BH16.12/LinkDB

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PDBjとDDBJをつなぐ

  • UniProtのidmappingにPDB chain と insd protein_id の対応があるが、少し注意を要する。

いわゆるchain IDには auth_asym_idとlabel_asym_idの2種類がある。

- auth_asym_id -> 伝統的なchain IDで、登録者が勝手に決める。必ずしも A から始まらない。例: 2HKH (抗体) の L (light chain), H (heavy chain) - label_asym_id -> PDB側で統一的に定めたchain ID で必ず A, B, C ... の順で割り振られる。2HKHでは auth_asym_id = L -> label_asym_id = A; auth_asym_id H -> label_asym_id = B になる。

  • auth_asym_id は分子をuniqueに定めない

例えば、ヘモグロビン 1HBB (ヘモグロビン)の場合、アルファ鎖のひとつは auth_asym_id = Aだが、それに結合しているヘム及び水分子もauth_asym_id = Aになる。label_asym_id は A (蛋白質)、E(ヘム)、I(水)となる。

したがって、auth_asym_id ではPDBエントリーの蛋白質分子に固有のURLが定まらない。

  • entity_id

なおPDBには分子の化合物のIDとしてentity_id がある。上記 1HBBの場合、ヘモグロビンのα鎖は2分子含まれており、 label_asym_id = AとCが割り当てられているが、それらのentity_idは共に"1"にである。

http://rdf.wwpdb.org/pdb/1HBB/struct_asym/A

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