GenomeBentoProject

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(食材候補)
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2016/12/12-16 に山口で開催する国内版版バイオハッカソン [[BH16.12]] の連動企画として、12/10-11 に山口芸術情報センターの [http://www.ycam.jp/events/2016/ycam-bio-research-open-day-vol5/ YCAMバイオ・リサーチ・オープンデイ vol.5] 「生物とプログラミング」において、ゲノムの決まった生物種だけを食材にした「ゲノム弁当」をもとに、プログラミングによるデータベースの利活用やゲノムの解析・改変を考える市民イベントを開催します。
2016/12/12-16 に山口で開催する国内版版バイオハッカソン [[BH16.12]] の連動企画として、12/10-11 に山口芸術情報センターの [http://www.ycam.jp/events/2016/ycam-bio-research-open-day-vol5/ YCAMバイオ・リサーチ・オープンデイ vol.5] 「生物とプログラミング」において、ゲノムの決まった生物種だけを食材にした「ゲノム弁当」をもとに、プログラミングによるデータベースの利活用やゲノムの解析・改変を考える市民イベントを開催します。
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== 食材候補 ==
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== 食材ゲノム ==
[[GenomeBentoProjectDraft]] に挙げられた食材をベースに、これまでにゲノムが決まった食材約100種類のリストを作りました。
[[GenomeBentoProjectDraft]] に挙げられた食材をベースに、これまでにゲノムが決まった食材約100種類のリストを作りました。
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* [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1iyh41eZSsOWCkZOS0b5iqjZM4jA6osboCqXFHqVtLx8/edit#gid=335143120 食材ゲノムの表]
* [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1iyh41eZSsOWCkZOS0b5iqjZM4jA6osboCqXFHqVtLx8/edit#gid=335143120 食材ゲノムの表]
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これをもとに、ゲノム解読年度を追ってゲノムサイズをグラフにすると
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この表には、食材の名前と対応する学名、ゲノムの大きさや解読年度、発表された論文やデータベースなどへのリンクを集めています。
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これをもとに、ゲノム解読年度を追ってゲノムサイズをグラフにすると図のようになっています。2002年に解読されたトラフグは、魚類の中でも極めてゲノムサイズが小さいながらヒトと同じくらいの遺伝子数を持っていると予想されたため、ノーベル賞学者のシドニー・ブレナー氏がゲノム決定のモデル生物として取り上げました。[https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%92%E3%83%88%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%A0 ヒトゲノム]の解読完了が2003年で、その後さまざまな生物のゲノム解読が続いています。この中では異質6倍体の変わったゲノムをもつ小麦が17Gbと突出して大きいのですが、その他のゲノム解読は必ずしも大きさで優先順位が決まってきたわけではないようですね。
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[[File:Genome-bento-graph.png]]

2016年12月9日 (金) 10:16時点における版

ゲノム弁当

2016/12/12-16 に山口で開催する国内版版バイオハッカソン BH16.12 の連動企画として、12/10-11 に山口芸術情報センターの YCAMバイオ・リサーチ・オープンデイ vol.5 「生物とプログラミング」において、ゲノムの決まった生物種だけを食材にした「ゲノム弁当」をもとに、プログラミングによるデータベースの利活用やゲノムの解析・改変を考える市民イベントを開催します。

食材ゲノム

GenomeBentoProjectDraft に挙げられた食材をベースに、これまでにゲノムが決まった食材約100種類のリストを作りました。

この表には、食材の名前と対応する学名、ゲノムの大きさや解読年度、発表された論文やデータベースなどへのリンクを集めています。

これをもとに、ゲノム解読年度を追ってゲノムサイズをグラフにすると図のようになっています。2002年に解読されたトラフグは、魚類の中でも極めてゲノムサイズが小さいながらヒトと同じくらいの遺伝子数を持っていると予想されたため、ノーベル賞学者のシドニー・ブレナー氏がゲノム決定のモデル生物として取り上げました。ヒトゲノムの解読完了が2003年で、その後さまざまな生物のゲノム解読が続いています。この中では異質6倍体の変わったゲノムをもつ小麦が17Gbと突出して大きいのですが、その他のゲノム解読は必ずしも大きさで優先順位が決まってきたわけではないようですね。

Genome-bento-graph.png

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