BH16.12/MachineLearning

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* これにMeSHのRDFを加える? https://id.nlm.nih.gov/mesh/  
* これにMeSHのRDFを加える? https://id.nlm.nih.gov/mesh/  
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** MeSH RDF trivia
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*** 最新版のURL http://id.nlm.nih.gov/mesh/D017538
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*** 2016年版のURL http://id.nlm.nih.gov/mesh/2016/D017538 <- "/2016" が余分に入る。
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*** JSTのデータは2016年版で「最新版」の形式のリンクが入っているが、本日(2016/12/12)時点での最新版は2017年版なので、整合性が取れない…要Hack
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* 遺伝子アノテーション
* 遺伝子アノテーション
** TogoGenome
** TogoGenome

2016年12月12日 (月) 07:40時点における版

目次

特徴ベクトル

  • JSTシソーラスのRDFから特徴ベクトルを作成
    • ランダムウォークでタームごとの URI 周辺のグラフパターンを学習
    • ターム毎に特徴ベクトルを生成
  • 遺伝子アノテーションの特徴ベクトルを生成
    • UniProtやTogoGenomeのエントリからMeSHを含むリンクを抽出
    • MeSHとJSTのタームの対応を学習

データセット

  • 遺伝子アノテーション
    • TogoGenome
    • DDBJ
    • PDBj

機械学習

参考

個人用ツール