BH16.12/MachineLearning

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** [https://gist.github.com/ktym/99c9c64b568a31f0d2397d71e125e0b0 jst-csv2nt.rb] で jst-mesh.nt を生成 (62MB)
* これにMeSHのRDFを加える? https://id.nlm.nih.gov/mesh/  
* これにMeSHのRDFを加える? https://id.nlm.nih.gov/mesh/  
** MeSH RDF trivia
** MeSH RDF trivia

2016年12月12日 (月) 07:48時点における版

目次

特徴ベクトル

  • JSTシソーラスのRDFから特徴ベクトルを作成
    • ランダムウォークでタームごとの URI 周辺のグラフパターンを学習
    • ターム毎に特徴ベクトルを生成
  • 遺伝子アノテーションの特徴ベクトルを生成
    • UniProtやTogoGenomeのエントリからMeSHを含むリンクを抽出
    • MeSHとJSTのタームの対応を学習

データセット

  • 遺伝子アノテーション
    • TogoGenome
    • DDBJ
    • PDBj

機械学習

参考

個人用ツール