BH17.11

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国内版バイオハッカソン BH17.11

目次

開催概要

2017年11月26日から12月1日にかけて、熊本にて国内のライフサイエンスデータベースの構築者と利用者向けの技術勉強会として、第8回 国内版バイオハッカソン BH17.11 を開催いたします。

  • 主催:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)
  • 共催:質量分析インフォマティクス研究会 (JSBi公募研究会)
  • 開催期間:2017年11月26日(日)〜12月1日(金)
  • 開催場所:菊南温泉ユウベルホテル(熊本市)アクセスマップ
    • マップ: http://tinyurl.com/bh17-11-map
    • 熊本空港から
      • バス (50分、870円):熊本空港(空港リムジンバス乗車)--> 益城(ましき)IC口(乗り換え、反対車線に移動、"高速バスひのくに号"乗車)--> 西合志(にしごうし)(下車) --(徒歩15分、またはバス(南小学校前>菊南温泉前))--> 会場
        • 空港リムジンバス、高速バスは座席定員制で、満席の場合は乗れません。高速バスには早朝、深夜に予約制の便あり
        • 西合志の次は博多まで停まらないのでご注意下さい
      • バス(80分、1,050円):熊本空港(空港リムジンバス乗車)--> 通町筋(とおりちょうすじ)(乗り換え、反対車線に移動、熊鉄バス北1,北2,北3乗車) --> 菊南温泉前(下車)--(徒歩6分)--> 会場
        • 通町筋のバス乗り場は2ヶ所あるので、時刻表を確認してください
        • 乗り換え、別ルート:(熊鉄バス北4大鳥居・立石行乗車) --> 上の原, または菊南温泉ユウベルホテル(下車)--(徒歩)--> 会場
          • ホテルに寄らないルートは上の原で下車
        • 乗り換えは通町筋の次の交通センターでも可
        • 熊鉄バス北1ルートは極稀に須屋駅経由があり、菊南温泉前には停まりません。須屋駅から会場までは徒歩17分
    • 熊本駅から
      • 鉄道(40分、530円):熊本駅 (JR鹿児島本線・銀水行)--> 上熊本(熊本電気鉄道・北熊本行)--> 北熊本(熊本電気鉄道・御代志行 )--> 新須屋駅 --(徒歩14分)--> 会場
      • バス(40分、440円):熊本駅前(1番のりば、熊鉄バス北1,北3乗車) --> 菊南温泉前(下車)--(徒歩6分)--> 会場
    • JR、熊本電気鉄道、空港リムジンバス、熊鉄バスは交通系ICカード(相互利用)が利用できます。高速バスひのくに号もおそらく使えます
    • バスの場合、菊温泉と菊温泉の混同にご注意ください
    • 時刻表
      • 空港リムジンバス:日祝, 平日
      • 熊鉄バス(交通センター発):日祝, 平日(1時間に1本の時間帯あり)
      • 高速ひのくに号:日祝, 平日

開催趣旨

DBCLS では、ライフサイエンスのデータベース統合についての技術開発を支援・最新技術の情報共有・実務者間での交流を促進するため、これまで10回の国際版 BioHackathon と7回の国内版バイオハッカソン BH10.10, BH11.11, BH12.12, BH13.13, BH14.14, BH15.15, BH16.12を開催してまいりました。NBDC統合化推進プログラムに参画されている各機関においても様々なデータベースを構築してきて頂いています。その成果の一部は、SPARQLthon などを通じてセマンティック・ウェブに対応した RDF 形式によって統合され、NBDC RDF Portal からリリースされています。また、海外においても UniProt や BioModels, BioSamples, ChEMBL, Expression Atlas, Reactome などの各種データベースが EBI RDF Platform から、Ensembl も リリース83 から RDF でのデータ提供が行われており、NCBI からも PubChem などの RDF が提供されるようになってきています。これらの RDF データは既存のものに比べて分野横断的な統合が容易になっていますが、今後より多くのデータを統合し、アプリケーション開発などによってその活用を推進していくためには、さらなる情報共有と技術開発を継続する必要があると考えられます。

一方、バイオインフォマティクスにおけるデータベースの利活用は目的も手法も多岐にわたります。このため、国内版バイオハッカソンのテーマについては上記に挙げられた DBCLS や NBDC の統合化推進プログラムで進められているセマンティック・ウェブによるデータベース統合に限らず、国内の生命情報学系の研究者間で共にディスカッションやソフトウェア開発が促進できるものであれば全て国内版バイオハッカソンのスコープに入ると考えられます。また、民間の方からもぜひ、公共データの社内での活用や情報統合の課題、産学連携で開発・利用できそうな研究課題やソフトウェア技術など、バイオ寄りからインフォ寄りまで議論・開発のネタを自由に持ち込んで頂ければと思います。

国内版バイオハッカソンは、これからのライフサイエンスを支える技術開発に興味のある方々に自由にご参加いただき、活発な議論と開発を進めて頂くインキュベーションの場となればと考えています。

参加申し込み

ハッカソンの参加費は無料ですが、会場準備の都合上、下記のページから参加登録をお願いいたします。質問事項等ありましたら、オーガナイザー bh17.11@biohackathon.org 宛にご相談下さい。 なお、今回は質量分析インフォマティクス研究会のハッカソンと共催となり、こちらの参加登録も下記のフォームから受け付けています。

注意事項:

  • ハッカソンは開催趣旨から、原則的に全日程のご参加をお願いしておりますが、難しい場合は参加可能な日程をご登録下さい。
  • 航空券や現地までの交通手段などは各自で手配してください。
  • ソフトウェア開発用機材の貸出はありませんので、各自無線LANが利用可能なノートPCなどをご持参ください。

プログラム

  • 11/26 (日)
    • 18:00 レセプション
    • 21:00〜 会場設営(オーガナイザーのみ)
  • 11/27 (月)
    • 9:30-10:00 受付
    • 10:00-12:00 課題出しのためのブリーフィング
    • 13:00-18:00 チュートリアル / ディスカッションとソフトウェア開発 (ハッカソン)
  • 11/28 (火)
    • 10:00-18:00 ハッカソン
  • 11/29 (水)
    • 10:00-18:00 ハッカソン
  • 11/30 (木)
    • 10:00-18:00 ハッカソン
  • 12/1 (金)
    • 10:00-13:00 ハッカソン・ラップアップ・解散

主なテーマ

会期中に検討するテーマです。自由に追記・編集して頂ければと思います。リンク先のページを作るときは「BH17.11/ページ名」としてください。

Twitter hashtag は #BH1711 でお願いします。

その他

メーリングリストのご案内

開催に関するご案内や参加者間での議論を行っています。ぜひご登録下さい。

国際版 BioHackathon のご案内

毎年1回、海外のデータベース・バイオインフォマティクスの研究者・開発者を迎えて国際版の BIoHackathon を開催しています。

また、国際版の BioHackathon 等に関するご案内や議論は下記のメーリングリストで行っております。こちらもぜひご登録ください。

SPARQLthon のご案内

バイオハッカソンの他に、生命情報科学におけるセマンティック・ウェブ技術の利用を促進するため、毎月 SPARQLthon という勉強会を開催しています。ぜひご参加下さい。

オーガナイザー

  • DBCLS: 守屋, 金, 河野, 山口, 山本, 川島, 片山
  • 京都大学: 吉沢
個人用ツール