BH16.12/MachineLearning

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* JSTシソーラス
* JSTシソーラス
** https://stirdf.jglobal.jst.go.jp/page/lodchallenge_2016.html から利用申請
** https://stirdf.jglobal.jst.go.jp/page/lodchallenge_2016.html から利用申請
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** 使いたいトリプル
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*** rdfs:seeAlso
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*** dct:subject
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*** skos:related
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*** skos:broader
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*** skos:narrower
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これにMeSHのRDFを加える? https://id.nlm.nih.gov/mesh/
* 遺伝子アノテーション
* 遺伝子アノテーション
** TogoGenome
** TogoGenome

2016年12月12日 (月) 06:22時点における版

特徴ベクトル

  • JSTシソーラスのRDFから特徴ベクトルを作成
    • ランダムウォークでタームごとの URI 周辺のグラフパターンを学習
    • ターム毎に特徴ベクトルを生成
  • 遺伝子アノテーションの特徴ベクトルを生成
    • UniProtやTogoGenomeのエントリからMeSHを含むリンクを抽出
    • MeSHとJSTのタームの対応を学習

データセット

これにMeSHのRDFを加える? https://id.nlm.nih.gov/mesh/

  • 遺伝子アノテーション
    • TogoGenome
    • DDBJ
    • PDBj

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