GenomeBentoProject

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2016年12月9日 (金) 10:36時点におけるKtym (トーク | 投稿記録)による版
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2016/12/12-16 に山口で開催する国内版版バイオハッカソン BH16.12 の連動企画として、12/10-11 に山口芸術情報センターの YCAMバイオ・リサーチ・オープンデイ vol.5 「生物とプログラミング」において、ゲノムの決まった生物種だけを食材にした「ゲノム弁当」をもとに、プログラミングによるデータベースの利活用やゲノムの解析・改変を考える市民イベントを開催します。

  • プログラミングによるゲノム解析

私たちが毎日食べているゴハンやオカズは全て生物由来です。コンピュータを使って生物のもつゲノムを解読し、その機能を調べるにはプログラムを使います。解析結果は論文やデータベースにまとめられ、活用されています。

  • ゲノムそのもののプログラミング

古くから行われてきた品種改良は、実は生物をプログラミングすることそのものです。より病害に強く安全で美味しい作物を作るのも、微生物を活用した発酵食品などの開発でも、ゲノムの情報によって理解が深まってきています。

食材ゲノム

地球上には既知の生物が200万種、未知のものは1000万種以上いるといわれていますが、2016年までにゲノムの決まった生物は9000種以上、不完全なものを含めると10万種に及びます。

今回はそのなかでも身近な食材でゲノムの決まったものを GenomeBentoProjectDraft に挙げられた食材をベースに100種類くらい集めてみました。

日本人は魚介類や野草なども幅広くいただく食習慣がありますが、お店でよく見かけるお肉や野菜などは多くの食材のゲノムがすでに決まっています。

この表には、食材の名前と対応する学名、ゲノムの大きさや解読年度、発表された論文やデータベースなどへのリンクを集めています。

これをもとに、ゲノム解読年度を追ってゲノムサイズをグラフにすると図のようになっています。2002年に解読されたトラフグは、魚類の中でも極めてゲノムサイズが小さいながらヒトと同じくらいの遺伝子数を持っていると予想されたため、ノーベル賞学者のシドニー・ブレナー氏がゲノム決定のモデル生物として取り上げました。

ヒトゲノムの解読完了が2003年で、その後さまざまな生物のゲノム解読が続いています。この中では異質6倍体の変わったゲノムをもつ小麦が17Gbと突出して大きいのですが、その他のゲノム解読は必ずしも大きさで優先順位が決まってきたわけではないようですね。

Genome-bento-graph-image.png

ゲノム弁当

これらの情報をもとに、YCAM の方々とお弁当業者さんで実際にゲノムの決まった食材だけで作る「ゲノム弁当」のメニューを考えて頂きました。12/10-11 の YCAM バイオ・リサーチ・オープンデイでは、下記のような内容を元に展示販売を行います。

プロジェクトをお手伝い頂いた方々

  • 伊藤隆之 (山口情報芸術センター/YCAM)
  • 津田和俊 (山口情報芸術センター/YCAM)
  • 金谷重彦 (奈良先端科学技術大学院大学/NAIST)
  • 有田正規 (国立遺伝学研究所/NIG)
  • 櫻井 望 (かずさDNA研究所)
  • 大田達郎 (ライフサイエンス統合データベースセンター/DBCLS)
  • 川島秀一 (ライフサイエンス統合データベースセンター/DBCLS)
  • 片山俊明 (ライフサイエンス統合データベースセンター/DBCLS)
  • SPARQLthon, バイオハッカソン BH16.12 参加者のみなさま
  • お弁当を作ってくださった方々
個人用ツール