BH15.15/TrialofDevelopmentOfValueOntology

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== ニーズ ==  
== ニーズ ==  
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**そもそもニーズをちゃんと理解できていないところがあるが・・・潜在的に大きいはず。
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*そもそもニーズをちゃんと理解できていないところがあるが・・・潜在的に大きいはず。
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**染色体の長さ、物理位置の記述(数値はゲノムバージョンに依存)
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*染色体の長さ、物理位置の記述(数値はゲノムバージョンに依存)
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**実験結果の記述等
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*実験結果の記述等
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**「量」の記述全般
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*「量」の記述全般
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**「使える」ガイドラインまでうまく落とし込むことがニーズ?
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*「使える」ガイドラインまでうまく落とし込むことがニーズ?
== 既存の仕事/研究==  
== 既存の仕事/研究==  
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**基本的に「性質」の記述の範疇に入ると思われる
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*基本的に「性質」の記述の範疇に入ると思われる
**OBI: BFOに準拠。最近BFO2.0で値の記述に対応したかもしれない。
**OBI: BFOに準拠。最近BFO2.0で値の記述に対応したかもしれない。
***OBI, BFO2がbioportalで見れない(2016.3.16)
***OBI, BFO2がbioportalで見れない(2016.3.16)
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***性質と値を分離(DOLCEと同じ)かつ、性質と値を含んだ「特性」を定義
***性質と値を分離(DOLCEと同じ)かつ、性質と値を含んだ「特性」を定義
***Mizoguchi 2010 (http://download.hozo.jp/onto_library/YAMATO101216.pdf ) にて、様々な性質関連概念をまとめてある
***Mizoguchi 2010 (http://download.hozo.jp/onto_library/YAMATO101216.pdf ) にて、様々な性質関連概念をまとめてある
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**SIO(https://code.google.com/archive/p/semanticscience/wikis/SIO.wiki)
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*SIO(https://code.google.com/archive/p/semanticscience/wikis/SIO.wiki)
***qualityの下位に定性値、numberの下位にmeasurement valueがある。
***qualityの下位に定性値、numberの下位にmeasurement valueがある。
**RDFガイドライン:単位つき数値の書き方(http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDFizingDatabaseGuideline#.E5.8D.98.E4.BD.8D.E3.81.AE.E3.81.A4.E3.81.84.E3.81.9F.E5.80.A4.E3.81.AE.E8.A8.98.E8.BF.B0.E6.96.B9.E6.B3.95    )
**RDFガイドライン:単位つき数値の書き方(http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDFizingDatabaseGuideline#.E5.8D.98.E4.BD.8D.E3.81.AE.E3.81.A4.E3.81.84.E3.81.9F.E5.80.A4.E3.81.AE.E8.A8.98.E8.BF.B0.E6.96.B9.E6.B3.95    )
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== コンセプト(どんなオントロジーにしたいか)==  
== コンセプト(どんなオントロジーにしたいか)==  
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**RDFガイドラインの数値記述の項を満たしながら、定性値の記述にも対応する。
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*RDFガイドラインの数値記述の項を満たしながら、定性値の記述にも対応する。
***『値』は数学的に性質を扱う科学に不可欠な基盤=び、尺度水準(https://www.google.com/search?client=safari&rls=en&q=%E5%B0%BA%E5%BA%A6%E6%B0%B4%E6%BA%96&ie=UTF-8&oe=UTF-8 )と捉えて、定量値/定性値を一般的に扱える。
***『値』は数学的に性質を扱う科学に不可欠な基盤=び、尺度水準(https://www.google.com/search?client=safari&rls=en&q=%E5%B0%BA%E5%BA%A6%E6%B0%B4%E6%BA%96&ie=UTF-8&oe=UTF-8 )と捉えて、定量値/定性値を一般的に扱える。
***そのために性質のインスタンスと、値を分離して考える
***そのために性質のインスタンスと、値を分離して考える
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== オントロジー試作 ==  
== オントロジー試作 ==  
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** https://filebin.riken.jp/public/qM2wQAPffwvA1M0BZUBTvF190F-SQY9bdSmE1Vl5SfCi  (一時的)
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*https://filebin.riken.jp/public/qM2wQAPffwvA1M0BZUBTvF190F-SQY9bdSmE1Vl5SfCi  (一時的)
** とりあえずオレオレのクラスとプロパティのrenge, domainで作ったもの
** とりあえずオレオレのクラスとプロパティのrenge, domainで作ったもの
***課題
***課題
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== このオントロジーがどう貢献しうるか ==  
== このオントロジーがどう貢献しうるか ==  
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**より体系的/一般的な考え方は示している。
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*より体系的/一般的な考え方は示している。
**バージョン依存的な書き方に一般的な指針を示せているのかどうか。
**バージョン依存的な書き方に一般的な指針を示せているのかどうか。
**とりあえずガイドラインで用は成している?
**とりあえずガイドラインで用は成している?
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== その他課題/問題点など ==  
== その他課題/問題点など ==  
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**実際的な部分:
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*実際的な部分:
***個々のUnitは本来インスタンスなのに、Unit Ontologyの最下層がクラス<=太田さんがUOに対してIssueを上げてくれました。
***個々のUnitは本来インスタンスなのに、Unit Ontologyの最下層がクラス<=太田さんがUOに対してIssueを上げてくれました。
***UOにない単位が結構沢山ある。
***UOにない単位が結構沢山ある。
***exterm:unitsはプロパティが決まっていないという意味なので、きちんと決めたほうがいい。
***exterm:unitsはプロパティが決まっていないという意味なので、きちんと決めたほうがいい。
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**哲学的な部分
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*哲学的な部分
***セルシウス温度とケルビン温度、SameAsで結びたいが、両者の尺度は異なる。尺度を跨いだ単位変換ではSameAsしない等、何らかの制限が必要。
***セルシウス温度とケルビン温度、SameAsで結びたいが、両者の尺度は異なる。尺度を跨いだ単位変換ではSameAsしない等、何らかの制限が必要。
***数学の勉強が必要。
***数学の勉強が必要。
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**その他
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*その他
***順序尺度(Ordinal scale value )間の相互運用性を、ロール概念を駆使して記述可能(Masuya et. al. 2011: http://slidegur.com/doc/5749103/presentation )
***順序尺度(Ordinal scale value )間の相互運用性を、ロール概念を駆使して記述可能(Masuya et. al. 2011: http://slidegur.com/doc/5749103/presentation )

2016年3月16日 (水) 08:33時点における版

値(定性値、定量値)記述のためのオントロジーを考えてみる(桝屋)


目次

概要

RDFガイドラインの「単位つき数値」を膨らませて、定量値、定性値の書き方まで、一般的に広くカバーするオントロジーを改めて考えてみて、このコミュニティ(TPP、RDFでデータを書きたい人たち)で共通的に使えるような方向性を考える。


ニーズ

  • そもそもニーズをちゃんと理解できていないところがあるが・・・潜在的に大きいはず。
  • 染色体の長さ、物理位置の記述(数値はゲノムバージョンに依存)
  • 実験結果の記述等
  • 「量」の記述全般
  • 「使える」ガイドラインまでうまく落とし込むことがニーズ?


既存の仕事/研究


コンセプト(どんなオントロジーにしたいか)

  • RDFガイドラインの数値記述の項を満たしながら、定性値の記述にも対応する。


      • 概念階層はこんな感じ(ラフ)

Schemavalueont2.png

      • 各概念についてのオントロジー的な説明
      • GenericQuality: モノが持つ性質。生物で言えば「形質」。bfo:Quality、PATO:Qualityとほぼ同義。(なので、名前はQualityで良かったかも。Valueは入らないよという意味でこの名前)インスタンスは、「マウスAの持つ体長」Qualityのクラス階層は、<重さor長さ>、<体長 or 胴囲>等の区別を受け持つ。ただし、1匹のマウスが成長した場合、10cmも12cmも「マウスAの持つ体長」インスタンスであるため、値が変化したことが記述できない(Mizoguchi 2010)。
      • QualityValue: 値、量。性質の「大きさ」的なものを示す概念。科学における性質記述に必須。具体的な値("10cm"など)はインスタンス。1mと100cmはsameAsと考えたい(文字列表現ではない)。SameAsの判定は、数と単位とで判定する。値がdependent entity(性質的なもの)なのか、情報モデル的なものなのかは個人的にはよくわからないが、マイナスとか虚数とか、現実世界にマッピングしにくい値も扱えるよう、「数学的モデル」と考えたほうがいいのかもしれない。(YAMATO, DOLCEではdependent entityとなっている)
        • QuantitativeValue: 定量値:数と単位で構成される。Countなど、単位の無い定量値もある。
          • Rational scale 四則演算が可能。普通の定量値
          • Nominal scale 加減演算のみ意味がある。セルシウス度の温度など、特殊な定量値。
        • QualitativeValue定性値:通常テキストで表現される。
          • Ordinal scale value 順番のみで定量性が無い
          • Nominal scale 順番さえない
        • 上記の分類の他に、順序あり/なし、間隔が定量的/定性的、四則演算可能/加減のみ可能という分類もできる(こちらが本質的かもしれない)が、統計計算においては、NominalとOrdinalの扱いがほとんど同じらしいので上記分類とした。
      • Unit: 単位。根本的意味は「単位量」で値の一種と考えられる。
      • Continuant:(性質を持っている)モノ。 (bfo:continuant, sio:object, yamato:continuant)
      • SingletonEAV_styledData: 計測値などのデータとして例2のために作ったクラス。
    • 概念間のリンクはこんな感じ

Schemavalueont1.jpg


オントロジー試作



例1 

  • 染色体の長さ(バージョン依存)をどのように記述するか
    • 「真の染色体の長さ」は1つと考える。バージョン依存の位置が変わっても不変。(図の空白ノードB)
    • その「真の染色体の長さ」に対して、Sequence version xxx 依存の値の体系:Mbp value depend on version xxx が存在すると考える。
    • 問題点1:真実の記述になっている。と思う。計測データであることを明示するには、下の方がいいかもしれない。
    • 問題点2: 数値と単位だけでは同等性の判断はできず、クラスの参照も必要。(特に問題とはならないかも)

Schemavalueont3.jpg

例2

  • 染色体の長さ(バージョン依存)の書き方
    • 測定結果というInformational entity: Measurement result xxx of chromosome Aを記述する。下記の例は、Entity, Attribute, Value型の記述(桝屋プロジェクトでの標準の書き方)したもの
    • EAV記述では、性質のインスタンスは記述してもあまり意味がないので、クラスへのリンクとしている(本来OWL2のPunning機能を使う)
    • 測定結果にバージョンへの依存性をかけるので、値のレベルでのバージョン依存性を書く必要があまりない気がする。

Schemavalueont4.jpg


このオントロジーがどう貢献しうるか

  • より体系的/一般的な考え方は示している。
    • バージョン依存的な書き方に一般的な指針を示せているのかどうか。
    • とりあえずガイドラインで用は成している?


その他課題/問題点など

  • 実際的な部分:
      • 個々のUnitは本来インスタンスなのに、Unit Ontologyの最下層がクラス<=太田さんがUOに対してIssueを上げてくれました。
      • UOにない単位が結構沢山ある。
      • exterm:unitsはプロパティが決まっていないという意味なので、きちんと決めたほうがいい。
  • 哲学的な部分
      • セルシウス温度とケルビン温度、SameAsで結びたいが、両者の尺度は異なる。尺度を跨いだ単位変換ではSameAsしない等、何らかの制限が必要。
      • 数学の勉強が必要。
  • その他
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