BH16.12/TogoGenome

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* ヒトを中心に遺伝子とその前後配列単位で種間アラインメント → MBGD, KEGG OC など, vg
* ヒトを中心に遺伝子とその前後配列単位で種間アラインメント → MBGD, KEGG OC など, vg
* アミノ酸配列と塩基配列のアラインメント → jPOST, PDBj, DDBJ
* アミノ酸配列と塩基配列のアラインメント → jPOST, PDBj, DDBJ
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== エンドポイント ==
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* http://togogenome.org/sparql-test
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** UniProt 2015_05
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** RefSeq 69
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* http://dev.togogenome.org/sparql-test
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** UniProt 2016_01
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** RefSeq 74
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* http://ep.dbcls.jp/sparql-import
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** UniProt  2016_09
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** RefSeq 78
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dev を最新版に置き換えた時に問題になるスタンザ
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* TBD
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JBrowse の exon/intron をなんとかする

2016年12月14日 (水) 01:58時点における最新版

  • TogoGenome でゲノム弁当の食材が網羅されていなかった件
  • 外部データベースのIDやキーワードからTogoGenomeの遺伝子や生物種に辿りつけない

バイオメディカル応用

  • ヒトの遺伝子・変異解析につながるデータベースシステム整備
  • メディカル系のデータベースのRDF化
  • 変異情報の集積、表示、解析
  • 表現型情報へのリンク

比較ゲノム

  • ヒトを中心に遺伝子とその前後配列単位で種間アラインメント → MBGD, KEGG OC など, vg
  • アミノ酸配列と塩基配列のアラインメント → jPOST, PDBj, DDBJ

エンドポイント

dev を最新版に置き換えた時に問題になるスタンザ

  • TBD

JBrowse の exon/intron をなんとかする

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