MicrobeDB.jpポータル開発

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(DFAST生成GenBank2RDF)
(DFAST生成GenBank2RDF)
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* taxonomy関連情報の取得のためSPARQListを利用してAPI試作
* taxonomy関連情報の取得のためSPARQListを利用してAPI試作
** http://tga.nig.ac.jp/api/assign_taxonomy
** http://tga.nig.ac.jp/api/assign_taxonomy
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* ValidなGenBankファイルの情報を取得するためのtaxonomy.ttl更新および修正 【~SPARQLthon60】
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** Division、GenBank hidden flagのトリプルを追加のためのコンバーター拡張 https://github.com/ddbj/rdfsummit/commit/5723ff76da744521d5f1a26d9967a544af8f3187
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* 残作業
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** exact match複数件ヒットの対応
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** divsionのセマンティクス問題 Homo sapiens { DDBJ => 'HUM', NCBI => 'PRI' }

2017年9月21日 (木) 08:53時点における版

MDBポータル開発

DFAST - MBGD - MDBフローについて

DFAST生成GenBank2RDF

  • 非公開データのゲノムRDF変換について、MDBでの対応検討
INSDC MDB
insdc:Entry http://identifiers.org/insdc/AE006470.1 mdb:Entry
insdc:Taxonomy http://identifiers.org/taxonomy/194439 insdc:Taxonomy http://identifiers.org/taxonomy/194439
insdc:BioProject http://identifiers.org/bioproject/PRJNA302 mdb:BioProject
insdc:BioSample http://identifiers.org/biosample/SAMN02604006 mdb:BioSample
insdc:Gene http://identifiers.org/insdc/AE006470.1#feature:2-1126:-1:gene.1
insdc:locus_tag "CT0001"
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