Galaxy ツールを作る

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2010年10月21日 (木) 02:30時点におけるMa ko (トーク | 投稿記録)による版
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目次

Galaxy グループログ

  • メンバー
    • 神沼さん
    • 神田 (こうだ、トピックリーダー)
    • 中尾
    • 山口
  • 興味のあるトピック書き出し
    • 具体的にどう使ってるのか?
      • 外部にだしてるのは少なくて、ローカルで使うパターンばかりが多い
    • セキュリティはどうすれば?
      • ヒトデータをアップロード可能かな? (これは倫理関係だからここではパスかな)
      • ユーザーごとに分離されてるか?
    • ユーザーごとにツールの表示をカスタマイズ出来るか?
      • デフォルトだと全部表示されて、ユーザーには多すぎる → 現状ユーザごとにはできない,サイトごとなら tool_conf.xml を書き換えて再起動する.詳しくは下記.
    • ソフトウェアを同梱して配布可能なのか調べたい
      • DBCLS Galaxy は既にこの形で配布している


タスク (ツール組み込み、ワークフロー作成)

手元でツール作成しつつ、本家or DBCLSに組込み公開する。

  • Exome workflow (神田さん)
  • (岩崎さん)
  • SAMtoolsの変換ツール組込(長崎さん)
  • workflow test(望月さん)
  • (神沼)

インストール情報

記載をお願い致します

スケーラブル設定

galaxy / galaxy-central / wiki / DevConf2010 – Bitbucket でのトーク Building Scalable Galaxy - Nate Coraor と Galaxy Developer Conference 2010 レポート を参照。

  • バックエンドDBの選択:デフォルトはsqlite3、PostgreSQLやMySQLに変更すると性能アップ。
  • ファイルアップロード/ダウンロード時のI/Oブロックを回避する為のプロキシ設定。
  • マシンのコア数にあわせたスレッドモデル。

調査情報

  • 利用可能な世界中のworkflow
  • 配布ライセンスの種類 = MIT

メニューのカスタマイズ

メニューのカスタマイズの際,変更するファイルは $GALAXY/tool_conf.xmlです.

ちなみに,DBCLS Galaxy( http://galaxy.dbcls.jp/ )の tool_conf.xml は下記のようになります.

<?xml version='1.0'?>
<toolbox>
  <section name='Get Data' id='getext'>                                  
    <tool file='data_source/upload.xml'/>
    <label text='DBCLS TogoWS Tools' id='togows_tools'/>
    <tool file='togows/search_resources.xml'/>
    <tool file='togows/search_resources_with_history.xml'/>
    <tool file='togows/get_restful_resources.xml'/>
    <tool file='togows/get_restful_togodb_resources.xml'/>
    <tool file='pubmed/pubmed_get_resource.xml'/>
    <label text='DBCLS Text Mining Tools' id='tm_tools'/>
    <tool file='medline/search_medline_direct.xml'/>
    <tool file='medline/search_medline_with_history.xml'/>
...
  • section タグ
  • label タグ
  • tool タグ

ツールの組み込み方

Getting NGS Tools Working on a Local Installation of Galaxy: Installing Galaxy NGS Tools ( http://bitbucket.org/galaxy/galaxy-central/wiki/NGSLocalSetup )

関連情報: DBCLS Galaxy に同梱のツールジェネレータを利用して,DBCLS Galaxy に自分のツールを組み込む ( http://galaxy.g.hatena.ne.jp/morita_hideyuki/ )

外部サイトをツールとして利用する場合(例:UCSC Table Browser) ( http://bitbucket.org/galaxy/galaxy-central/wiki/ExternalDisplayApplications/Tutorial )

公開されているツール

スクリーンショット

個人用ツール