BH15.15

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* 課題出しページ http://tinyurl.com/bh15-15-note
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* [[BH15.15/MicrobialCultureCollectionRDF]]
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* [[BH15.15/PDB_UniProt]]
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* [[BH15.15/CancerGenome]]
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* [[BH15.15/multiomics]]
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* [[BH15.15/PlantMetabolomics]]
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* [https://docs.google.com/document/d/19Ke5nQInbt-z-AiXcWF19smUGatFfmE5ADPHVRRWs0E/edit?usp=sharing BH15.15-DDBJ]
* [https://docs.google.com/document/d/19Ke5nQInbt-z-AiXcWF19smUGatFfmE5ADPHVRRWs0E/edit?usp=sharing BH15.15-DDBJ]
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* [[BH12.12/SPARQL11test]]
=== 総合討論 ===
=== 総合討論 ===

2016年3月17日 (木) 01:06時点における版

BH1515.png

国内版バイオハッカソン BH15.15

目次

開催概要

2016年3月14日から17日 (2015年15月14日〜17日)にかけて、金沢市にて国内のライフサイエンスデータベースの構築者と利用者向けの技術勉強会として、第6回 国内版バイオハッカソン BH15.15 を開催いたします。

今回は、オープンバイオ研究会人工知能学会 分子生物情報研究会 (SIG-MBI)、情報処理学会 バイオ情報学研究会 (SIG BIO) との連続開催となります。これらの研究会へもぜひ併せてご参加ください。

【お願い#1】 オープンバイオ研究会では、例年、参加者全員に4コマプレゼンでのご発表をお願いしています。 今回はハッカソンの成果報告会と重なりますので全員というわけにはいかないかと思いますが、 バイオハッカソンの活動内容とは別に、最近の研究・開発ネタ、伝えたい事がある方は、 ぜひスライド4枚でのご発表(5分程度)をお願いいたします。

【お願い#2】 延泊して分子生物情報研究会 SIG-MBI にご参加の方、発表件数をもう少し増やしたいという ことでしたのでぜひご講演をご検討下さい。ご発表頂ける方は、とりいそぎ主催の金沢大学 佐藤先生 (ken@t.kanazawa-u.ac.jp) までご連絡頂ければと思います。

開催趣旨

DBCLS では、ライフサイエンスのデータベース統合についての技術開発を支援・最新技術の情報共有・実務者間での交流を促進するため、これまで8回の国際版 BioHackathon と5回の国内版バイオハッカソン BH10.10, BH11.11, BH12.12, BH13.13 BH14.14 を開催してまいりました。NBDC統合化推進プログラムに参画されている各機関においても様々なデータベースを構築してきて頂いています。その成果の一部は、SPARQLthon などを通じてセマンティック・ウェブに対応した RDF 形式によって統合され、今年度 NBDC RDF Portal からリリースされています。また、海外においても UniProt や BioModels, BioSamples, ChEMBL, Expression Atlas, Reactome などの各種データベースが EBI RDF Platform から、Ensembl も リリース83 から RDF でのデータ提供が行われており、NCBI からも PubChem などの RDF が提供されるようになってきています。これらの RDF データは既存のものに比べて分野横断的な統合が容易になっていますが、今後より多くのデータを統合し、アプリケーション開発などによってその活用を推進していくためには、さらなる情報共有と技術開発を継続する必要があると考えられます。

一方、バイオインフォマティクスにおけるデータベースの利活用は目的も手法も多岐にわたります。このため、国内版バイオハッカソンのテーマについては上記に挙げられた DBCLS や NBDC の統合化推進プログラムで進められているセマンティック・ウェブによるデータベース統合に限らず、国内の生命情報学系の研究者間で共にディスカッションやソフトウェア開発が促進できるものであれば全て国内版バイオハッカソンのスコープに入ると考えられます。また、民間の方からもぜひ、公共データの社内での活用や情報統合の課題、産学連携で開発・利用できそうな研究課題やソフトウェア技術など、バイオ寄りからインフォ寄りまで議論のネタを自由に持ち込んで頂ければと思います。

国内版バイオハッカソンは、これからのライフサイエンスを支える技術開発に興味のある方々に自由にご参加いただき、活発な議論と開発を進めて頂くインキュベーションの場となればと考えています。

参加申し込み

ハッカソンの参加費は無料ですが、宿泊の申し込みがない方も下記のページから参加登録をお願いいたします。

質問事項等ありましたら、オーガナイザー bh15.15@biohackathon.org 宛にご相談下さい。

注意事項:

  • ハッカソンは開催趣旨から、原則的に全日程のご参加をお願いしておりますが、難しい場合は参加可能な日程をご登録下さい。
  • 航空券などは各自で手配してください。参加登録の際に、会場となる金沢ニューグランドホテルの宿泊を先着順でご案内いたします。
    • 2016/3/1 参加登録は引き続き受け付けますが、宿泊予約は締めきりました。なおこれまで宿泊を希望された方のご予約は全て取れています。
  • ソフトウェア開発用機材の貸出はありませんので、各自無線LANが利用可能なノートPCなどをご持参ください。

プログラム

2016年3月14〜17日が国内版バイオハッカソンとなります。引き続き、17日の第20回オープンバイオ研究会、18日の第60回 人工知能学会 分子生物情報研究会 (SIG-MBI)、19日の第45回 情報処理学会 バイオ情報学研究会 (SIG BIO) と連続開催となりますので、ぜひ併せてご参加ください。これらへの参加登録方法や宿泊予約については各研究会のページをご参照ください。

  • 3/13 (日)
    • 現地着、会場設営(オーガナイザーのみ)
  • 3/14 (月)
    • 9:30-10:00 受付
    • 10:00-12:00 課題出しのためのブリーフィング
    • 13:00-18:00 ディスカッションとソフトウェア開発 (ハッカソン)
  • 3/15 (火)
    • 10:00-18:00 ハッカソン
  • 3/16 (水)
    • 10:00-18:00 ハッカソン (会場撤去)
  • 3/17 (木)
    • 8:30-9:30 送迎バスで北陸先端科学技術大学院大学に移動
    • 10:00-16:00 ハッカソン成果報告会 / オープンバイオ研究会
    • 16:00-17:00 オープンサイエンスアワード
    • 17:00-18:00 解散 / まつさきへ移動 (宿泊)
    • 17:30 北陸先端科学技術大学院大学から金沢駅行き送迎バス
  • 3/18 (金)
    • 10:00-17:00 SIG-MBI / SIG BIO
    • 17:00-18:00 解散 / まつさきへ移動 (宿泊)
  • 3/19 (土)
    • 10:00-17:00 SIG BIO

なお、国内版バイオハッカソンの最終日、17日の北陸先端科学技術大学院大学・小松空港・金沢駅への送迎はバスをご用意する予定です。詳細は BH15.15送迎バスについて をご参照下さい。 また、17 日のハッカソン成果報告会とオープンバイオ研究会の時間配分、18 日の SIG-MBI と SIG BIO の時間配分は発表件数によって調整しますので未定となっています。ご不便をお掛けしますがご了承下さい。

主なテーマ

会期中に検討するテーマです。自由に追記・編集して頂ければと思います。リンク先のページを作るときは「BH15.15/ページ名」としてください。

総合討論

統合化推進プログラムのデータベース、NBDC RDF ポータル、海外の RDF データリソースを利用して今後どのような成果を出していくのが良いか、どのような研究・論文を出していけるようになるか検討する。そのためには RDF 化にあたってどこまでを分野を超えて標準化しどこからはドメインごとに任せるのか、どのように共通するデータをモデル化すればよいか、共通に使うオントロジーをどのように開発していけばよいか、といったポリシーを検討・共有したい。セマンティック・ウェブやオントロジーはともすれば理想論になりがちだが、実際にデータを利活用することを想定してプラクティカルな議論としたい。

その他

メーリングリストのご案内

開催に関するご案内や参加者間での議論を行っています。ぜひご登録下さい。

国際版 BioHackathon のご案内

毎年1回、海外のデータベース・バイオインフォマティクスの研究者・開発者を迎えて国際版の BIoHackathon を開催しています。

また、国際版の BioHackathon 等に関するご案内や議論は下記のメーリングリストで行っております。こちらもぜひご登録ください。

SPARQLthon のご案内

バイオハッカソンの他に、生命情報科学におけるセマンティック・ウェブ技術の利用を促進するため、毎月 SPARQLthon という勉強会を開催しています。ぜひご参加下さい。

オープンバイオ研究会

国内のバイオインフォマティクスに関するオープンソース・ソフトウェアを開発している方々を中心として、現在とこれからの課題を議論する研究会です。今回は国内版バイオハッカソンと連続開催となります。ぜひご参加下さい。

SIG-MBI

人工知能学会の分科会である、分子生物情報研究会です。今回は国内版バイオハッカソンと連続開催となります。

SIG BIO

情報処理学会の分科会である、バイオ情報学研究会です。今回は国内版バイオハッカソンと連続開催となります。

オーガナイザー

  • DBCLS: 守屋, 時松, 金, 河野, 山口, 山本, 川島, 片山
  • 金沢大学: 佐藤
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