BH14.14/compound

提供：TogoWiki

2015年2月3日 (火) 05:57時点におけるIssaku (トーク | 投稿記録)による版

(差分) ←前の版 | 最新版 (差分) | 次の版→ (差分)

移動：案内, 検索

1 化合物関連情報のRDF化
2 精密質量MSのピークアノテーション（櫻井）
3 糖鎖構造のRDF化とSPARQL（山田、新町）
4 天然物の化学情報等のRDF化（時松、山田、櫻井、小寺、西田）
5 KEGG PATHWAYがsupportしない(KGMLを提供していない)pathwayのRDF化(福島、西田)
6 NBDC版日化辞RDFデータの作成と提供準備（木村,中村＠JST, 東京、櫛田）

化合物関連情報のRDF化

メンバー: 櫻井、山田、時松、福島、西田、櫛田
サテライト参加：小寺、木村、三橋、新町

精密質量MSのピークアノテーション（櫻井）

精密質量MSのピークアノテーションにおける、イオン化状態（アダクト）の判定アルゴリズムを完成させる

糖鎖構造のRDF化とSPARQL（山田、新町）

国際糖鎖構造リポジトリGlyTouCanにおいて現在利用している検索ツールは、GlcNAcを検索する場合でもGlcを含んで検索してしまう問題がある。この問題を糖鎖線形表記（WURCS）をRDF化したWURCS-RDFとSPARQLで構造検索を実現したい。（参考SPARQLthon/glycan/wurcsRDF）

糖鎖構造のRDF化（山田）

- WURCS to WURCS-RDF修正: 糖鎖構造の線形文字列表記（WURCS）を、WURCS-RDF形式へ変換するツールの改良
糖鎖構造検索

テスト糖鎖のWURCS
ID1	WURCS=2.0/2,3,2/[11122h-1b_1-5][21122h-1a_1-5]/1-2-2/a3-b1_a6-c1
ID2	WURCS=2.0/2,2,1/[11122h-1b_1-5][21122h-1a_1-5]/1-2/a3-b1
ID3	WURCS=2.0/2,2,1/[11122h-1b_1-5][21122h-1a_1-5]/1-2/a6-b1
ID4	WURCS=2.0/2,2,1/[11122h-1b_1-5][21122h-1a_1-5]/1-2/b1-a3|a6
ID5	WURCS=2.0/2,2,1/[11122h-1b_1-5][21122h-1a_1-5]/1-2/b1-a4|a6
ID6	WURCS=2.0/2,2,1/[11122h-1b_1-5][21122h-1a_1-5]/1-2/b1-a3|a4|a6
ID7	WURCS=2.0/2,3,1/[11122h-1b_1-5][21122h-1a_1-5]/1-2-1/a3|a4-b1|c1
ID8	WURCS=2.0/2,3,1/[11122h-1b_1-5][21122h-1a_1-5]/1-2-1/a4|a6-b1|c1
ID9	WURCS=2.0/2,3,1/[11122h-1b_1-5][21122h-1a_1-5]/1-2-1/a3|a6-b1|c1
ID10	WURCS=2.0/2,3,1/[11122h-1b_1-5][21122h-1a_1-5]/1-2-1/b1|c1-a3|a4|a6

- 構造検索SPARQL作成（山田、新町＠創価大）
  - Exact Substructure match（ESM)：グリコシド結合が”曖昧”である場合(wurcs:isFuzzy "true")は”曖昧なグリコシド結合"、”曖昧でない"場合(wurcs:isFuzzy "false")は”曖昧でないグリコシド結合"をそれぞれ検索する方法
    - テスト糖鎖１０個において、検索できた。

# ID4の糖鎖構造、ESMの条件で検索するSPARQL
PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>
PREFIX xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#>
PREFIX glycan: <http://purl.jp/bio/12/glyco/glycan#>
PREFIX glytoucan:  <http://www.glytoucan.org/glyco/owl/glytoucan#>
PREFIX wurcs: <http://www.glycoinfo.org/glyco/owl/wurcs#>
# SELECT
SELECT DISTINCT ?glycans
  str ( ?wurcs ) AS ?WURCS
FROM <http://www.glycoinfo.org/graph/wurcs/0.3.3>
WHERE {
# SEQ
  ?glycan glycan:has_glycosequence ?gseq 
# FILTER
  FILTER regex (str(?gseq), "^http://rdf.glycoinfo.org/glycan/") .
# BIND
  BIND( iri(replace(str(?glycan), "http://rdf.glycoinfo.org/glycan/", "http://www.glytoucan.org/glyspace/service/glycans/")) as ?glycan2)
  BIND( iri(concat(?glycan2, "/image?style=extended&format=png&notation=cfg"))as ?glycans )
# WURCS
  ?gseq glycan:has_sequence ?wurcs .
# uniqueRES
  ?gseq wurcs:has_uniqueRES   ?uRES1,  ?uRES2.
  ?uRES1 wurcs:is_monosaccharide <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/monosaccharide/11122h-1b_1-5> .
  ?uRES2 wurcs:is_monosaccharide <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/monosaccharide/21122h-1a_1-5> .
# RES
  ?RESa wurcs:is_uniqueRES ?uRES1 .
  ?RESb wurcs:is_uniqueRES ?uRES2 .
# LIN
  ?gseq wurcs:has_LIN ?LINb1a3a6 . 
# LIN1
  ?LINb1a3a6 wurcs:has_GLIPS   ?GLIPSb1 ,   ?GLIPSa3a6 .  
 
# LIN1: GLIPS1
  ?GLIPSb1 wurcs:has_GLIP ?GLIPb1 . 
  ?GLIPb1 wurcs:has_SC_position 1 .
  ?GLIPb1 wurcs:has_RES ?RESb .
  ?GLIPSb1 wurcs:isFuzzy "false"^^xsd:boolean .
# LIN1: GLIPS2
  ?GLIPSa3a6 wurcs:has_GLIP ?GLIPa3a6 . 
  ?GLIPa3 wurcs:has_SC_position 3 .
  ?GLIPa3 wurcs:has_RES ?RESa .
  ?GLIPa6 wurcs:has_SC_position 6 .
  ?GLIPa6 wurcs:has_RES ?RESa .
  ?GLIPSa3a6 wurcs:isFuzzy "true"^^xsd:boolean .
}

- - Superstructure match（SSM)
    - ESM検索のSPARQL文における "?GLIPSb1 wurcs:isFuzzy ..."部分をコメントアウトするだけではダメだった。
- WURCS to SPARQL修正（山田）
糖鎖構造検索のための基本単糖の検討（山田）

天然物の化学情報等のRDF化（時松、山田、櫻井、小寺、西田）

天然物（アルカロイド）骨格分類データベース
- 天然物骨格DBに骨格構造をMolfile(V2000)形式で保存、このIDを仮IDとして利用する。
天然物オントロジー
- 骨格の階層分類の方針：天然物（アルカロイド）の生合成をデータ化しながら、骨格を抽出して階層について検討する。
- ChEBIよりもDNP(Dictionary of Natural Products)に似た構造になると考えている。
- 参考
  - SPARQLThon/天然物
  - SPARQLThon20化合物の中には複数のコンポーネントから生合成されているものがある。糖脂質（糖鎖＋脂質）、アルカロイド＋テルペノイド、といった化合物を RDF でどう記述するか（記述するのか）を検討

天然物生合成RDF
- 骨格の生合成

アトムトレース
- KEGG compound と KEGG drugの同一entryが知れるようにしてほしい(Remark fieldがSame as…となっているもの)
- ChEBI ontologyとcompoundのlinkができるような何か
- reaction ontology　PIERO 水面下でアップデート中（小寺＠東工大）
  - 現在、化合物変換を表す語彙（dehydrogenation, hydro-addition, etc）と実際の酵素反応との対応関係を整理しています（小寺）
  - 化合物を構成する化学構造については、KCF-S を用いた自動アノテーションを検討しています（小寺）

KEGG PATHWAYがsupportしない(KGMLを提供していない)pathwayのRDF化(福島、西田)

Plant secondary metabolism の Wikipathways RDF化
- 何故Wikipathways RDFか
  - Visualizationのためのpathway layoutをsupportしたRDFであるため
  - Userが改変可能なpathway RDF(KEGG PATHWAYはこれを想定していない)
  - RIKENのin house databaseのIDとlinkさせる(問題無ければ)
- 参考link
  - http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?map01060
  - http://www.wikipathways.org/index.php/Help:WikiPathways_RDF
上下記のprojectとも何らかの連係?

NBDC版日化辞RDFデータの作成と提供準備（木村,中村＠JST, 東京、櫛田）

NBDC版日化辞RDFデータの作成（J-Global版RDFデータの修正、追加）
- SIO, CHEMINFを使ったInChI, InChIKey情報のRDFデータ作成
- molファイル、構造画像データの追加
- ChemSpider等のリンク情報の追加
トリプルストアの準備（三橋＠東京））