BH15.15/TrialofDevelopmentOfValueOntology

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== スキーマ原案 ==
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== オントロジー試作 ==  
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== オントロジー試作 (桝屋)==  
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*https://filebin.riken.jp/public/qM2wQAPffwvA1M0BZUBTvF190F-SQY9bdSmE1Vl5SfCi  (一時的)
*https://filebin.riken.jp/public/qM2wQAPffwvA1M0BZUBTvF190F-SQY9bdSmE1Vl5SfCi  (一時的)
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== 値の違いをクラス示すか、プロパティで示すか ==
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==今回の主な論点:値の違いをクラス示すか、プロパティで示すか ==
* 結論:どちらかは行うべき。
* 結論:どちらかは行うべき。
* クラスで示す場合:上記尺度水準の分類のクラス(およびサブクラス)のどれかに分類すべき
* クラスで示す場合:上記尺度水準の分類のクラス(およびサブクラス)のどれかに分類すべき

2016年3月16日 (水) 17:13時点における版

目次

目的

  • 値(定性値、定量値)のRDF記述のガイドラインを作ることを目指して、検討を行う。これができれば、計測値、表現型アノテーション等、科学データ記述の汎用的な枠組みができる。


メンバー

桝屋、川島、古崎


『値』=尺度水準とは?


スキーマ原案(桝屋)

Schemavalueont1.jpg


オントロジー試作 (桝屋)

Schemavalueont2.png


今回の主な論点:値の違いをクラス示すか、プロパティで示すか

  • 結論:どちらかは行うべき。
  • クラスで示す場合:上記尺度水準の分類のクラス(およびサブクラス)のどれかに分類すべき
  • プロパティで示す場合::上記尺度水準の分類のプロパティ(およびサブプロパティ)のどれかに分類すべき
  • どちらもしないのは最悪。


その他実際的な問題点

参考:オントロジー的な検討 (桝屋)

染色体の長さ(バージョン依存)の書き方

    • 測定結果というInformational entity: Measurement result xxx of chromosome Aを記述する。下記の例は、Entity, Attribute, Value型の記述(桝屋プロジェクトでの標準の書き方)したもの
    • EAV記述では、性質のインスタンスは記述してもあまり意味がないので、クラスへのリンクとしている(本来OWL2のPunning機能を使う)
    • 測定結果にバージョンへの依存性をかけるので、値のレベルでのバージョン依存性を書く必要があまりない気がする。

Schemavalueont4.jpg


既存の仕事/研究


      • 各概念についてのオントロジー的な説明
      • GenericQuality: モノが持つ性質。生物で言えば「形質」。bfo:Quality、PATO:Qualityとほぼ同義。(なので、名前はQualityで良かったかも。Valueは入らないよという意味でこの名前)インスタンスは、「マウスAの持つ体長」Qualityのクラス階層は、<重さor長さ>、<体長 or 胴囲>等の区別を受け持つ。ただし、1匹のマウスが成長した場合、10cmも12cmも「マウスAの持つ体長」インスタンスであるため、値が変化したことが記述できない(Mizoguchi 2010)。
      • QualityValue: 値、量。性質の「大きさ」的なものを示す概念。科学における性質記述に必須。具体的な値("10cm"など)はインスタンス。1mと100cmはsameAsと考えたい(文字列表現ではない)。SameAsの判定は、数と単位とで判定する。値がdependent entity(性質的なもの)なのか、情報モデル的なものなのかは個人的にはよくわからないが、マイナスとか虚数とか、現実世界にマッピングしにくい値も扱えるよう、「数学的モデル」と考えたほうがいいのかもしれない。(YAMATO, DOLCEではdependent entityとなっている)
        • QuantitativeValue: 定量値:数と単位で構成される。Countなど、単位の無い定量値もある。
          • Rational scale 四則演算が可能。普通の定量値
          • Nominal scale 加減演算のみ意味がある。セルシウス度の温度など、特殊な定量値。
        • QualitativeValue定性値:通常テキストで表現される。
          • Ordinal scale value 順番のみで定量性が無い
          • Nominal scale 順番さえない
        • 上記の分類の他に、順序あり/なし、間隔が定量的/定性的、四則演算可能/加減のみ可能という分類もできる(こちらが本質的かもしれない)が、統計計算においては、NominalとOrdinalの扱いがほとんど同じらしいので上記分類とした。
      • Unit: 単位。根本的意味は「単位量」で値の一種と考えられる。
      • Continuant:(性質を持っている)モノ。 (bfo:continuant, sio:object, yamato:continuant)
      • SingletonEAV_styledData: 計測値などのデータとして例2のために作ったクラス。



その他課題/問題点など

  • 実際的な部分:
      • 個々のUnitは本来インスタンスなのに、Unit Ontologyの最下層がクラス<=太田さんがUOに対してIssueを上げてくれました。
      • UOにない単位が結構沢山ある。
      • exterm:unitsはプロパティが決まっていないという意味なので、きちんと決めたほうがいい。
  • 哲学的な部分
      • セルシウス温度とケルビン温度、SameAsで結びたいが、両者の尺度は異なる。尺度を跨いだ単位変換ではSameAsしない等、何らかの制限が必要。
      • 数学の勉強が必要。
  • その他
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