BH16.12/MachineLearning

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== 参考 ==
== 参考 ==
* Robert's implementation: https://github.com/bio-ontology-research-group/walking-rdf-and-owl
* Robert's implementation: https://github.com/bio-ontology-research-group/walking-rdf-and-owl
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* DeepWalk:  [https://arxiv.org/abs/1403.6652 paper] and [https://github.com/phanein/deepwalk implementation].

2016年12月13日 (火) 05:59時点における版

JSTシソーラス - MeSH - 遺伝子 - 様々な特徴 を学習して、遺伝子と表現型(病気など)のアノテーション(関係)を見つける機械学習 (AI) をつくる

  • 参加者:金城・片山
  • サポート:渡辺・櫛田

目次

特徴ベクトル

  • JSTシソーラスのRDFから特徴ベクトルを作成
    • ランダムウォークでタームごとの URI 周辺のグラフパターンを学習
    • ターム毎に特徴ベクトルを生成
  • 遺伝子アノテーションの特徴ベクトルを生成
    • UniProtやTogoGenomeのエントリからMeSHを含むリンクを抽出
    • MeSHとJSTのタームの対応を学習

データセット

  • 遺伝子アノテーション
    • TogoGenome, DDBJ, PDBj, UniProt などの RDF から、遺伝子の特徴に関わるトリプルと MeSH へのリンクを収集

機械学習

参考

個人用ツール