BH14.14/compound

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(精密質量MSのピークアノテーション)
(糖鎖構造のRDF化とSPARQL)
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* 精密質量MSのピークアノテーションにおける、イオン化状態(アダクト)の判定アルゴリズムを完成させる
* 精密質量MSのピークアノテーションにおける、イオン化状態(アダクト)の判定アルゴリズムを完成させる
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==糖鎖構造のRDF化とSPARQL==
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==糖鎖構造のRDF化とSPARQL(山田、新町)==
* 糖鎖構造のRDF化(山田)
* 糖鎖構造のRDF化(山田)
** WURCS to WURCS-RDF修正
** WURCS to WURCS-RDF修正
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* 糖鎖構造検索(山田)
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* 糖鎖構造検索
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* WURCS to SPARQL修正
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** 構造検索SPARQL作成(新町@創価大)
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** WURCS to SPARQL修正(山田)
* 糖鎖構造検索のための基本単糖の検討(山田)
* 糖鎖構造検索のための基本単糖の検討(山田)

2015年2月3日 (火) 01:29時点における版

目次

化合物関連情報のRDF化

  • メンバー: 櫻井、山田、時松、福島、西田、櫛田
  • サテライト参加:小寺、木村、三橋、新町

精密質量MSのピークアノテーション(櫻井)

  • 精密質量MSのピークアノテーションにおける、イオン化状態(アダクト)の判定アルゴリズムを完成させる

糖鎖構造のRDF化とSPARQL(山田、新町)

  • 糖鎖構造のRDF化(山田)
    • WURCS to WURCS-RDF修正
  • 糖鎖構造検索
    • 構造検索SPARQL作成(新町@創価大)
    • WURCS to SPARQL修正(山田)
  • 糖鎖構造検索のための基本単糖の検討(山田)

天然物の化学情報等のRDF化

  • 天然物(アルカロイド)骨格分類データベース
  • RDF設計
    • reaction ontology PIERO 水面下でアップデート中(小寺)
      • KEGG compound と KEGG drugの同一entryが知れるようにしてほしい(Remark fieldがSame as…となっているもの)
      • ChEBI ontologyとcompoundのlinkができるような何か

KEGG PATHWAYがsupportしない(KGMLを提供していない)pathwayのRDF化(福島、西田)

NBDC版日化辞RDFデータの作成と提供準備(木村(JST, 東京で参加)、櫛田)

  • NBDC版日化辞RDFデータの作成(J-Global版RDFデータの修正、追加)
    • SIO, CHEMINFを使ったInChI, InChIKey情報のRDFデータ作成
    • molファイル、構造画像データの追加
    • ChemSpider等のリンク情報の追加
  • トリプルストアの準備(三橋(東京で参加))
個人用ツール