MicrobeDB.jpポータル開発

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(菌類RNA-Seq RDF)
(認証サーバtauth)
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* OpenID connectインターフェースのクライアント実装(Ruby, Perl) 【Todo】
* OpenID connectインターフェースのクライアント実装(Ruby, Perl) 【Todo】
* 認証サーバ用に、無料で使えるSSL証明を取得する https://letsencrypt.org 【Todo】
* 認証サーバ用に、無料で使えるSSL証明を取得する https://letsencrypt.org 【Todo】
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→ [https://www.globalsign.com/en/ssl/ssl-open-source/ Global Sign Open Source Project]も無料で利用できる
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=== 菌類RNA-Seq RDF ===
=== 菌類RNA-Seq RDF ===
* RNA-Seq RDF関連情報 http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon28/Cufflinks2RDF
* RNA-Seq RDF関連情報 http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon28/Cufflinks2RDF

2017年10月24日 (火) 10:28時点における版

目次

SPARQLthon59

DFAST - MBGD - MDBフローについて

  • MBGDでCluster IDをアサインするAPIサーバを立てて、ポータル側はクライアントとしてCDS fastaをPOSTして、結果を受け取る方針

DFAST生成GenBank2RDF

  • 非公開データのゲノムRDF変換について、MDBでの対応検討
INSDC MDB
insdc:Entry http://identifiers.org/insdc/AE006470.1 mdb:Entry
insdc:Taxonomy http://identifiers.org/taxonomy/194439 insdc:Taxonomy http://identifiers.org/taxonomy/194439
insdc:BioProject http://identifiers.org/bioproject/PRJNA302 mdb:BioProject
insdc:BioSample http://identifiers.org/biosample/SAMN02604006 mdb:BioSample
insdc:Gene http://identifiers.org/insdc/AE006470.1#feature:2-1126:-1:gene.1
insdc:locus_tag "CT0001"

SPARQLthon60

比較解析スタンザナビゲーションの高度化

  • 検索性の向上、インターフェースの改良→BioSample RDF/メタゲノムサブセットの取得方法について
    • 情報共有していただいたDBCLS punk API について利用の検討【Todo】
  • プライベートデータに対してのMEO、MDBVアノテーション(オントロジーマッピング)およびRDF変換の自動化の必要性

SPARQLthon61

ホロゲノム解析支援ツール開発

  • 開発方針としては、MDB比較解析スタンザ+ホロゲノム解析のための拡張
  • メタゲノム解析データを検索しやすくするためのファセットナビゲーションも合わせて開発 ←比較解析スタンザナビゲーションの高度化

ホロゲノム関連RDF

  • Host, Symbiont, Holobiontのゲノム関係情報の記述はMDBVで →管理、拡張のためレポジトリを移動する【Todo】
    • Holobiontの定義されているオントロジーなし

差分更新系の調査

  • 各グラフ単位のRDFデータセット生成フローの確認
  • Stats情報の自動取得およびMicrobeDB.jpが利用しているRDFの依存関係調査を目的としてSPARQLbuilder/metadata生成→umakaviewerを試用 → SPARQLthon61/MicrobeDB.jp-Umakaviewer
  • INSDC/BioProjectはDBCLS punk APIが生成するRDFバルクに置き換える方向で

認証サーバtauth

  • OpenID connectインターフェースのクライアント実装(Ruby, Perl) 【Todo】
  • 認証サーバ用に、無料で使えるSSL証明を取得する https://letsencrypt.org 【Todo】

Global Sign Open Source Projectも無料で利用できる

菌類RNA-Seq RDF

→ データモデルができたら川島さん査定をお願いする、ExpressionAtlas, IHEC に既存モデルがあるかも。

個人用ツール