BH14.14

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(開催概要)
(セマンティック・ウェブの基盤技術開発)
 
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* 開催期間:2015年2月2日(月)〜6日(金)
* 開催期間:2015年2月2日(月)〜6日(金)
* 開催場所:[http://www.jozankeiview.com/ 定山渓ビューホテル](会場・宿泊)
* 開催場所:[http://www.jozankeiview.com/ 定山渓ビューホテル](会場・宿泊)
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* アクセス:じょうてつバス "白糸の滝" 停留所、または "定山渓温泉東2丁目" 停留所(白糸のあと、温泉街を一周して東2に戻ります。若干の差ですが東2が最寄りです)
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* アクセス:じょうてつバス "白糸の滝" 停留所、または "定山渓温泉東2丁目" 停留所(白糸のあと、温泉街を一周して東2に戻ります)
**行:新千歳空港([http://www.hokto.co.jp/b_yuttari.htm 連絡バス])定山渓温泉(14:00発のみ)
**行:新千歳空港([http://www.hokto.co.jp/b_yuttari.htm 連絡バス])定山渓温泉(14:00発のみ)
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**行:新千歳空港(JR)札幌駅([http://www.jotetsu.co.jp/bus/name_search_201412/pdf/sapporoeki-12.pdf じょうてつバス(快速7, かっぱライナー)])定山渓温泉
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**行:新千歳空港(JR)札幌駅([http://www.jotetsu.co.jp/bus/name_search_201412/pdf/sapporoeki-12.pdf じょうてつバス(快速7,快速8の一部, かっぱライナー)])定山渓温泉
**行:新千歳空港([http://www.hokto.co.jp/a_chitose_sap_t.htm 連絡バス])真駒内駅([http://www.jotetsu.co.jp/bus/name_search_201412/pdf/makomanaieki-4.pdf じょうてつバス])定山渓温泉
**行:新千歳空港([http://www.hokto.co.jp/a_chitose_sap_t.htm 連絡バス])真駒内駅([http://www.jotetsu.co.jp/bus/name_search_201412/pdf/makomanaieki-4.pdf じょうてつバス])定山渓温泉
**行:新千歳空港(JR)札幌駅(地下鉄)真駒内駅([http://www.jotetsu.co.jp/bus/name_search_201412/pdf/makomanaieki-4.pdf じょうてつバス])定山渓温泉
**行:新千歳空港(JR)札幌駅(地下鉄)真駒内駅([http://www.jotetsu.co.jp/bus/name_search_201412/pdf/makomanaieki-4.pdf じょうてつバス])定山渓温泉
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**帰:定山渓温泉([http://www.hokto.co.jp/b_yuttari.htm 連絡バス])新千歳空港(10:00頃発のみ)
**帰:定山渓温泉([http://www.hokto.co.jp/b_yuttari.htm 連絡バス])新千歳空港(10:00頃発のみ)
**[http://www.hk-group.or.jp/teigaku/ 定額タクシー(要予約)]
**[http://www.hk-group.or.jp/teigaku/ 定額タクシー(要予約)]
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**のりば案内:[http://www.new-chitose-airport.jp/ja/access/bus/ 新千歳空港バスのりば]、[http://ekibus.city.sapporo.jp/BusStopGuidance.htm?file=enla_sapporox.html 札幌駅バスのりば]、[http://ekibus.city.sapporo.jp/BusStopGuidance.htm?file=enla_makomanai.html 真駒内駅バスのりば]、[http://www.hokto.co.jp/b_yuttari.htm 定山渓温泉バスのりば]
**JR、地下鉄、じょうてつバスでは[http://ja.wikipedia.org/wiki/%E4%B9%97%E8%BB%8A%E3%82%AB%E3%83%BC%E3%83%89#mediaviewer/File:ICCard_Connection.svg IC乗車カード]を利用できますが、上記連絡バス内では利用できません
**JR、地下鉄、じょうてつバスでは[http://ja.wikipedia.org/wiki/%E4%B9%97%E8%BB%8A%E3%82%AB%E3%83%BC%E3%83%89#mediaviewer/File:ICCard_Connection.svg IC乗車カード]を利用できますが、上記連絡バス内では利用できません
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**地図:[http://ekibus.city.sapporo.jp/BusStopGuidance.htm?file=enla_sapporox.html 札幌駅バスのりば]、[http://ekibus.city.sapporo.jp/BusStopGuidance.htm?file=enla_makomanai.html 真駒内駅バスのりば]、[http://www.hokto.co.jp/b_yuttari.htm 定山渓温泉周辺]
 
== 開催趣旨 ==
== 開催趣旨 ==
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* [http://tinyurl.com/bh14-14-form 国内版ハッカソン BH14.14 参加登録ページ]
* [http://tinyurl.com/bh14-14-form 国内版ハッカソン BH14.14 参加登録ページ]
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延長締め切り 1/20 日の時点で 50 名の参加登録を頂きました。どうもありがとうございます。
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まだ数名であれば調整が可能だと思いますので、上記参加登録ページが有効な間は受け付けております。
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質問事項等ありましたら、オーガナイザー bh14.14@biohackathon.org 宛にご相談下さい。
注意事項:
注意事項:
* ハッカソンは開催趣旨から、原則的に全日程(2/2朝〜2/6夕方)のご参加をお願いしておりますが、難しい場合は参加可能な日程をご登録下さい。
* ハッカソンは開催趣旨から、原則的に全日程(2/2朝〜2/6夕方)のご参加をお願いしておりますが、難しい場合は参加可能な日程をご登録下さい。
* ハッカソンの宿泊予約は 1/15 まで受付予定(→少なくとも 1/20 まで延長します)ですが定員になり次第締め切りとなります。1/20 以降については空室があり次第の対応となります。
* ハッカソンの宿泊予約は 1/15 まで受付予定(→少なくとも 1/20 まで延長します)ですが定員になり次第締め切りとなります。1/20 以降については空室があり次第の対応となります。
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* ハッカソンの宿泊予約は団体予約している部屋数の都合で基本的に相部屋でお願いしておりますが、都合によりシングルを希望される場合はコメント欄にご記入下さい。
* 航空券などは各自で手配してください(なお 2/5 から札幌雪まつりのため、混み合いますので帰りの飛行機は早めのご予約をおすすめ致します)。
* 航空券などは各自で手配してください(なお 2/5 から札幌雪まつりのため、混み合いますので帰りの飛行機は早めのご予約をおすすめ致します)。
* ソフトウェア開発用機材の貸出はありませんので、各自無線LANが利用可能なノートPCなどをご持参ください。
* ソフトウェア開発用機材の貸出はありませんので、各自無線LANが利用可能なノートPCなどをご持参ください。
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* 2/2 (月)
* 2/2 (月)
** 9:30-10:00 受付
** 9:30-10:00 受付
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** 10:00-11:00 特別講演
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** 10:00-12:00 課題出しのためのブリーフィング
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** 11:00-12:00 課題出しのためのブリーフィング
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** 13:00-14:00 特別講演
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** 13:00-18:00 ディスカッションとソフトウェア開発 (ハッカソン)
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** 14:00-18:00 ディスカッションとソフトウェア開発 (ハッカソン)
** 18:00-21:00 バンケット
** 18:00-21:00 バンケット
* 2/3 (火) 10:00-18:00 ハッカソン
* 2/3 (火) 10:00-18:00 ハッカソン
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== 特別講演 ==
== 特別講演 ==
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今回、初日の 2/2 (月) 午前に、特別講演として日本人のゲノム解析とコホート研究を行っている東北メディカル・メガバンク機構と製薬企業でデータ解析に関わっておられる2名の方にご発表頂けることとなりました。
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今回、初日の 2/2 (月) に、特別講演として日本人のゲノム解析とコホート研究を行っている東北メディカル・メガバンク機構と製薬企業でデータ解析に関わっておられる2名の方にご発表頂けることとなりました。
*「東北メディカル・メガバンク機構の取り組みとそのデータの標準化」東北大学・准教授 山下理宇 氏
*「東北メディカル・メガバンク機構の取り組みとそのデータの標準化」東北大学・准教授 山下理宇 氏
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* 「創薬に必要なデータ統合の現在と未来」JSBi理事 中尾光輝 氏
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* 「[http://www.slideshare.net/nakao/ss-44130517 創薬に必要なデータ統合の現在と未来]」JSBi理事 中尾光輝 氏
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(当初、午前中ということでご案内しておりましたが、スケジュール都合により午後とさせて頂きました)
== 主なテーマ ==
== 主なテーマ ==
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会期中に検討するテーマです。自由に追記・編集して頂ければと思います。リンク先のページを作るときは「BH14.14/ページ名」としてください。
会期中に検討するテーマです。自由に追記・編集して頂ければと思います。リンク先のページを作るときは「BH14.14/ページ名」としてください。
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=== ゲノム情報などの統合 ===
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* 課題出しページ http://tinyurl.com/bh1414topics
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* TogoGenome 等のゲノム情報 RDF データとアプリケーション開発
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=== 生命科学情報などの統合===
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* INSDC, MEO, MPO, MCCV などのオントロジー開発
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* 東北メディカル・メガバンク (ToMMo) と日本人ゲノム情報
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* ライフサイエンス〜創薬におけるセマンティック・ウェブの活用
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=== ライフサイエンスと人工知能 ===
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* [[BH14.14/genomeRDF|ゲノム情報 RDFデータとアプリケーション開発]]
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* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php?title=BH14.14/compound 化合物関連情報の RDF 化]
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* ディープラーニングなど機械学習を活用した大量データ処理
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* みんなのNGSメタデータポータル
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* テキストマイニングなどによる知識抽出
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* セマンティック・ウェブ技術を応用した質問応答システムの開発
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=== セマンティック・ウェブの基盤技術開発 ===
=== セマンティック・ウェブの基盤技術開発 ===
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* 再現性のあるサイエンスのための Docker/BioDevOps
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** [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/BH14.14/Docker Docker野郎Dチーム]
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* データベースのメタデータ標準化 [[BH14.14/DBCatalogue]]
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* ゲノム情報 [[BH14.14/TogoGenome]], [[BH14.14/TogoStanza]]
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* オントロジーや RDF モデルに基づくデータの可視化技術開発 [[BH14.14/Visualization]]
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* 多層オミクスデータ解析のためのツール
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* INSDCの塩基配列検索技術
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** [http://GGGenome.dbcls.jp/ GGGenome]: [http://g86.dbcls.jp/~meso/meme/archives/2923 約100種のゲノムを追加]。UCSCの全生物種を網羅。ここでタイムアップ。
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** 今後の予定
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***ゲノムはあとEnsemblとPhytozome(植物)を追加すればほぼ網羅か。
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***GGGenomeの派生サービスである[http://crispr.dbcls.jp/ CRISPRdirect]で全生物種に対応させる。
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***INSDCおよびTogoGenomeは容量が大きいため、検索を分割して結果をマージすることを検討。
* 生命医科学の大量・多様・分散データを処理するトリプルストア
* 生命医科学の大量・多様・分散データを処理するトリプルストア
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* オントロジーや RDF モデルに基づくデータの可視化技術開発
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** [[SAFE]]: アクセスコントロール可能なSPARQL連合検索システム
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** [[ontop]]: SPARQL <=> RDB
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** [[BH14.14/D2RQ]] 設定ファイル生成アプリ
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** Dydra: 差分更新とトリプル単位でのアクセス制御
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** クライアントとトリプルストアの間に認証・セキュリティ・SPARQL書き換え・実行ジョブ制御などを行なうミドルウェア
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* [[BH14.14/SPARQLBuilder]]: SPARQL記述サポートツールSPARQLBuilder
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* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/BH14.14/XML2RDF 既存のXMLデータのRDFへの変換]
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* [http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/BH14.14/RDFingDatabaseGuideline データベースRDF化ガイドライン]
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* [[BH14.14/FedX]]:Fedx(federated SPARQL query system)の効率化
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=== テキストマイニングと人工知能 ===
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* ディープラーニングなど機械学習を活用した大量データ処理 [[BH14.14/MachineLearning]]
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* テキストマイニングなどによる知識抽出 [[BH14.14/Textmining]]
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* PubAnnotationシステムの改良 [[BH14.14/TextAnnotation]]
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* セマンティック・ウェブ技術を応用した質問応答システムの開発 [[BH14.14/QA]]
=== 統合化推進プログラム ===
=== 統合化推進プログラム ===

2015年2月9日 (月) 03:04時点における最新版

BH1414 revised.png

国内版バイオハッカソン BH14.14

目次

開催概要

2015年2月2日から6日 (2014年14月2日〜6日)にかけて、札幌市の定山渓ビューホテルにて国内のライフサイエンスデータベースの構築者と利用者向けの技術勉強会として、第5回 国内版バイオハッカソン BH14.14 を開催いたします。

開催趣旨

DBCLS では、ライフサイエンスのデータベース統合についての技術開発を支援・最新技術の情報共有・実務者間での交流を促進するため、これまで7回の国際版 BioHackathon と4回の国内版バイオハッカソン BH10.10, BH11.11, BH12.12, BH13.13 を開催してまいりました。NBDC統合化推進プログラムに参画されている各機関においても様々な統合データベースを構築してきて頂いておりますが、今後より統合化を進めていくためには情報共有と技術開発を継続する必要があると考えられます。

一方で、ライフサイエンスにおける大規模データの利活用はもはや国際的なコモディティ化が進んできているといえます。そこで、テーマについては上記に挙げられた DBCLS や NBDC の統合化推進プログラムで進められているセマンティック・ウェブによるデータベース統合に限らず、国内の生命情報学系の研究者間で共にディスカッションやソフトウェア開発が促進できるものであれば全て国内版バイオハッカソンのスコープに入ると考えられます。また、民間の方からもぜひ、公共データの社内での活用や情報統合の課題、産学連携で開発・利用できそうな研究課題やソフトウェア技術など、バイオ寄りからインフォ寄りまで議論のネタを自由に持ち込んで頂ければと思います。

国内版バイオハッカソンでは、これからのライフサイエンスを支える技術開発に興味のある方々に自由にご参加いただき、活発な議論と開発を進めて頂ければと考えています。

参加申し込み

ハッカソンの参加費は無料ですが、宿泊や食事の申し込みがない方も下記のページから参加登録をお願いいたします。

延長締め切り 1/20 日の時点で 50 名の参加登録を頂きました。どうもありがとうございます。 まだ数名であれば調整が可能だと思いますので、上記参加登録ページが有効な間は受け付けております。 質問事項等ありましたら、オーガナイザー bh14.14@biohackathon.org 宛にご相談下さい。

注意事項:

  • ハッカソンは開催趣旨から、原則的に全日程(2/2朝〜2/6夕方)のご参加をお願いしておりますが、難しい場合は参加可能な日程をご登録下さい。
  • ハッカソンの宿泊予約は 1/15 まで受付予定(→少なくとも 1/20 まで延長します)ですが定員になり次第締め切りとなります。1/20 以降については空室があり次第の対応となります。
  • ハッカソンの宿泊予約は団体予約している部屋数の都合で基本的に相部屋でお願いしておりますが、都合によりシングルを希望される場合はコメント欄にご記入下さい。
  • 航空券などは各自で手配してください(なお 2/5 から札幌雪まつりのため、混み合いますので帰りの飛行機は早めのご予約をおすすめ致します)。
  • ソフトウェア開発用機材の貸出はありませんので、各自無線LANが利用可能なノートPCなどをご持参ください。

プログラム

  • 2/1 (日) 現地着、会場設営(オーガナイザーのみ)
  • 2/2 (月)
    • 9:30-10:00 受付
    • 10:00-12:00 課題出しのためのブリーフィング
    • 13:00-14:00 特別講演
    • 14:00-18:00 ディスカッションとソフトウェア開発 (ハッカソン)
    • 18:00-21:00 バンケット
  • 2/3 (火) 10:00-18:00 ハッカソン
  • 2/4 (水) 10:00-18:00 ハッカソン
  • 2/5 (木) 10:00-18:00 ハッカソン
  • 2/6 (金)
    • 10:00-12:00 ハッカソン
    • 13:00-16:00 総括討論 (ラップアップ)、終了後解散
  • 2/7 (土) 会場撤去(オーガナイザーのみ)、有識者会議(関係者のみ)

なお各日、22:00 から翌日のためのオーガナイザーミーティング(主催者のみ)を開催します。

特別講演

今回、初日の 2/2 (月) に、特別講演として日本人のゲノム解析とコホート研究を行っている東北メディカル・メガバンク機構と製薬企業でデータ解析に関わっておられる2名の方にご発表頂けることとなりました。

(当初、午前中ということでご案内しておりましたが、スケジュール都合により午後とさせて頂きました)

主なテーマ

会期中に検討するテーマです。自由に追記・編集して頂ければと思います。リンク先のページを作るときは「BH14.14/ページ名」としてください。

生命科学情報などの統合

セマンティック・ウェブの基盤技術開発

  • 再現性のあるサイエンスのための Docker/BioDevOps
  • データベースのメタデータ標準化 BH14.14/DBCatalogue
  • ゲノム情報 BH14.14/TogoGenome, BH14.14/TogoStanza
  • オントロジーや RDF モデルに基づくデータの可視化技術開発 BH14.14/Visualization
  • 多層オミクスデータ解析のためのツール
  • INSDCの塩基配列検索技術
    • GGGenome: 約100種のゲノムを追加。UCSCの全生物種を網羅。ここでタイムアップ。
    • 今後の予定
      • ゲノムはあとEnsemblとPhytozome(植物)を追加すればほぼ網羅か。
      • GGGenomeの派生サービスであるCRISPRdirectで全生物種に対応させる。
      • INSDCおよびTogoGenomeは容量が大きいため、検索を分割して結果をマージすることを検討。
  • 生命医科学の大量・多様・分散データを処理するトリプルストア
    • SAFE: アクセスコントロール可能なSPARQL連合検索システム
    • ontop: SPARQL <=> RDB
    • BH14.14/D2RQ 設定ファイル生成アプリ
    • Dydra: 差分更新とトリプル単位でのアクセス制御
    • クライアントとトリプルストアの間に認証・セキュリティ・SPARQL書き換え・実行ジョブ制御などを行なうミドルウェア
  • BH14.14/SPARQLBuilder: SPARQL記述サポートツールSPARQLBuilder
  • 既存のXMLデータのRDFへの変換
  • データベースRDF化ガイドライン
  • BH14.14/FedX:Fedx(federated SPARQL query system)の効率化

テキストマイニングと人工知能

統合化推進プログラム

その他

メーリングリストのご案内

開催に関するご案内や参加者間での議論を行っています。ぜひご登録下さい。

SPARQLthon のご案内

バイオハッカソンの他に、生命情報科学におけるセマンティック・ウェブ技術の利用を促進するため、毎月 SPARQLthon という勉強会を開催しています。ぜひご参加下さい。

オープンバイオ研究会

国内のバイオインフォマティクスに関するオープンソース・ソフトウェアを開発している方々を中心とて現在とこれからの課題を議論する研究会です。ぜひご参加下さい。

オーガナイザー

  • DBCLS: 守屋, 時松, 金, 河野, 呉, 山口, 山本, 川島, 片山
  • 北海道大学: 伊藤, 瀧川, 山岸
個人用ツール