BH15.15/TrialofDevelopmentOfValueOntology

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2016年3月16日 (水) 17:13時点におけるMasuya (トーク | 投稿記録)による版
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目次

目的

  • 値（定性値、定量値）のRDF記述のガイドラインを作ることを目指して、検討を行う。これができれば、計測値、表現型アノテーション等、科学データ記述の汎用的な枠組みができる。


メンバー

桝屋、川島、古崎


『値』＝尺度水準とは？


スキーマ原案（桝屋）

Schemavalueont1.jpg


オントロジー試作 （桝屋）

Schemavalueont2.png


今回の主な論点：値の違いをクラス示すか、プロパティで示すか

  • 結論：どちらかは行うべき。
  • クラスで示す場合：上記尺度水準の分類のクラス（およびサブクラス）のどれかに分類すべき
  • プロパティで示す場合：：上記尺度水準の分類のプロパティ（およびサブプロパティ）のどれかに分類すべき
  • どちらもしないのは最悪。


その他実際的な問題点

参考：オントロジー的な検討 （桝屋）

染色体の長さ（バージョン依存）の書き方

    • 測定結果というInformational entity: Measurement result xxx of chromosome Aを記述する。下記の例は、Entity, Attribute, Value型の記述（桝屋プロジェクトでの標準の書き方）したもの
    • EAV記述では、性質のインスタンスは記述してもあまり意味がないので、クラスへのリンクとしている（本来OWL2のPunning機能を使う）
    • 測定結果にバージョンへの依存性をかけるので、値のレベルでのバージョン依存性を書く必要があまりない気がする。

Schemavalueont4.jpg


既存の仕事／研究


      • 各概念についてのオントロジー的な説明
      • GenericQuality: モノが持つ性質。生物で言えば「形質」。bfo:Quality、PATO:Qualityとほぼ同義。（なので、名前はQualityで良かったかも。Valueは入らないよという意味でこの名前）インスタンスは、「マウスAの持つ体長」Qualityのクラス階層は、＜重さor長さ＞、＜体長 or 胴囲＞等の区別を受け持つ。ただし、1匹のマウスが成長した場合、10cmも12cmも「マウスAの持つ体長」インスタンスであるため、値が変化したことが記述できない（Mizoguchi 2010)。
      • QualityValue: 値、量。性質の「大きさ」的なものを示す概念。科学における性質記述に必須。具体的な値（"10cm"など）はインスタンス。1mと100cmはsameAsと考えたい（文字列表現ではない）。SameAsの判定は、数と単位とで判定する。値がdependent entity（性質的なもの）なのか、情報モデル的なものなのかは個人的にはよくわからないが、マイナスとか虚数とか、現実世界にマッピングしにくい値も扱えるよう、「数学的モデル」と考えたほうがいいのかもしれない。（YAMATO, DOLCEではdependent entityとなっている）
        • QuantitativeValue: 定量値：数と単位で構成される。Countなど、単位の無い定量値もある。
          • Rational scale 四則演算が可能。普通の定量値
          • Nominal scale 加減演算のみ意味がある。セルシウス度の温度など、特殊な定量値。
        • QualitativeValue定性値：通常テキストで表現される。
          • Ordinal scale value 順番のみで定量性が無い
          • Nominal scale 順番さえない
        • 上記の分類の他に、順序あり／なし、間隔が定量的／定性的、四則演算可能／加減のみ可能という分類もできる（こちらが本質的かもしれない）が、統計計算においては、NominalとOrdinalの扱いがほとんど同じらしいので上記分類とした。
      • Unit: 単位。根本的意味は「単位量」で値の一種と考えられる。
      • Continuant：（性質を持っている）モノ。 (bfo:continuant, sio:object, yamato:continuant)
      • SingletonEAV_styledData: 計測値などのデータとして例2のために作ったクラス。



その他課題／問題点など

  • 実際的な部分：
      • 個々のUnitは本来インスタンスなのに、Unit Ontologyの最下層がクラス＜＝太田さんがUOに対してIssueを上げてくれました。
      • UOにない単位が結構沢山ある。
      • exterm:unitsはプロパティが決まっていないという意味なので、きちんと決めたほうがいい。
  • 哲学的な部分
      • セルシウス温度とケルビン温度、SameAsで結びたいが、両者の尺度は異なる。尺度を跨いだ単位変換ではSameAsしない等、何らかの制限が必要。
      • 数学の勉強が必要。
  • その他
「http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/BH15.15/TrialofDevelopmentOfValueOntology」より作成
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