2010年10月22日 (金) 05:27時点における版

BrainStarsデータベースAPI実装

成体マウスの脳51領域の発現データベース
http://brainstars.org/
Affymetrix Mouse Genome 430 2.0 で測定
Web APIインタフェース実装中
- 例: http://brainstars.org/marker/high/LS?content-type=application/json

Dashcode 3 で同じインタフェースが再構成できるようなAPI設計
TogoWS 風の REST URI インタフェース．http://..../search/(keyword), http://..../search/(keyword)/count 等
- 参考: http://togows.dbcls.jp/site/ja/rest.html http://hackathon2.dbcls.jp/wiki/GuidelineForWebService
- 検索結果に応じてHTTPエラーコード(404 not found 等) をはく
- 目標 http://brainstars.org/search/receptor/1,10 や http://brainstars.org/search/receptor/count などでアクセス可能にする(こっそりとdone)
RDF/XML での出力
- XML形式ならRDFにしておくと，自動的に他のリソースと連携できそう．
YAML いらない
- YAMLの位置は中途半端（サポートの広さではJSONが，規格のしっかりさではXMLが勝る）
- 残してもいいが，ドキュメントの準備が大変になる．
- rubyのYAMLパーザは遅い
表のTab区切り形式や，IDリストでの出力サポート
- 割と評価が高い（cut-paste で BioMart などの他のサービスに入力できる）

TogoWS like なインタフェース ([.拡張子]による出力形式の指定には未対応．出力形式は &content-type=application/json 等で指定)

検索例
- "receptor" にヒットしたエントリの ID (probe set ID) のリストを返すAPI(default:text/plain) http://brainstras.org/search/receptor
- "receptor" にヒットしたエントリの個数を返すAPI(default:text/plain) http://brainstars.org/search/receptor/count
- "receptor" にヒットしたエントリの，10番めから5個のIDリストを返すAPI(default:text/plain) http://brainstars.org/search/receptor/10,5

countだけ実装．TogoWS like なインタフェースとは否互換

検索例
- 検索のカテゴリー(high=特定領域でのみ発現上昇,low=特定領域でのみ発現減少) を返すAPI http://brainstars.org/marker
- high で検索できる脳領域のリストを返す API(default:text/html) http://brainstars.org/marker/high
- "LS" で発現上昇しているエントリの情報を返す API(default:text/html) http://brainstars.org/marker/high/LS
- "LS" で発現上昇しているエントリの個数を返す API(default:text/plain) http://brainstars.org/marker/high/LS/count

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 * フィルタリングパス：High/Low選択 => 組織選択 => プローブセット選択 =>
 * キーワード検索パス：キーワード入力検索 =>プローブセット選択 =>
+=== Dashcode でつくってみた ===
+http://skitch.com/nakao/dhic4/brainstars-dashcode
+* データソースを動的に設定することが必要だが、そこまではわからなかった。
 == BH10.10でできたこと ==