BH16.12/LinkDB

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(PDBjとDDBJをつなぐ)
(伝統的chain IDと化合物IDの対応)
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[[http://pdbj.org/mine/sql PDBj Mine SQL]]サービスを使うと対応が取れる。
[[http://pdbj.org/mine/sql PDBj Mine SQL]]サービスを使うと対応が取れる。
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-
SELECT UPPER(pdbid), entity_id,UNNEST(string_to_array(pdbx_strand_id,',')), '.'
+
SELECT UPPER(e.pdbid), e.entity_id, UNNEST(string_to_array(e.pdbx_strand_id,',')) AS auth_asym_id
-
FROM entity_poly
+
FROM entity_poly e
</pre>
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 +
[[http://pdbj.org/mine/sql?query=SELECT+UPPER(e.pdbid)%2C+e.entity_id%2C+UNNEST(string_to_array(e.pdbx_strand_id%2C%27%2C%27))+AS+auth_asym_id%0AFROM+entity_poly+e%0A 結果]]
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(TSVでダウンロードできます。[[http://pdbj.org/help/rest-interface REST API]]もあります。)
label_asym_idとの対応も含めたい場合、
label_asym_idとの対応も含めたい場合、
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JOIN struct_asym a ON a.pdbid = e.pdbid AND a.entity_id = e.entity_id
JOIN struct_asym a ON a.pdbid = e.pdbid AND a.entity_id = e.entity_id
</pre>
</pre>
 +
[[http://pdbj.org/mine/sql?query=SELECT+UPPER(e.pdbid)%2C+e.entity_id%2C+a.id+AS+label_asym_id%2C+UNNEST(string_to_array(e.pdbx_strand_id%2C%27%2C%27))+AS+auth_asym_id%0AFROM+entity_poly+e%0AJOIN+struct_asym+a+ON+a.pdbid+%3D+e.pdbid+AND+a.entity_id+%3D+e.entity_id%0A 結果]]

2016年12月13日 (火) 05:20時点における版

目次

PDBjとDDBJをつなぐ

UniProtのidmappingにPDB chain と insd protein_id の対応があるが、少し注意を要する。

いわゆるchain IDには auth_asym_idとlabel_asym_idの2種類がある。

- auth_asym_id -> 伝統的なchain IDで、登録者が勝手に決める。必ずしも A から始まらない。例: 2HKH (抗体) の L (light chain), H (heavy chain) - label_asym_id -> PDB側で統一的に定めたchain ID で必ず A, B, C ... の順で割り振られる。2HKHでは auth_asym_id = L -> label_asym_id = A; auth_asym_id H -> label_asym_id = B になる。

auth_asym_id は分子をuniqueに定めない

例えば、ヘモグロビン 1HBB (ヘモグロビン)の場合、アルファ鎖のひとつは auth_asym_id = Aだが、それに結合しているヘム及び水分子もauth_asym_id = Aになる。label_asym_id は A (蛋白質)、E(ヘム)、I(水)となる。

したがって、auth_asym_id ではPDBエントリーの蛋白質分子に固有のURLが定まらない。

化合物固有のID entity_id

なおPDBには分子の化合物のIDとしてentity_id がある。上記 1HBBの場合、ヘモグロビンのα鎖は2分子含まれており、 label_asym_id = AとCが割り当てられているが、それらのentity_idは共に"1"にである。

- http://rdf.wwpdb.org/pdb/1HBB/struct_asym/A
- http://rdf.wwpdb.org/pdb/1HBB/struct_asym/C
- http://rdf.wwpdb.org/pdb/1HBB/entity/1

伝統的chain IDと化合物IDの対応

[PDBj Mine SQL]サービスを使うと対応が取れる。

SELECT UPPER(e.pdbid), e.entity_id, UNNEST(string_to_array(e.pdbx_strand_id,',')) AS auth_asym_id
FROM entity_poly e

[結果] (TSVでダウンロードできます。[REST API]もあります。)

label_asym_idとの対応も含めたい場合、

SELECT UPPER(e.pdbid), e.entity_id, a.id AS label_asym_id, UNNEST(string_to_array(e.pdbx_strand_id,',')) AS auth_asym_id
FROM entity_poly e
JOIN struct_asym a ON a.pdbid = e.pdbid AND a.entity_id = e.entity_id

[結果]

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