BioRuby

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2010年10月21日 (木) 02:43時点におけるNakao (トーク | 投稿記録)による版
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BH10.10 発表・ディスカッション資料

2010/10/20 ワークショップ発表資料(後藤) ファイル:20101020-ngoto-BioRuby.pdf

BH10.10 ハッカソン

新バージョンリリースに向けた作業

  • Ruby 1.9.2 でエラーが出たテスト・クラスを修正 -- Bio::AAindex2 など
  • Release notes, README など -- 作業中

Status in the morning of Oct21

4 Failure on 1.8.7 (1 togows, 1 Float comparison, 2 libxml)

4 Failure 9 Error on 1.9.2

Unit Test中のFloat比較を引き算後小さい数との比較に

libxmlをgemでインストールして...

../ruby187/bin/ruby -rubygems setup.rb test

3014 tests, 20273 assertions, 0 failures, 0 errors

Ruby 1.9.2 対応

  • 上記も参照

../../ruby192/bin/ruby runner.rb

3014 tests, 20253 assertions, 1 failures, 9 errors, 0 skips

  1) Error:
test_exec(Bio::FuncTestPTS1):
ArgumentError: wrong number of arguments (1 for 0)
    /Volumes/hornext/bioruby192gem/lib/bio/command.rb:563:in `block in callback'

次世代シーケンサー対応に向けて

  • SOLiD -- 検討中
  • 454 SFF形式対応

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