BH14.14/compound

提供：TogoWiki

2015年2月3日 (火) 01:26時点における版

化合物関連情報のRDF化

• メンバー: 櫻井、山田、時松、福島、西田、櫛田
• サテライト参加：小寺、木村、三橋、新町

精密質量MSのピークアノテーション

• 精密質量MSのピークアノテーションにおける、イオン化状態（アダクト）の判定アルゴリズムを完成させる（櫻井）

糖鎖構造のRDF化とSPARQL

• 糖鎖構造のRDF化（山田）
  • WURCS to WURCS-RDF修正
• 糖鎖構造検索（山田）
• WURCS to SPARQL修正
• 糖鎖構造検索のための基本単糖の検討（山田）

天然物の化学情報等のRDF化

• 天然物（アルカロイド）骨格分類データベース
• RDF設計
  • reaction ontology　PIERO 水面下でアップデート中（小寺）
    • KEGG compound と KEGG drugの同一entryが知れるようにしてほしい(Remark fieldがSame as…となっているもの)
    • ChEBI ontologyとcompoundのlinkができるような何か

KEGG PATHWAYがsupportしない(KGMLを提供していない)pathwayのRDF化(福島、西田)

• Plant secondary metabolism の Wikipathways RDF化
  • 何故Wikipathways RDFか
    • Visualizationのためのpathway layoutをsupportしたRDFであるため
    • Userが改変可能なpathway RDF(KEGG PATHWAYはこれを想定していない)
    • RIKENのin house databaseのIDとlinkさせる(問題無ければ)
  • 参考link
    • http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?map01060
    • http://www.wikipathways.org/index.php/Help:WikiPathways_RDF
• 上下記のprojectとも何らかの連係?

NBDC版日化辞RDFデータの作成と提供準備