BH14.14/genomeRDF/PhenotypeAnalysis

提供:TogoWiki

2015年2月4日 (水) 16:24時点におけるHaruo (トーク | 投稿記録)による版
移動: 案内, 検索
  • 川島さんから提供された、MPO (Microbial Phenotype Ontology)のファイルと、GOLDから作ったTaxID と MPO の関係RDFを用いて、原核生物の至適増殖温度とコドン使用の関係を調べた。
  • G-language System (http://www.g-language.org)を用いて、Correspondence analysis (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18940873) を実行し、細菌ゲノム間の同義コドン使用の変動を解析した。
  • 同義コドン使用パターンは、(超)好熱性菌と、常温菌と、(低温・熱)耐性菌との間で異なることが確認された。常温菌の中には、(超)好熱性菌と類似の同義コドン使用パターンを示すもの(外れ値)が存在した。
  • 先行研究 [Lobry JR, Necşulea A. (2006) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16989961; Lynn DJ et al. (2002) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12364606] では、(超)好熱性菌と他の細菌との間で同義コドン(特にアルギニンをコードするAGG, AGA, CGT)使用パターンが異なることを報告している。
  • (大腸菌や枯草菌など)増殖の速い細菌では(リボソームタンパク質など)構成的に発現量の高い遺伝子が、細胞内の最大量tRNAに解読されるコドンを好むことが報告されている。
個人用ツール