BH16.12/TogoGenome

提供:TogoWiki

(版間での差分)
移動: 案内, 検索
(エンドポイント)
 
(間の2版分が非表示)
17行: 17行:
* http://togogenome.org/sparql-test
* http://togogenome.org/sparql-test
-
  * UniProt
+
** UniProt 2015_05
-
  * RefSeq
+
** RefSeq 69
* http://dev.togogenome.org/sparql-test
* http://dev.togogenome.org/sparql-test
-
  * UniProt
+
** UniProt 2016_01
-
  * RefSeq
+
** RefSeq 74
* http://ep.dbcls.jp/sparql-import
* http://ep.dbcls.jp/sparql-import
-
  * UniProt
+
** UniProt 2016_09
-
  * RefSeq
+
** RefSeq 78
 +
 
 +
dev を最新版に置き換えた時に問題になるスタンザ
 +
 
 +
* TBD
 +
 
 +
JBrowse の exon/intron をなんとかする

2016年12月14日 (水) 01:58時点における最新版

  • TogoGenome でゲノム弁当の食材が網羅されていなかった件
  • 外部データベースのIDやキーワードからTogoGenomeの遺伝子や生物種に辿りつけない

バイオメディカル応用

  • ヒトの遺伝子・変異解析につながるデータベースシステム整備
  • メディカル系のデータベースのRDF化
  • 変異情報の集積、表示、解析
  • 表現型情報へのリンク

比較ゲノム

  • ヒトを中心に遺伝子とその前後配列単位で種間アラインメント → MBGD, KEGG OC など, vg
  • アミノ酸配列と塩基配列のアラインメント → jPOST, PDBj, DDBJ

エンドポイント

dev を最新版に置き換えた時に問題になるスタンザ

  • TBD

JBrowse の exon/intron をなんとかする

個人用ツール