BH14.14/compound
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目次 |
化合物関連情報のRDF化
- メンバー: 櫻井、山田、時松、福島、西田、櫛田
- サテライト参加:小寺、木村、三橋、新町
精密質量MSのピークアノテーション(櫻井)
- 精密質量MSのピークアノテーションにおける、イオン化状態(アダクト)の判定アルゴリズムを完成させる
糖鎖構造のRDF化とSPARQL(山田、新町)
国際糖鎖構造リポジトリGlyTouCanにおいて現在利用している検索ツールは、GlcNAcを検索する場合でもGlcを含んで検索してしまう問題がある。この問題を糖鎖線形表記(WURCS)をRDF化したWURCS-RDFとSPARQLで構造検索を実現したい。 (参考SPARQLthon/glycan/wurcsRDF)
- 糖鎖構造のRDF化(山田)
- WURCS to WURCS-RDF修正: 糖鎖構造の線形文字列表記(WURCS)を、WURCS-RDF形式へ変換するツールの改良
- 糖鎖構造検索
テスト糖鎖のWURCS ID1 WURCS=2.0/2,3,2/[11122h-1b_1-5][21122h-1a_1-5]/1-2-2/a3-b1_a6-c1 ID2 WURCS=2.0/2,2,1/[11122h-1b_1-5][21122h-1a_1-5]/1-2/a3-b1 ID3 WURCS=2.0/2,2,1/[11122h-1b_1-5][21122h-1a_1-5]/1-2/a6-b1 ID4 WURCS=2.0/2,2,1/[11122h-1b_1-5][21122h-1a_1-5]/1-2/b1-a3|a6 ID5 WURCS=2.0/2,2,1/[11122h-1b_1-5][21122h-1a_1-5]/1-2/b1-a4|a6 ID6 WURCS=2.0/2,2,1/[11122h-1b_1-5][21122h-1a_1-5]/1-2/b1-a3|a4|a6 ID7 WURCS=2.0/2,3,1/[11122h-1b_1-5][21122h-1a_1-5]/1-2-1/a3|a4-b1|c1 ID8 WURCS=2.0/2,3,1/[11122h-1b_1-5][21122h-1a_1-5]/1-2-1/a4|a6-b1|c1 ID9 WURCS=2.0/2,3,1/[11122h-1b_1-5][21122h-1a_1-5]/1-2-1/a3|a6-b1|c1 ID10 WURCS=2.0/2,3,1/[11122h-1b_1-5][21122h-1a_1-5]/1-2-1/b1|c1-a3|a4|a6
- 構造検索SPARQL作成(山田、新町@創価大)
- Exact Substructure match(ESM):グリコシド結合が”曖昧”である場合(wurcs:isFuzzy "true")は”曖昧なグリコシド結合"、”曖昧でない"場合(wurcs:isFuzzy "false")は”曖昧でないグリコシド結合"をそれぞれ検索する方法
- テスト糖鎖10個において、検索できた。
- Exact Substructure match(ESM):グリコシド結合が”曖昧”である場合(wurcs:isFuzzy "true")は”曖昧なグリコシド結合"、”曖昧でない"場合(wurcs:isFuzzy "false")は”曖昧でないグリコシド結合"をそれぞれ検索する方法
- 構造検索SPARQL作成(山田、新町@創価大)
# ID4の糖鎖構造、ESMの条件で検索するSPARQL PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#> PREFIX xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> PREFIX glycan: <http://purl.jp/bio/12/glyco/glycan#> PREFIX glytoucan: <http://www.glytoucan.org/glyco/owl/glytoucan#> PREFIX wurcs: <http://www.glycoinfo.org/glyco/owl/wurcs#> # SELECT SELECT DISTINCT ?glycans str ( ?wurcs ) AS ?WURCS FROM <http://www.glycoinfo.org/graph/wurcs/0.3.3> WHERE { # SEQ ?glycan glycan:has_glycosequence ?gseq # FILTER FILTER regex (str(?gseq), "^http://rdf.glycoinfo.org/glycan/") . # BIND BIND( iri(replace(str(?glycan), "http://rdf.glycoinfo.org/glycan/", "http://www.glytoucan.org/glyspace/service/glycans/")) as ?glycan2) BIND( iri(concat(?glycan2, "/image?style=extended&format=png¬ation=cfg"))as ?glycans ) # WURCS ?gseq glycan:has_sequence ?wurcs . # uniqueRES ?gseq wurcs:has_uniqueRES ?uRES1, ?uRES2. ?uRES1 wurcs:is_monosaccharide <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/monosaccharide/11122h-1b_1-5> . ?uRES2 wurcs:is_monosaccharide <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/monosaccharide/21122h-1a_1-5> . # RES ?RESa wurcs:is_uniqueRES ?uRES1 . ?RESb wurcs:is_uniqueRES ?uRES2 . # LIN ?gseq wurcs:has_LIN ?LINb1a3a6 . # LIN1 ?LINb1a3a6 wurcs:has_GLIPS ?GLIPSb1 , ?GLIPSa3a6 . # LIN1: GLIPS1 ?GLIPSb1 wurcs:has_GLIP ?GLIPb1 . ?GLIPb1 wurcs:has_SC_position 1 . ?GLIPb1 wurcs:has_RES ?RESb . ?GLIPSb1 wurcs:isFuzzy "false"^^xsd:boolean . # LIN1: GLIPS2 ?GLIPSa3a6 wurcs:has_GLIP ?GLIPa3a6 . ?GLIPa3 wurcs:has_SC_position 3 . ?GLIPa3 wurcs:has_RES ?RESa . ?GLIPa6 wurcs:has_SC_position 6 . ?GLIPa6 wurcs:has_RES ?RESa . ?GLIPSa3a6 wurcs:isFuzzy "true"^^xsd:boolean . }
- Superstructure match(SSM)
- ESM検索のSPARQL文における "?GLIPSb1 wurcs:isFuzzy ..."部分をコメントアウトするだけではダメだった。
- Superstructure match(SSM)
- WURCS to SPARQL修正(山田)
- 糖鎖構造検索のための基本単糖の検討(山田)
天然物の化学情報等のRDF化(時松、山田、櫻井、小寺、西田)
- 天然物(アルカロイド)骨格分類データベース
- 天然物骨格DBに骨格構造をMolfile(V2000)形式で保存、このIDを仮IDとして利用する。
- 天然物オントロジー
- 骨格の階層分類の方針:天然物(アルカロイド)の生合成をデータ化しながら、骨格を抽出して階層について検討する。
- ChEBIよりもDNP(Dictionary of Natural Products)に似た構造になると考えている。
- 参考
- SPARQLThon/天然物
- SPARQLThon20化合物の中には複数のコンポーネントから生合成されているものがある。糖脂質(糖鎖+脂質)、アルカロイド+テルペノイド、といった化合物を RDF でどう記述するか(記述するのか)を検討
- 天然物生合成RDF
- 骨格の生合成
- アトムトレース
- KEGG compound と KEGG drugの同一entryが知れるようにしてほしい(Remark fieldがSame as…となっているもの)
- ChEBI ontologyとcompoundのlinkができるような何か
- reaction ontology PIERO 水面下でアップデート中(小寺@東工大)
- 現在、化合物変換を表す語彙(dehydrogenation, hydro-addition, etc)と実際の酵素反応との対応関係を整理しています(小寺)
- 化合物を構成する化学構造については、KCF-S を用いた自動アノテーションを検討しています(小寺)
KEGG PATHWAYがsupportしない(KGMLを提供していない)pathwayのRDF化(福島、西田)
- Plant secondary metabolism の Wikipathways RDF化
- 何故Wikipathways RDFか
- Visualizationのためのpathway layoutをsupportしたRDFであるため
- Userが改変可能なpathway RDF(KEGG PATHWAYはこれを想定していない)
- RIKENのin house databaseのIDとlinkさせる(問題無ければ)
- 参考link
- 何故Wikipathways RDFか
- 上下記のprojectとも何らかの連係?
NBDC版日化辞RDFデータの作成と提供準備(木村,中村@JST, 東京、櫛田)
- NBDC版日化辞RDFデータの作成(J-Global版RDFデータの修正、追加)
- SIO, CHEMINFを使ったInChI, InChIKey情報のRDFデータ作成
- molファイル、構造画像データの追加
- ChemSpider等のリンク情報の追加
- トリプルストアの準備(三橋@東京))