MicrobeDB.jpポータル開発

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== MDBポータル開発 ==
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== SPARQLthon59 ==
=== DFAST - MBGD - MDBフローについて ===
=== DFAST - MBGD - MDBフローについて ===
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* MBGDでCluster IDをアサインするAPIサーバを立てて、ポータル側はクライアントとしてCDS fastaをPOSTして、結果を受け取る方針
=== DFAST生成GenBank2RDF ===
=== DFAST生成GenBank2RDF ===
* 非公開データのゲノムRDF変換について、MDBでの対応検討
* 非公開データのゲノムRDF変換について、MDBでの対応検討
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** divsionのセマンティクス問題 Homo sapiens { DDBJ => 'HUM', NCBI => 'PRI' }
** divsionのセマンティクス問題 Homo sapiens { DDBJ => 'HUM', NCBI => 'PRI' }
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== SPARQLthon60 ==
===  比較解析スタンザナビゲーションの高度化 ===
===  比較解析スタンザナビゲーションの高度化 ===
* 検索性の向上、インターフェースの改良→BioSample RDF/メタゲノムサブセットの取得方法について
* 検索性の向上、インターフェースの改良→BioSample RDF/メタゲノムサブセットの取得方法について
** 情報共有していただいたDBCLS punk API について利用の検討【Todo】
** 情報共有していただいたDBCLS punk API について利用の検討【Todo】
* プライベートデータに対してのMEO、MDBVアノテーション(オントロジーマッピング)およびRDF変換の自動化の必要性
* プライベートデータに対してのMEO、MDBVアノテーション(オントロジーマッピング)およびRDF変換の自動化の必要性
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== SPARQLthon61 ==
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=== ホロゲノム解析支援ツール開発 ===
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* 開発方針としては、MDB比較解析スタンザ+ホロゲノム解析のための拡張
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* メタゲノム解析データを検索しやすくするためのファセットナビゲーションも合わせて開発 ←比較解析スタンザナビゲーションの高度化
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=== 差分更新系の調査 ===
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* Stats情報の自動取得およびMicrobeDB.jpが利用しているRDFの依存関係調査を目的としてSPARQLbuilder/metadata生成→umakaviewerを試用
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2017年10月24日 (火) 01:59時点における版

目次

SPARQLthon59

DFAST - MBGD - MDBフローについて

  • MBGDでCluster IDをアサインするAPIサーバを立てて、ポータル側はクライアントとしてCDS fastaをPOSTして、結果を受け取る方針

DFAST生成GenBank2RDF

  • 非公開データのゲノムRDF変換について、MDBでの対応検討
INSDC MDB
insdc:Entry http://identifiers.org/insdc/AE006470.1 mdb:Entry
insdc:Taxonomy http://identifiers.org/taxonomy/194439 insdc:Taxonomy http://identifiers.org/taxonomy/194439
insdc:BioProject http://identifiers.org/bioproject/PRJNA302 mdb:BioProject
insdc:BioSample http://identifiers.org/biosample/SAMN02604006 mdb:BioSample
insdc:Gene http://identifiers.org/insdc/AE006470.1#feature:2-1126:-1:gene.1
insdc:locus_tag "CT0001"

SPARQLthon60

比較解析スタンザナビゲーションの高度化

  • 検索性の向上、インターフェースの改良→BioSample RDF/メタゲノムサブセットの取得方法について
    • 情報共有していただいたDBCLS punk API について利用の検討【Todo】
  • プライベートデータに対してのMEO、MDBVアノテーション(オントロジーマッピング)およびRDF変換の自動化の必要性

SPARQLthon61

ホロゲノム解析支援ツール開発

  • 開発方針としては、MDB比較解析スタンザ+ホロゲノム解析のための拡張
  • メタゲノム解析データを検索しやすくするためのファセットナビゲーションも合わせて開発 ←比較解析スタンザナビゲーションの高度化

差分更新系の調査

  • Stats情報の自動取得およびMicrobeDB.jpが利用しているRDFの依存関係調査を目的としてSPARQLbuilder/metadata生成→umakaviewerを試用

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