BH14.14/compound

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(天然物の化学情報等のRDF化)
(KEGG PATHWAYがsupportしない(KGMLを提供していない)pathwayのRDF化)
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*** ChEBI ontologyとcompoundのlinkができるような何か
*** ChEBI ontologyとcompoundのlinkができるような何か
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==KEGG PATHWAYがsupportしない(KGMLを提供していない)pathwayのRDF化==
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==KEGG PATHWAYがsupportしない(KGMLを提供していない)pathwayのRDF化(福島、西田)==
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* Plant secondary metabolism の Wikipathways RDF化
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** 何故Wikipathways RDFか
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*** Visualizationのためのpathway layoutをsupportしたRDFであるため
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***Userが改変可能なpathway RDF(KEGG PATHWAYはこれを想定していない)
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*** RIKENのin house databaseのIDとlinkさせる(問題無ければ)
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** 参考link
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*** http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?map01060
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*** http://www.wikipathways.org/index.php/Help:WikiPathways_RDF
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* 上下記のprojectとも何らかの連係?
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==NBDC版日化辞RDFデータの作成と提供準備==
==NBDC版日化辞RDFデータの作成と提供準備==

2015年2月3日 (火) 01:26時点における版

目次

化合物関連情報のRDF化

  • メンバー: 櫻井、山田、時松、福島、西田、櫛田
  • サテライト参加:小寺、木村、三橋、新町

精密質量MSのピークアノテーション

  • 精密質量MSのピークアノテーションにおける、イオン化状態(アダクト)の判定アルゴリズムを完成させる(櫻井)

糖鎖構造のRDF化とSPARQL

  • 糖鎖構造のRDF化(山田)
    • WURCS to WURCS-RDF修正
  • 糖鎖構造検索(山田)
  • WURCS to SPARQL修正
  • 糖鎖構造検索のための基本単糖の検討(山田)

天然物の化学情報等のRDF化

  • 天然物(アルカロイド)骨格分類データベース
  • RDF設計
    • reaction ontology PIERO 水面下でアップデート中(小寺)
      • KEGG compound と KEGG drugの同一entryが知れるようにしてほしい(Remark fieldがSame as…となっているもの)
      • ChEBI ontologyとcompoundのlinkができるような何か

KEGG PATHWAYがsupportしない(KGMLを提供していない)pathwayのRDF化(福島、西田)

NBDC版日化辞RDFデータの作成と提供準備

個人用ツール