BH16.12/MachineLearning

提供：TogoWiki

特徴ベクトル

• JSTシソーラスのRDFから特徴ベクトルを作成
  • ランダムウォークでタームごとの URI 周辺のグラフパターンを学習
  • ターム毎に特徴ベクトルを生成

• 遺伝子アノテーションの特徴ベクトルを生成
  • UniProtやTogoGenomeのエントリからMeSHを含むリンクを抽出
  • MeSHとJSTのタームの対応を学習

データセット

• JSTシソーラス
  • https://stirdf.jglobal.jst.go.jp/page/lodchallenge_2016.html から利用申請
  • 使いたいトリプル
    • rdfs:seeAlso
    • dct:subject
    • skos:related
    • skos:broader
    • skos:narrower

これにMeSHのRDFを加える？ https://id.nlm.nih.gov/mesh/

• 遺伝子アノテーション
  • TogoGenome
  • DDBJ
  • PDBj

機械学習

• TensorFlow
  • https://www.tensorflow.org/
  • https://cloud.google.com/ml/
• SVM
• Deep Learning