BH16.12/Proteome

提供：TogoWiki

• 参加者：守屋、吉沢、田中、河野、高見

jPOST

• Isoform, variant, PTM, ペプチドマッチ 等、配列とアノテーションのRDFでの格納方法
  • DNAと一緒にできるところをやる。vg とか？
    • UniProt の isoform は元配列に対する座標が uniprot:annotation で記述してあるが、ID が書いてないので rdfs:comment 内の名前で対応取る必要がある
    • protein isoform の座標系と peptide マッチの座標系
• 定量データのRDF格納
• jPOST データベースのstanzaを用いたvisualization
  • PTMブラウザ
• jPOST のペプチドマッチからタンパク質推定をする部分の開発
  • （DBに蓄えるのはペプチドの情報だが、大多数のユーザーがまず見たいのはタンパク質なので）
  • pepsearch
    • suffix arrayによってインデキシングしたタンパク質配列DBを作成し、「入力した配列タグ（ペプチド配列）を含むタンパク質配列」を検索するツールを開発した
      • GGRNAのようなもんです
      • もとの配列DBは、例えばUniProtのhuman Fastaファイル
      • 検索はOR検索が可能
  • protein grouping
    • jPOST の再解析から出たペプチド配列のリストから、上記の pepearch を利用して、ペプチドを共有するタンパク質グループを探索し、isoform を考慮して parsimony でタンパク質を推定するスクリプトを書いた

その他

• アノテーションツール
  • TogoTable, KEGG OC RDF等を利用してオーソログの推定とアノテーション情報の取得
  • 配列IDの変換
• コラボ：質量分析データを使っているところ（メタボローム、グライコーム？）との何か
  • メタボローム
    • ピークリストに SPLASH つける
      • 複数のソフトを用いるので、スペクトルにピークリストが複数できる。要対応
    • メタボローム解析をやっているときに「タンパク質のピーク」を（事前に）探知する方法、及びその逆
      • （プロテオームの場合）「DB検索で有意な結果が得られなかったらタンパク質じゃない」と判断するのが一般的だが…
      • 今後定期的に情報交換？
  • グライコーム
    • 糖タンパク質、糖ペプチドを jPOST レポジトリに入れる
      • 糖タンパク質のコンプリートサブミッションに対応したら、（jPOSTがProteomeXchangeの）「糖タンパク質分野の」推奨レポジトリになる
    • 再解析は難しいかも
    • 詳細 15日
• タンパク質絶対定量の比較ツール開発
• アノテーションのバージョンアップと管理を考える