BH15.15/TrialofDevelopmentOfValueOntology
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**Quality: モノが持つ性質。bfo:Qualityと同義。インスタンスは、「マウスAの持つ体長」Qualityのクラス階層は、<体長 or 胴囲>、<長さor 重さ>等の区別を受け持つ。ただし、1匹のマウスが成長した場合、10cmも12cmも「マウスAの持つ体長」インスタンスである。PATOのattribute概念(上位階層)に相当。 | **Quality: モノが持つ性質。bfo:Qualityと同義。インスタンスは、「マウスAの持つ体長」Qualityのクラス階層は、<体長 or 胴囲>、<長さor 重さ>等の区別を受け持つ。ただし、1匹のマウスが成長した場合、10cmも12cmも「マウスAの持つ体長」インスタンスである。PATOのattribute概念(上位階層)に相当。 | ||
**Value: 値、量。性質の「大きさ」的なものを示している??科学における性質記述に必須。Dependent entity(性質の類:YAMATO, DOLCE)なのか、Informational entity(情報の類)なのか微妙。 | **Value: 値、量。性質の「大きさ」的なものを示している??科学における性質記述に必須。Dependent entity(性質の類:YAMATO, DOLCE)なのか、Informational entity(情報の類)なのか微妙。 |
2016年3月14日 (月) 12:10時点における版
値(定性値、定量値)記述のためのオントロジーを作ってみる(桝屋)
- 概要
以前Sparqlthonで検討した「単位つき数値」を膨らませて、定量値、定性値の書き方まで、一般的に広くカバーするオントロジーを試作してみる。すでに同じものがあれば必要ないかもしれないが、まず作ってみる。
- ニーズ
- 染色体の長さ、物理位置(数値はゲノムバージョンに依存)
- 実験結果
- 既存の仕事/研究
- 基本的に「性質」の記述の範疇に入ると思われる
- OBI: BFOに準拠。最近BFO2.0で値の記述に対応したかもしれない。
- YAMATO(http://download.hozo.jp/onto_library/upperOnto.htm)
- 性質と値を分離(DOLCEと同じ)かつ、性質と値を含んだ「特性」を定義
- http://download.hozo.jp/onto_library/YAMATO101216.pdf にて、様々な性質関連概念をまとめてある
- RDFガイドライン:単位つき数値の書き方(➢ http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDFizingDatabaseGuideline#.E5.8D.98.E4.BD.8D.E3.81.AE.E3.81.A4.E3.81.84.E3.81.9F.E5.80.A4.E3.81.AE.E8.A8.98.E8.BF.B0.E6.96.B9.E6.B3.95)
- コンセプト
- RDFガイドラインの数値記述の項を包含する数値/値記述のオントロジーとする
- 数値/値の分類に、定量値/定性値、および、尺度水準(https://www.google.com/search?client=safari&rls=en&q=%E5%B0%BA%E5%BA%A6%E6%B0%B4%E6%BA%96&ie=UTF-8&oe=UTF-8 )を入れ込む。つまり、数学・統計学的に、数値や値を扱う一般的オントロジーとする
- 性質のインスタンスと、値を分離する
- 値と性質のリンクも考える
- スキーマ/オントロジー
- Quality: モノが持つ性質。bfo:Qualityと同義。インスタンスは、「マウスAの持つ体長」Qualityのクラス階層は、<体長 or 胴囲>、<長さor 重さ>等の区別を受け持つ。ただし、1匹のマウスが成長した場合、10cmも12cmも「マウスAの持つ体長」インスタンスである。PATOのattribute概念(上位階層)に相当。
- Value: 値、量。性質の「大きさ」的なものを示している??科学における性質記述に必須。Dependent entity(性質の類:YAMATO, DOLCE)なのか、Informational entity(情報の類)なのか微妙。
- 定量値:数と単位で構成される。Countなど、単位の無い定量値もある。
- Rational scale 四則演算が可能
- Nominal scale 加減演算のみ意味がある。
- 定性値:通常テキストで表現される
- Ordinal scale value 順番のみで定量性が無い
- Nominal scale 順番さえない
- 上記の分類の他に、順序あり/なし、間隔が定量的/定性的、四則演算可能/加減のみ可能という分類もできる(というかこちらが本質的かもしれない)が、統計計算においては、NominalとOrdinalの扱いがほとんど同じらしいので上記分類とした。
- 定量値:数と単位で構成される。Countなど、単位の無い定量値もある。
- 染色体の長さ(バージョン依存)をどのように記述するか
- 「真の染色体の長さ」は1つと考える。バージョン依存の位置が変わっても不変。(上傷の空白ノードB)
- その「真の染色体の長さ」に対して、Sequence version xxx 依存の値の体系:Mbp value depend on version xxx が存在すると考える。
- 問題点:真実の記述になっている。と思う。計測データであることを明示するには、下の方がいいかもしれない。
- 染色体の長さ(バージョン依存の書き方その2
- 測定結果というInformational entity: Measurement result xxx of chromosome Aを記述する。この場合は、Entity, Attribute, Value型の記述(桝屋プロジェクトでの標準の書き方)を行った。