BH15.15/TrialofDevelopmentOfValueOntology

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2016年3月14日 (月) 11:59時点における版

値（定性値、定量値）記述のためのオントロジーを作ってみる（桝屋）

• 概要

以前Sparqlthonで検討した「単位つき数値」を膨らませて、定量値、定性値の書き方まで、一般的に広くカバーするオントロジーを試作してみる。すでに同じものがあれば必要ないかもしれないが、まず作ってみる。

• ニーズ
  • 染色体の長さ、物理位置（数値はゲノムバージョンに依存）
  • 実験結果

• 既存の仕事／研究
  • 基本的に「性質」の記述の範疇に入ると思われる
  • OBI: BFOに準拠。最近BFO2.0で値の記述に対応したかもしれない。
  • YAMATO（http://download.hozo.jp/onto_library/upperOnto.htm）
    • 性質と値を分離（DOLCEと同じ）かつ、性質と値を含んだ「特性」を定義
    • http://download.hozo.jp/onto_library/YAMATO101216.pdf　にて、様々な性質関連概念をまとめてある
  • RDFガイドライン：単位つき数値の書き方（➢ http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDFizingDatabaseGuideline#.E5.8D.98.E4.BD.8D.E3.81.AE.E3.81.A4.E3.81.84.E3.81.9F.E5.80.A4.E3.81.AE.E8.A8.98.E8.BF.B0.E6.96.B9.E6.B3.95）

• コンセプト
  • RDFガイドラインの数値記述の項を包含する数値／値記述のオントロジーとする
  • 数値／値の分類に、定量値／定性値、および、尺度水準（https://www.google.com/search?client=safari&rls=en&q=%E5%B0%BA%E5%BA%A6%E6%B0%B4%E6%BA%96&ie=UTF-8&oe=UTF-8 ）を入れ込む。つまり、数学・統計学的に、数値や値を扱う一般的オントロジーとする
    • 性質のインスタンスと、値を分離する
    • 値と性質のリンクも考える

• スキーマ／オントロジー
  • Quality: モノが持つ性質。bfo:Qualityと同義。インスタンスは、「マウスAの持つ体長」Qualityのクラス階層は、＜体長 or 胴囲＞、＜長さor 重さ＞等の区別を受け持つ。ただし、1匹のマウスが成長した場合、10cmも12cmも「マウスAの持つ体長」インスタンスである。PATOのattribute概念（上位階層）に相当。
  • Value: 値、量。性質の「大きさ」的なものを示している？？科学における性質記述に必須。Dependent entity（性質の類：YAMATO, DOLCE）なのか、Informational entity（情報の類）なのか微妙。
    • 定量値：数と単位で構成される。Countなど、単位の無い定量値もある。
      • Rational scale 四則演算が可能
      • Nominal scale 加減演算のみ意味がある。
    • 定性値：通常テキストで表現される
      • Ordinal scale value 順番のみで定量性が無い
      • Nominal scale 順番さえない
    • 上記の分類の他に、順序あり／なし、間隔が定量的／定性的、四則演算可能／加減のみ可能という分類もできる（というかこちらが本質的かもしれない）が、統計計算においては、NominalとOrdinalの扱いがほとんど同じらしいので上記分類とした。