-SSR" ;
:doi "NA" ;
dc:references "NA" ;
:f_active "1" ;
:has_forword_primer <https://plantgarden.jp/en/list/t3747/marker/t3747.M000001.1#Fvb6-1:forword-primer> ;
:has_reverse_primer <https://plantgarden.jp/en/list/t3747/marker/t3747.M000001.1#Fvb6-1:reverse-primer> .
<https://plantgarden.jp/en/list/t3747/marker/t3747.M000001.1#Fvb6-1:forword-primer> faldo:location [
rdf:type faldo:Region ;
rdf:type obo:SO_0000121 ;
rdfs:label "t3747.M000001.1:fwd" ;
:sequence "GCAACAACAGCTCTCGCATA" ;
faldo:begin [
faldo:position 22027099 ;
faldo:reference <https://plantgarden.jp/en/list/t3747/sequence/Fvb6-1> ;
rdf:type faldo:ExactPosition ;
rdf:type faldo:ForwardStrandPosition
] ;
faldo:end [
faldo:position 22027118 ;
faldo:reference <https://plantgarden.jp/en/list/t3747/sequence/Fvb6-1> ;
rdf:type faldo:ExactPosition ;
rdf:type faldo:ForwardStrandPosition
]
] .
<https://plantgarden.jp/en/list/t3747/marker/t3747.M000001.1#Fvb6-1:reverse-primer> faldo:location [
rdf:type faldo:Region ;
rdf:type obo:SO_0000132 ;
rdfs:label "t3747.M000001.1:fwd" ;
:sequence "GACTATCTCCGCCATCCAAA" ;
faldo:begin [
faldo:position 22027216 ;
faldo:reference <https://plantgarden.jp/en/list/t3747/sequence/Fvb6-1> ;
rdf:type faldo:ExactPosition ;
rdf:type faldo:ForwardStrandPosition
] ;
faldo:end [
faldo:position 22027197 ;
faldo:reference <https://plantgarden.jp/en/list/t3747/sequence/Fvb6-1> ;
rdf:type faldo:ExactPosition ;
rdf:type faldo:ForwardStrandPosition
]
] .
HayaiAnnotation RDF
@prefix rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
@prefix : <https://plantgardden.jp/ns/> .
@prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
@prefix dc: <http://purl.org/dc/terms/> .
@prefix obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/> .
@prefix faldo: <http://biohackathon.org/resource/faldo#> .
@prefix sio: <http://semanticscience.org/resource/> .
<https://plantgarden.jp/en/list/t34305>
:family_name "Phrymaceae" ;
:genome_assembly_id "t34305.G002" ;
:genus_name "Erythranthe" ;
:phylum_name "Streptophyta" ;
:superkingdom_name "Eukaryota" .
<https://plantgarden.jp/en/list/t3747/gene/Lj0g3v0013599.1>
faldo:location [
faldo:begin [
faldo:position "125577831" ;
faldo:reference <https://plantgarden.jp/en/list/t34305/sequence/Lj3.0_chr0> ;
a faldo:ExactPosition, faldo:ReverseStrandPosition
] ;
faldo:end [
faldo:position "125578853" ;
faldo:reference <https://plantgarden.jp/en/list/t34305/sequence/Lj3.0_chr0> ;
a faldo:ExactPosition, faldo:ReverseStrandPosition
] ;
a faldo:Region
] ;
a obo:SO_0000704 .
<https://plantgarden.jp/en/seq/t34305/t34305.G002/cds/Lj0g3v0013599.1>
obo:BFO_0000050 <https://plantgarden.jp/en/list/t34305/gene/Lj0g3v0013599.1> ;
obo:RO_0002162 <http://identifiers.org/taxonomy/34305> ;
dc:identifier "Lj0g3v0242029.1" ;
a obo:SO_0000316 ;
rdfs:comment "" ;
:annotation_version "Lj3.0" .
<https://plantgarden.jp/en/seq/t34305/t34305.G002/pep/Lj0g3v0013599.1>
obo:RO_0001000 <https://plantgarden.jp/en/seq/t34305/t34305.G002/cds/Lj0g3v0013599.1> ;
dc:indentifier "Lj0g3v0242029.1" ;
sio:SIO_000558 <http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A022RW76> ;
a obo:SO_0000104 ;
:classifiedWith obo:GO_0003735, obo:GO_0006412, obo:GO_0022625, <https://identifiers.org/kegg.orthology:K02885> .