MicrobeDB.jpポータル開発

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* taxonomy関連情報の取得のためSPARQListを利用してAPI試作
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* taxonomy関連情報の取得のためSPARQListを利用してAPI試作【~SPARQLthon59】
** http://tga.nig.ac.jp/api/assign_taxonomy
** http://tga.nig.ac.jp/api/assign_taxonomy
* ValidなGenBankファイルの情報を取得するためのtaxonomy.ttl更新および修正 【~SPARQLthon60】
* ValidなGenBankファイルの情報を取得するためのtaxonomy.ttl更新および修正 【~SPARQLthon60】

2017年9月21日 (木) 09:02時点における版

目次

MDBポータル開発

DFAST - MBGD - MDBフローについて

DFAST生成GenBank2RDF

  • 非公開データのゲノムRDF変換について、MDBでの対応検討
INSDC MDB
insdc:Entry http://identifiers.org/insdc/AE006470.1 mdb:Entry
insdc:Taxonomy http://identifiers.org/taxonomy/194439 insdc:Taxonomy http://identifiers.org/taxonomy/194439
insdc:BioProject http://identifiers.org/bioproject/PRJNA302 mdb:BioProject
insdc:BioSample http://identifiers.org/biosample/SAMN02604006 mdb:BioSample
insdc:Gene http://identifiers.org/insdc/AE006470.1#feature:2-1126:-1:gene.1
insdc:locus_tag "CT0001"

比較解析スタンザナビゲーションの高度化

  • 検索性の向上、インターフェースの改良→BioSample RDF/メタゲノムサブセットの取得方法について
    • 情報共有していただいたDBCLS punk API について利用の検討【Todo】
  • プライベートデータに対してのMEO、MDBVアノテーション(オントロジーマッピング)およびRDF変換の自動化の必要性
個人用ツール