BH15.15/TrialofDevelopmentOfValueOntology

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2016年3月14日 (月) 12:34時点におけるMasuya (トーク | 投稿記録)による版
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値(定性値、定量値)記述のためのオントロジーを作ってみる(桝屋)


  • 概要

以前Sparqlthonで検討した「単位つき数値」を膨らませて、定量値、定性値の書き方まで、一般的に広くカバーするオントロジーを試作してみる。すでに同じものがあれば必要ないかもしれないが、まず作ってみる。


  • ニーズ
    • 染色体の長さ、物理位置(数値はゲノムバージョンに依存)
    • 実験結果




  • スキーマ/オントロジー

Schemavalueont2.png

Schemavalueont1.jpg

    • Quality: モノが持つ性質。bfo:Qualityと同義。インスタンスは、「マウスAの持つ体長」Qualityのクラス階層は、<体長 or 胴囲>、<長さor 重さ>等の区別を受け持つ。ただし、1匹のマウスが成長した場合、10cmも12cmも「マウスAの持つ体長」インスタンスである。PATOのattribute概念(上位階層)に相当。
    • Value: 値、量。性質の「大きさ」的なものを示している??科学における性質記述に必須。Dependent entity(性質の類:YAMATO, DOLCE)なのか、Informational entity(情報の類)なのか微妙。
      • 定量値:数と単位で構成される。Countなど、単位の無い定量値もある。
        • Rational scale 四則演算が可能
        • Nominal scale 加減演算のみ意味がある。
      • 定性値:通常テキストで表現される
        • Ordinal scale value 順番のみで定量性が無い
        • Nominal scale 順番さえない
      • 上記の分類の他に、順序あり/なし、間隔が定量的/定性的、四則演算可能/加減のみ可能という分類もできる(というかこちらが本質的かもしれない)が、統計計算においては、NominalとOrdinalの扱いがほとんど同じらしいので上記分類とした。


  • 染色体の長さ(バージョン依存)をどのように記述するか
    • 「真の染色体の長さ」は1つと考える。バージョン依存の位置が変わっても不変。(上傷の空白ノードB)
    • その「真の染色体の長さ」に対して、Sequence version xxx 依存の値の体系:Mbp value depend on version xxx が存在すると考える。
    • 問題点:真実の記述になっている。と思う。計測データであることを明示するには、下の方がいいかもしれない。

Schemavalueont3.jpg

  • 染色体の長さ(バージョン依存)の書き方その2
    • 測定結果というInformational entity: Measurement result xxx of chromosome Aを記述する。この場合は、Entity, Attribute, Value型の記述(桝屋プロジェクトでの標準の書き方)を行った。
    • これだと性質のインスタンスは作らなくていい(と勝手に決めた:本来OWL2のPunningを使うべき・・・)

Schemavalueont4.jpg

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