Galaxy ツールを作る

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== 公開されているツール ==
== 公開されているツール ==
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[http://community.g2.bx.psu.edu/ Galaxy Tool Shed]
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* 本家のツール公開レポジトリ [http://community.g2.bx.psu.edu/ Galaxy Tool Shed]。
 +
* CSHLの[http://cancan.cshl.edu/publicgalaxy/ Hannon Laboratory public galaxy website]

2010年10月20日 (水) 08:42時点における版

目次

Galaxy グループログ

  • メンバー
    • 神沼さん
    • 神田 (こうだ、トピックリーダー)
    • 中尾
    • 山口
  • 興味のあるトピック
    • 具体的にどう使ってるのか?
      • 外部にだしてるのは少なくて、ローカルで使うパターンばかりだから調べても出て来ないかな
    • セキュリティはどうすれば?
      • ヒトデータをアップロード可能かな? (これは倫理関係だからここではパスかな)
      • ユーザーごとに分離されてるか?
    • ユーザーごとにツールの表示をカスタマイズ出来るか?
      • デフォルトだと全部表示されて、ユーザーには多すぎる → 現状ユーザごとにはできない,サイトごとなら tool_conf.xml を書き換えて再起動する.詳しくは下記.
    • ソフトウェアを同梱して配布可能なのか調べたい

こうかな?

インストール情報

記載をお願い致します

スケーラブル設定

galaxy / galaxy-central / wiki / DevConf2010 – Bitbucket でのトーク Building Scalable Galaxy - Nate Coraor と Galaxy Developer Conference 2010 レポート を参照。

  • バックエンドDBの選択:デフォルトはsqlite3、PostgreSQLやMySQLに変更すると性能アップ。
  • ファイルアップロード/ダウンロード時のI/Oブロックを回避する為のプロキシ設定。
  • マシンのコア数にあわせたスレッドモデル。

調査情報

  • 利用可能な世界中のworkflow
  • 配布ライセンスの種類 = MIT

ワークフロー作成

手元でツール作成しつつ、本家or DBCLSに組込み公開する。

  • EXOME workflow (神田さん)
  • (岩崎さん)
  • SAMtoolsの変換ツール組込(長崎さん)
  • workflow test(望月さん)
  • (神沼)

メニューのカスタマイズ

メニューのカスタマイズの際,変更するファイルは $GALAXY/tool_conf.xmlです.

ちなみに,DBCLS Galaxy( http://galaxy.dbcls.jp/ )の tool_conf.xml は下記のようになります.

<?xml version='1.0'?>
<toolbox>
  <section name='Get Data' id='getext'>                                  
    <tool file='data_source/upload.xml'/>
    <label text='DBCLS TogoWS Tools' id='togows_tools'/>
    <tool file='togows/search_resources.xml'/>
    <tool file='togows/search_resources_with_history.xml'/>
    <tool file='togows/get_restful_resources.xml'/>
    <tool file='togows/get_restful_togodb_resources.xml'/>
    <tool file='pubmed/pubmed_get_resource.xml'/>
    <label text='DBCLS Text Mining Tools' id='tm_tools'/>
    <tool file='medline/search_medline_direct.xml'/>
    <tool file='medline/search_medline_with_history.xml'/>
...
  • section タグ
  • label タグ
  • tool タグ

ツールの組み込み方

関連情報: DBCLS Galaxy に同梱のツールジェネレータを利用して,DBCLS Galaxy に自分のツールを組み込む ( http://galaxy.g.hatena.ne.jp/morita_hideyuki/ )

公開されているツール

個人用ツール